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前言
第一章文献综述
1.1概述
1.1.1链霉菌简介
1.1.2天蓝色链霉菌简介
1.1.3阿维链霉菌简介
1.2细菌的基因组进化策略
1.2.1概述
1.2.2进化策略
1.3比较基因组学概述
1.3.1比较基因组学定义
1.3.2比较基因组学的应用
1.3.3基因组比较的分析工具
1.4系统发育分析方法概述
1.4.1系统发育树构建方法
1.4.2常用系统发育分析软件
1.5本课题的研究意义
第二章基于DNA序列的全基因组比较
2.1概述
2.2材料与方法
2.2.1 DNA序列的获得
2.2.2 DNA序列的比对方法
2.3结果与讨论
2.3.1天蓝色链霉菌和阿维链霉菌间有很强的同线性
2.3.2天蓝色链霉菌和阿维链霉菌之间存在很多的DNA倒位
2.3.3 DNA倒位分析
2.4小结
第三章DNA重复分析
3.1概述
3.1.1 DNA重复(duplication)简介
3.2材料与方法
3.2.1 DNA重复序列的获得
3.2.2大的DNA重复区域的获得
3.3结果与讨论
3.3.1 DNA重复的数目及大小分析
3.3.2 DNA重复区域分析
3.4小结
第四章基因重复的系统发育分析
4.1概述
4.1.1基因重复与系统进化
4.1.2同源基因简介及分类
4.2材料与方法
4.2.1数据来源
4.2.2系统进化树的构建方法
4.3结果与讨论
4.3.1基因重复发生的时间分析
4.3.2重复基因的进化树类型在各物种中的分布
4.4小结
第五章结论与展望
5.1结论
5.2前景与展望
参考文献
致 谢