文摘
英文文摘
1 文献综述
1.1 分子标记概述
1.1.1 DNA分子标记的概念
1.1.2 分子标记的主要类型
1.2 SNP在玉米遗传育种中的应用及研究进展
1.2.1 构建高密度遗传连锁图谱
1.2.2 遗传图谱和物理图谱的整合
1.2.3 基因型与表现型关联分析
1.2.4 种质资源遗传多样性研究和保存
1.2.5 物种进化和生物多样性研究
1.3 SNP位点的生物信息学发掘
1.3.1 基于EST序列的SNP发掘
1.4 SNP的实验室检测方法
1.4.1 直接测序
1.4.2 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
1.4.3 变性高效液相色谱法(DHPLC)
1.4.4 等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO)
1.4.5 TaqMan技术
1.4.6 基因芯片技术
1.4.7 高分辨率溶解(HRM)
1.5 现有的SNP数据库
1.6 研究目的及方法
2 材料和方法
2.1 本地化数据分析系统的构建
2.1.1 实用数据提取系统的构建
2.1.2 本地化序列比对系统的构建
2.1.3 SNP分子标记开发系统的构建
2.2 SNP分子标记的开发
2.2.1 原始数据来源
2.2.2 EST序列前期处理
2.2.3 与CDS同源的EST序列聚类
2.2.4 EST序列拼接与SNP位点发掘
2.2.5 保守序列的获取及引物设计
2.2.6 电子PCR及引物筛选
2.2.7 多态性信息含量计算
2.2.8 SNP分子标记数据库建立
2.2.9 供验证SNP分子标记挑选
2.3 SNP分子标记的验证
2.3.1 玉米材料
2.3.2 实验仪器
2.3.2 玉米基因组DNA的提取及检测
2.3.3 SNP分子标记验证-HRM技术
3 结果与分析
3.1 SNP分子标记开发
3.1.1 SNP标记及其数据结构
3.1.2 SNP标记在染色体上的分布
3.1.3 SNP位点的多态性信息含量
3.2 SNP分子标记验证
3.2.1 高分辨率熔解曲线
3.2.2 自交系间SNP分型
4 讨论
4.1 SNP的高多态性及适应性
4.2 本地化数据分析系统构建的必要性
4.3 EST序列质量控制
4.4 EST-SNP位点发掘
4.5 SNP位点的多态信息含量
4.6 高分辨率熔解技术用于SNP检测的优势
4.7 PCR引物质量与特异性
4.8 SNP分型
参考文献
致谢