MyNetworker：一款新型的生物网络处理软件

摘要

生物学研究的迅猛发展导致了大量数据的产生,针对这些数据的后续分析和预测导致了生物信息学这门新兴学科的飞速发展。在基于基因、蛋白质序列及结构方面的分析工具研究上,相关软件、网络平台层出不穷；然而在生物网络的研究方向上,可供使用的软件工具、平台却还不多。 在这种背景条件下,本文调查研究了现有的几款主流生物网络处理软件:Pajek、Cell Designer、CellIllustrator,总结了它们各自在软件设计和功能上的优点和不足之处。在此基础上,使用Java编程技术和MVC软件开发设计模式,利用JUNG这一方便易用的网络处理框架和SWING这一强大的图形用户界面框架,开发出一款新型的生物网络分析处理软件:MyNetworker。该工具提供了普通软件的通用功能、多种生物网络文件格式的识别功能(Pajek的NET格式、SBML以及GraphML等)、生物网络的显示和编辑功能,基本网络结构算法分析功能以及网络节点的列表功能。与相关领域现有的开源或商业软件相比,本软件填补了诸多功能上的空白,具有一定的创新意义。 本文最后总结了生物网络软件开发领域的前景和潜在的机会,分析了目前该行业中所经常遇到的一些问题和困境,为后续的研究提供参考。

目录

文摘

英文文摘

致谢

第1章文献综述和研究背景

1.1生物网络的研究概况

1.2生物网络软件工具的开发进展

1.3生物网络软件开发的发展方向

第2章开发技术和软件架构

2.1编程语言及图形用户界面框架

2.2软件设计模式

2.3网络处理框架

2.4软件架构

第3章MyNetworker软件介绍及演示

3.1软件界面和通用软件功能

3.2 MyNetworker识别的网络文件格式

3.3网络图像显现功能

3.4网络结构算法分析

第4章结果讨论及扩展开发

4.1 MyNetworker开发技术讨论

4.2 MyNetworker开发扩展

参考文献