重楼近缘种及商品药材的DNA条形码鉴定研究

摘要

目的：对4条不同的DNA条形码(matK、trnL-trnF、rpoC1、IT S)和组合进行筛选,寻找能够快速、有效、可靠地鉴别重楼与其常见近缘种及市售商品重楼的DNA条形码或组合。力图发现重楼这一珍稀药用植物的替代资源,为补充和完善重楼属DNA条形码方面的研究提供方法的参考。
方法：使用matK、trnL-trnF、rpoC1和核ITS的通用引物对采集的32个样品材料进行PCR扩增和测序,比较各序列扩增和测序效率、种内和种间变异,进行 barcoding gap 分析,以此评价各序列对采自云南、四川的重楼药材和购自市场的商品重楼的鉴别能力。
结果：
1.ITS、matK、rpoC1、trnL-trnF序列作为鉴定重楼与常见混伪品及其商品药材的DNA条形码候选序列,其扩增效率都能达到100%,ITS测序成功率达到了100%,trnL-trnF、matK序列的测序成功率分别为9 6%、82%,rpoC1序列的测序成功率能达到70%。
2.ITS序列提供了最大种间变异且Wilcoxon检验表明其种间最小变异明显大于其种内最大变异,较有利于物种的鉴别；barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势。
3.在鉴定效率方面,ITS序列对重楼与其商品药材的鉴别效率最高,为96.2%。ITS+trnL-trnF组合序列在对亲缘关系很近的易混品材料的鉴别效率能达到100%。
4.基于ITS、ITS+trnL-trnF构建的树中,亲缘关系近的都各聚一支,且市购的10个商品重楼样本中,商品药材3与华重楼首先聚在一起,提示其与华重楼有较近的亲缘关系,而商品药材4与云南重楼亲缘关系较近,商品药材1与花叶重楼的亲缘关系较近,商品药材2与拳参一起聚在重楼属物种的外围,据此可鉴别商品药材2是伪品。
结论：ITS 序列可以作为鉴定重楼与其常见近缘种及市售商品药材的 DNA 条形码候选序列,同时我们推荐 ITS+trnL-trnF 组合序列作为其补充序列。

目录

封面

目录

中文摘要

英文摘要

前言

材料与方法

1实验材料

2 实验仪器

3 实验试剂

4实验方法

结果

1、 PCR扩增效率和测序成功率

2 候选片段的序列特征

2.不同DNA片段种内种间差异分析

3. DNA条形码候选序列的barcoding gap检验

5.两两序列种内种间差异的wilcoxon秩和检验[23]

5 系统发育关系分析评价鉴定效率

讨论

1.样品的采集

2.本研究DNA条形码的选择

3.遗传距离比较与DNA条形码筛选

4.系统发育关系分析

5.传统分类与DNA条形码技术之间的互相补充

6.不同产地相同重楼属植物序列差异

结论

参考文献

英汉缩略词对照表

致谢

攻读硕士学位期间发表的学术论文及科研成果

附录

重楼与常见近缘种及商品药材的DNA条形码鉴定研究

声明