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第一章 基本理论
1.1 分子力学
1.3 分子动力学模拟
1.4 自由能的计算方法
第二章 FKBP12 蛋白与几种抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算
2.1 引言
2.2 计算细节
2.3 结果和讨论
2.4 小结
第三章 分子动力学研究几个残基变异对 HIV PR-IDV 和 HIV PR-GRL-9805 复
3.1 引言
3.2 计算细节
3.3 结果与讨论
3.4 结论
第四章 MM-PBSA 方法研究 MDM2 蛋白和抑制剂的结合模型
4.1 引言
4.2 计算细节
4.3 结果与讨论
4.4 小结
第五章 分子动力学模拟和自由能计算研究 scFv 和小分子的结合
5.1 前沿
5.2 计算细节
5.3 结果与讨论
5.4 结论
第六章 大肠杆菌的水通道蛋白的选择性过滤区的选择机制
6.1 前言
6.2 建模与仿真
6.3 结果与讨论
6.4 结论
第七章 总结与展望
7.1 本论文的结论和研究意义
7.2 未来展望
参考文献
攻读博士期间发表的论文
致谢