基于R的QTL定位结果图形展示软件包的开发

摘要

遗传分析复杂性状已经成为植物、动物以及人类疾病研究的热点问题。生物学在后基因组时代的一大挑战就是如何确定基因在染色体上位置和利用分子多态性阐明农学、医学和进化学上重要复杂性状的遗传机理。其本质是确定QTL(数量遗传基因座)在染色体上的位置、QTL之间的互作(上位性)和QTL与环境之间(QE)的互作关系。
　　 分子标记技术的发展使QTL定位成为研究复杂性状的常规工具。已经有很多关于QTL定位的方法及其相应的公共软件被发布，其中Yang等提出的基于混合线性模型的HAB-QTL定位分析方法是目前唯一能够分析QTL之间上位性和QE互作的QTL定位方法，基于该方法开发的QTLNetwork是一个很有应用前景的QTL定位软件。
　　 R是目前国际上非常流行的并且可以免费使用的统计计算和做图软件。由于R是一种解释性语言，因此它不依赖于用户的操作系统，其代码也可以在Windows、MacOS和Linux等多个系统之间传递。
　　 本研究是在QTLNetwork的基础上，运用R软件开发了QTLNetworkR这个QTL定位结果图形展示软件包。用户可以通过访问https：//r-forge.r-project.org/projects/qtlnetworkr/地址免费下载该R包。通过开发QTLNetworkR对R语言和图形统计有了深入的研究，QTLNetworkR利用QTLNetwork的QTL定位结果，提供了一个可以跨平台运行的QTL图形展示工具，并且提供了用户友好界面以方便用户。本文重写了所有QTLNetwork的图形函数，并对已有的QTL定位图形结果展示进行了优化，并提供了原来QTLNetwork没有的图形结果，QTLNetworkR在展示来自多时间、多地点的多维数据上有很大的优势。