基于线粒体DNA的蜂猴圈养种群遗传分化研究

摘要

蜂猴（Nycticebus bengalensis）系夜行、树栖的小型低等灵长类。蜂猴的野外种群广泛分布于印度东南部、孟加拉东部、缅甸、越南中部和北部、老挝、柬埔寨、泰国、马来西亚半岛北部和中国南部。蜂猴的自然种群在中国仅分布在云南南部、东南部、西南部以及广西南部地区，亦是蜂猴全球分布的北缘。蜂猴是国家一级保护动物，CITES附录Ⅰ物种，由于栖息地破坏和非法贸易的泛滥，被IUCN濒危物种红色名录评级为易危(VU)。本研究以蜂猴圈养种群为研究对象，利用分子粪便学测定了一条完整的蜂猴线粒体基因组序列，验证了分子粪便学的实用性和有效性，同时测序51条Cytb基因全序列和48条D-loop区部分序列，分析其圈养种群来源、序列特征和遗传信息。本研究发现(1)蜂猴线粒体基因组全序长16，770bp，由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个穿插于rRNA和蛋白质编码基因间的tRNA共37个基因加一个非编码区（线粒体DNA控制区D-loop）共38个部分组成，为一个闭合的双链环状分子，符合一般哺乳动物线粒体DNA的结构。同时碱基组成有AT偏向，蛋白质编码基因的起始密码子有ATG偏向。(2)本次研究在63条Cyt b序列中一共定义了33种单倍型，而在59条D-loop区序列中一共定义出了36条单倍型，计算出蜂猴遗传多样性较低，具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性。(3)通过对蜂猴各单倍型之间的遗传距离计算，在Cyt b基因的33种单倍型中遗传距离为0.001-0.022，D-loop区36个单倍型之间的遗传距离在0.003-0.049之间。圈养蜂猴群体间出现遗传分化，但需要更多的数据来丰富，同时圈养蜂猴的遗传多样性较低，急需关注和有效的保护。

目录

声明

摘要

1文献综述

1．1蜂猴

1．1．1蜂猴属物种

1．1．2蜂猴形态习性及分布

1．1．3蜂猴研究现状

1．2线粒体DNA分子标记

1．2．1线粒体DNA结构

1．2．2线粒体DNA的特点

1．2．3线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)

1．2．4线粒体DNA控制区(D-loop)

1．3分子粪便学

1．3．1分子粪便学的发展

1．3．2分子粪便学的应用

1．3．3分子粪便学的优势及局限

1．4研究目的与意义

2材料与方法

2．1试验材料

2．1．1样品采集

2．1．2主要仪器设备

2．1．3主要试验试剂及配置

2．2试验方法

2．2．1线粒体DNA提取及检测

2．2．2引物设计

2．2．3 PCR扩增、检测及测序

2．3数据处理与分析

2．3．1测序结果校对与序列拼接

2．3．2线粒体DNA基因组的序列注释

2．3．3蜂猴序列多态性分析

2．3．4系统发育分析

3结果

3．1粪便DNA提取与检测

3．2线粒体DNA全序分析

3．2．1蜂猴线粒体基因组结构

3．2．2蛋白质编码基因

3．2．3 rRNA和tRNA

3．2．4线粒体基因组控制区

3．2．5蜂猴属系统发育

3．3蜂猴Cyt b和D-100p序列分析

3．3．1碱基组成

3．3．2序列变异特点

3．4遗传多样性

3．4．1单倍型多样性和核苷酸多样性

3．4．2单倍型分布

3．5群体遗传结构

3．5．1遗传距离

3．5．2蜂猴单倍型系统发育

3．5．3遗传分化

4讨论

4．1蜂猴样品采集

4．2蜂猴线粒体基因组特征

4．3圈养蜂猴线粒体基因组Cyt b基因和D-100p区序列多态性

4．4圈养蜂猴遗传多样性

4．5蜂猴来源的探讨

4．6圈养蜂猴的遗传分化

5结论

参考文献

致谢

附录

作者简历