酸性土壤中嗜酸稀有放线菌的多样性及多相分类研究

摘要

该文介绍了放线菌和嗜酸放线菌的分类学研究进展,研究了中国酸性土壤中稀有放线菌的生物多样性,并采用以分子分类、系统发育学分析、化学分类、形态特征和生理生化特性相结合的多相分类方法对3株土壤新分离菌株进行了分类学研究.实验中,从江西、云南、北京采集的10份酸性土样,采用分散和差速离心法和常规分离方法分离出嗜酸放线菌252株.研究表明,其中90%以上为链霉菌.通过形态观察、pH梯度生长实验和细胞壁化学组分分析筛选出稀有放线菌代表菌株20株,对它们做了ARDRA分析和16S rDNA序列分析.ARDRA分析表明,它们呈11种不同的图谱类型,其中9株的图谱相同,另外4株的图谱与之差异不大,而其余7株的图谱与之差异很大且各不相同.16S rDNA序列分析表明,20株稀有放线菌中的18株分别属于6个已知属,其中13株属于诺卡氏菌属(Nocardia),它们在系统发育树上处于多个进化分枝;各有1株分别属于壤球菌属(Agrococcus)、节杆菌属(Arthrobacter)、北里孢菌属(Kitasatospora)、考克斯菌属(Kocuria)和嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus);其余2株是迄今尚未定名的一个新科(

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第一章放线菌分类学研究概况

1.1放线菌分类学研究的目的和意义

1.2放线菌分类学发展简史

1.2.1放线菌在生物分类中的地位

1.2.2放线菌分类学的发展和多相分类

1.3放线菌的分类系统

1.4放线菌的生物多样性和嗜酸放线菌分类学研究进展

1.4.1放线菌种群的多样性

1.4.2嗜酸放线菌的研究进展

1.5放线菌多相分类方法学

1.5.1传统分类方法

1.5.2数值分类

1.5.3化学分类方法

1.5.4分子分类方法

1.6小结

1.7本论文试验内容

第二章酸性土壤中嗜酸稀有放线菌的多样性研究

2.1材料和方法

2.1.1土壤

2.1.2嗜酸放线菌的分离筛选

2.1.3嗜酸放线菌的纯化与保藏

2.1.4形态特征的观察

2.1.5pH梯度生长试验

2.1.6细胞壁氨基酸组分分析

2.1.7总DNA的小量提取和16S rDNA的PCR扩增

2.1.8 ARDRA分析

2.1.9 16S rDNA测序和序列分析

2.2结果

2.2.1分离菌株的形态特征析

2.2.2 pH梯度生长试验

2.2.3细胞壁氨基酸组分分析

2.2.4 ARDRA分析

2.2.5 16S rDNA序列分析

2.3讨论

第三章分离菌株117、43401和12202的多相分类研究

3.1材料和方法

3.1.1实验菌株的来源、培养和保藏

3.1.2形态学研究法

3.1.3 16S rDNA序列测定和系统发育分析

3.1.4化学分类法

3.1.5分子分类法

3.1.6生理生化特性研究

3.2结果与讨论

3.2.1形态学特征

3.2.2化学分类研究

3.2.3以16S rDNA序列为基础的系统发育分析

3.2.4 DNA同源性测定-DNA-DNA体外分子杂交

3.2.5生理生化特性研究

3.3小结

3.3.1新种密云诺卡氏菌(Nocardiam miyunensi sp.nov.)的描述

3.3.2新种江西诺卡氏菌(Nocardia jiangxiensis sp.nov.)的描述

3.3.3菌株12202的描述

第四章结论

参考文献

致谢

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