捕食性圆盘菌科的无性属分子系统发育及分类学研究

摘要

从云南、天津和香港的不同生态环境中共分离到17种捕食线虫真菌.对16个食线虫真菌(节丛孢属、隔指孢属和单顶孢属)菌株和3个其他相关丝孢菌(顶辐孢属和单端孢属)菌株的28S rDNA片段进行了扩增,并用限制性内切酶Sau3A I,Msp I,Rsa I and Hae Ⅲ对PCR产物进行了消化.采用UPGMA法对PCR产物的限制性图谱特征进行了聚类分析.结果表明,捕食性真菌的聚类群与捕食器官类型相对应,顶辐孢属和单端孢属与捕食性真菌的遗传距离较远.对食线虫真菌的3个属(Athrobotrys,Dactylella和Monacrosporium)及其相关属(Orbilia,Nematoctonus,Dactylaria,Verticillium和Trichothecium)共49种的63个菌株的28S rDNA5`端约1000bp片断进行了测序,分别采用UPGMA,NJ,ME和MP法构建了系统发育树(Bootstrap consensus tree).Bootstrap 1000个抽样分析支持捕食性圆盘菌科的无性属构成单系群.

目录

文摘

英文文摘

第一章绪论

1.1真菌系统发育的研究概况

1.1.1真菌的系统发育树

1.1.2真菌界（Kingdom of Fungi)

1.1.3"多核真菌(Coenomycetes)"—壶菌门及接合菌门

1.1.4双核真菌(Dikaryomycetes)—担子菌门(Basidiomycota)

1.1.5双核真菌(Dikaryomycetes)—子囊菌门(Ascomycota)

1.1.6小结

1.2系统发育树的构建和检验

1.2.1系统发育关系的结构

1.2.2树、群和分类

1.2.3建立并检验系统发育树

1.3捕食线虫真菌分子系统发育研究进展

1.3.1食线虫真菌(Nematophagous Fungi)的几大类群

1.3.2食线虫真菌的研究简史

1.3.3食线虫真菌主要属的研究简况

1.3.4食线虫真菌的系统学研究

主要参考文献

第二章捕食线虫真菌资源调查

2.1材料和方法

2.1.1土样及标本采集和预处理

2.1.2捕线虫真菌的分离

2.1.3诱饵线虫的培养及制备

2.1.4分离培养基——弱营养玉米粉培养基（LCMA）：

2.1.5菌种保藏——CMA培养基：

2.1.6菌种鉴定

2.2云南的捕食线虫真菌

2.3天津的捕食线虫真菌

2.4香港的捕食线虫真菌

2.5小结

参考文献

第三章28S rDNA PCR扩增片段RFLPs分析

3.1材料和方法

3.1.1菌株及培养

3.1.2基因组DNA提取

3.1.3 28SrDNA片段的扩增

3.1.4 PCR产物的限制性内切酶分析

3.1.5数据分析

3.2结果

3.2.1限制性酶切结果

3.2.2聚类分析

3.3讨论

参考文献

第四章捕食线虫真菌28SrDNA部分片段测序及其系统发育分析

4.1材料和方法

4.1.1菌株及培养

4.1.2真菌基因组DNA提取

4.1.3 28SrDNA片段的扩增及PCR产物纯化

4.1.4 DNA测序

4.1.5全序列的获得

4.1.6序列比对及系统发育树的构建

4.2结果及讨论

4.2.1真菌基因组DNA提取

4.2.2 28SrDNA片段的扩增

4.2.3全序列的获得

4.2.4测序结果

4.2.5序列比对结果

4.2.6系统树构建的结果

参考文献

附录1 序列对准结果

第五章捕食线虫真菌新分类系统

5.1节新组合丛孢属的界定

5.2节丛孢属的亚属新组合

5.2.1节丛孢属与其它相关属的关系—属检索表

5.2.2节丛孢属（Arthrobotrys)亚属划分

5.3节丛孢属的各个亚属新组合及其种的订正

5.3.1节丛孢亚属Subgen.Arthrobotrys分组检索表

5.3.2节丛孢组Sect.Arthrobotrys的界定及其接受的种

5.3.3束梗孢组Synnemata Sect.nov.的界定及接受的种

5.3.4单顶孢组Sect.Monacrosporium stat.nov.及其接受的种

5.3.5杜掘亚属Duddrechella Subgen.nov.及其接受的种

5.3.6指球霉亚属Subgen.Dactylellina stat.nov.及其接受的种

5.3.7掘氏霉亚属Subgen.Drechslerellastat.nov.及其接受的种

5.3.8隔指孢亚属Subgen Dacylella stat.nov.及其接受的种

5.3.9几个可疑种

5.4小结

参考文献

结论

致谢

作者简介及攻读博士学位期间发表的论文和研究成果