基于完全基因组的亲缘分析方法中各种距离和非相似度的比较

摘要

本文首先介绍无序列比对亲缘分析方法中常用的距离和非相似度,并讨论了它们是否是严格数学意义下的距离。本文发现有很多虽然被称之为距离,但是实际上并不是数学意义下的距离。接着对随机背景下的无序列比对亲缘分析方法中提出使用三种新的非相似度。在动力学语言亲缘分析方法中,提出用新的相似系数替代原来的夹角余弦系数。
　　文章用三组基因组数据对以上的方法从生物学角度进行评价。
　　从生物学角度评价,基于随机背景下的非相似度或者距离用于亲缘分析有一定的局限性。在无序列比对方法中消除噪声背景是有必要的。文章使用的迪斯系数并不会比夹角余弦系数构造的亲缘树更好,同样也证明了动力学语言去噪过程是必须的。

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第一章 生物信息学的概述

§1.1 什么是生物信息学

§1.2 生物信息学的研究内容和任务

§1.3 生物信息学的研究意义

§1.4 本文的主要工作

第二章 无序列比对亲缘分析方法中常用距离和非相似度

§2.1 引言

§2.2 无序列比对亲缘分析方法中的距离或非相似度

第三章 无序列比对的方法用于亲缘分析

§3.1 引言

§3.2 距离和非相似度

§3.3 新的非相似度用于亲缘分析

§3.4 动力学语言方法的探索

§3.5 从生物学角度进行评价

第四章 结论和展望

参考文献

致谢