植物基因调控序列及其转录起始频率分析

摘要

1)水稻与拟南芥基因调控序列比较研究为了研究籼粳亚种基因调控序列的总体特性,我们利用籼粳稻以及拟南芥基因组和全长mRNA序列获取了大量高可信度的调控序列,通过这些序列,分析了水稻基因调控序列顺式作用元件(信号)的数量、分布以及与GC含量的关系等.研究结果表明:一些信号在水稻基因调控序列中发生显著的数量变化,同时一些信号数量在水稻与拟南芥基因间存在明显差异,这说明这两个单双子叶植物间信号的使用上存在偏好,同时水稻不同类型基因以及特有与非特有基因间在信号的使用上也存在差异.这些差异信号的分布直接导致了调控序列GC含量的波动.结果显示没有发现水稻籼粳两个亚种间在调控序列方面(顺式调节因子和GC含量等)存在明显差异.2)植物基因组转录起始位点研究我们利用UniGene数据库

目录

文摘

英文文摘

第一章文献综述

生物序列数据库

水稻基因组测序与分析研究进展

基因调控序列分析

转录调控序列的分类

转录因子的基本结构

转录调控序列中的一些结构元件及其识别

转录起始多态性研究

第二章水稻与拟南芥基因调控序列比较分析

1材料与方法

1.1数据来源

1.2方法

2结果与分析

2.1水稻顺式作用元件(信号)的数量变化

2.2水稻及单双子叶GC含量变化关系

2.3几个主要顺式调节因子的分布以及与GC含量变化的关系

3讨论

第三章植物基因转录起始频率分析

1材料与方法

1.1材料

1.2方法

2结果与分析

2.1植物基因转录启始区间

2.2植物基因转录启始频率

3讨论

附件1植物基因转录频率数据库(PIFdb)说明文件

PIFdb记录产生流程

全长mRNA的确定

全长mRNA开放阅读框(ORF)的确立

全长mRNA序列在基因组中的定位

mRNA转录起始位点的确定

PIFdb记录的确立

PIFdb数据库数据获取方法

PIFdb数据库记录格式说明

ID字段

AC字段

DT字段

DE字段

OS字段

OC字段

DR字段

FL字段

IF字段

AD字段

SQ字段

XX字段

∥符号

附件2基因转录启始频率分析程序PIFMaker使用说明

基于Unigene数据库产生的转录起始频率

基于用户给定转录本序列和基因组序列产生转录启始频率

参考文献：

致谢

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