胃癌中转录增强子的研究及疾病相关增强子数据库的构建

摘要

增强子通常特异性的启动或增强多能性相关基因的表达，进而调控细胞分化的进程。增强子的异常表达以及增强子序列的改变，可能会引起癌相关基因或者多能性相关基因的表达，导致细胞的癌变或凋亡，从增强子角度出发研究疾病致病机理将会有重要价值和意义。
　　CAGE最早于2003年被提出，通过特异性提取转录本的5’端序列，可以得到基因精确地转录起始位点，基于双向转录的CAGE信号，可以有效鉴别基因组上有活性的增强子，CAGE技术成为研究转录增强子强大有效率的工具。本文基于CAGE测序数据，对两株来自胃部的细胞系 AGS和 GES-1进行了高通量测序，构建了其转录增强子表达谱，发现有活性的增强子的调控的目标基因基本有转录活性，且这些基因倾向于富集在癌症相关通路，表明增强子在癌变过程中有重要作用。
　　为了进一步理解增强子在疾病致病机制中可能的作用，我们构建了疾病相关增强子数据库(eSNPdb).数据库包含了来自 FANTOM5和VISTA数据库的67268增强子，826350个位于增强子区域的SNP，其中8521个疾病相关SNP，部分已经被证实可通过改变增强子的功能影响目标基因的表达。数据库同时收集了增强子内的转录因子结合位点（TFBS），并估计了SNP对增强子区域内转录因子结合效率的影响。通过该数据库，我们将疾病与增强子关联起来，对进一步研究疾病的致病机制有重要的意义。

目录

第一章 绪论

1.1增强子对基因转录调控的意义

1.1.1基因表达调控

1.1.2真核生物基因转录过程

1.1.3增强子在真核生物转录过程中的作用

1.2增强子的研究方法

1.2.1基于实验的方法

1.2.2 基于计算的方法

1.3胃癌转录组及转录调控研究现状

1.4基因调控区域疾病相关突变研究进展

第二章 胃癌中转录增强子的研究

2.1引文

2.2基于双向CAGE信号鉴别转录增强子

2.3数据分析

2.3.1数据质量，数据清洗

2.3.2基因组比对

2.3.3 CAGE信号筛选方法

2.3.4基因组注释

2.3.5 AGS/GES-1增强子表达谱

2.3.6增强子目标基因表达谱

2.3.7增强子目标基因通路富集分析

2.4小结

第三章 疾病相关增强子数据库的构建

3.1数据库设计

3.2数据来源

3.2.1增强子

3.2.2 SNP

3.2.3疾病数据

3.2.4连锁不平衡

3.2.5基因组注释

3.2.6转录因子结合位点

3.3网站环境

3.4数据库功能

3.4.1数据库数据概况

3.4.2数据库页面

3.5相关数据分析

3.5.1 SNP在增强子区域的分布

3.5.2 eSNP显著影响转录因子结合效率

3.5.3增强子目标基因参与疾病发生

3.6总结与展望

参考文献

致谢

攻读学位期间学术成果

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