Web Services和XML技术在生物信息数据发布及整合中的应用

摘要

该论文以Web Services跨平台的特点,在分布式的环境中发布和整合以XML格式的生物数据.利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)特异表达的EST序列,使用Phrap、EMBOSS、Blast、GENSCAN、MZEF软件,基于Linux操作系统,构建了EST序列分析系统,完成了从EST和基因组Blast数据库的构建,载体序列的去除,EST序列的分类和组装,EST序列在基因组上的定位,外显子和内含子的识别以及基因预测.并通过使用peri语言结合bioperl模块编写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批EST序列进行分析,为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息.

目录

文摘

英文文摘

第一部分发布及整合核酸数据的Web Services平台的构建

摘要

1引言

1.1生物数据整合的概念和困难

1.2 Web Services

1.3 XML数据模型

2 Web Services服务的调用

2.1构建平台的硬件和操作系统以及软件

2.2 Web Services提供商

2.3调用Web Services服务获取XML格式的核酸数据

3结果与分析

4讨论

参考文献

第二部分Linux平台下EST序列分析系统的构建

摘要

1引言

2 EST序列分析系统的构建

2.1硬件配置与Linux操作系统的安装

2.2数据的获取与预处理

2.3相关程序的获取与安装

2.4 EST载体序列的去除及Blast数据库的建立

2.5数据处理过程及自动化实现

3结果

4讨论

参考文献

文献综述生物信息数据整合与WebServices、XML技术研究进展

引言

1生物信息数据整合

1.1数据整合(data integration)的概念

1.2生物数据整合的困难

1.3生物数据整合的理论研究现状(方法和策略)

1.4结语

2 XML概述与研究进展

2.1 XML技术概况

2.2XML在生命科学应用中的研究进展

2.3结语

3 Web Services研究进展

3.1 Web Services概述

3.2 Web Services工作原理

参考文献

在读期间发表或被接收的论文

致谢

声明