基于RNA-seq的绒山羊皮肤行囊转录组数据组装和分析

摘要

绒山羊绒毛生长发育模式非常复杂，受基因和环境共同调控。生长因子及其受体作为体内分泌协调基因和环境的重要环节，对绒毛的生长调控起着极其重要的作用，多种因子共同构成了毛囊发育和周期性生长的复杂网络，目前还无法明确其中具有关键性的作用的网络和网络中的关键因子。随着大规模测序技术特别是转录组测序技术的发展，使得批量获得大量数据成为可能，特别是目前在已经拥有山羊基因组参考序列的情况下，我们可以把转录本映射回基因组，确定转录本位置、剪切情况等较为全面的遗传信息，本研究以6只来自于内蒙古白绒山羊阿尔巴斯型个体RNA-seq测序数据为研究对象，通过生物信息学方法对转录组数据进行了分析，得到以下主要结论:
　　1、质控检测结果表明前续试验所测得6个样本转录组序列结果均合格，可用于后续生物信息学分析，筛选共得到617个在初级毛囊和次级毛囊中差异表达的基因，其中，上调表达基因297个，下调表达基因320个。
　　2、GO分析表明上调表达基因主要行使:电子传递链、呼吸链电子传递、线粒体电子传递、基因表达、RNA代谢、小分子代谢过程、T细胞分化、翻译、mRNA剪切、细胞运输等生物学功能;下调表达基因主要行使:细胞自我吞噬、蛋白质复性、中性粒细胞聚集、细菌防御反应、真菌防御反应、中性粒细胞趋化性、精氨酸分解代谢过程、自噬泡组件装配、炎症反应过程中白细胞迁移、肥大细胞活化等生物学功能。
　　3、KEGG分析表明上调基因主要参与:帕金森氏病、底物磷酸化、亨廷顿舞蹈病、阿尔茨海默病、剪切、代谢途径、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、嘧啶代谢、减数分裂、心肌收缩等信号通路;下调基因主要参与:亨廷顿舞蹈病、帕金森氏病、底物磷酸化、阿尔茨海默病、剪切、趋化性细胞因子信号通路、醚脂类代谢、泛素介导的蛋白水解作用、VEGF信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成等信号通路。4、共表达能力最强的10个基因分别为:PAIP2、Cllorf10、NDUFC1、goat_GLEAN_10009932、goat_GLEAN_10009933、goat_GLEAN_10009934、TNNC1、TOMM7、 BAG2、PCP4L1。

目录

声明

摘要

缩略词表

1 引言

1．1 山羊绒性状研究进展

1．2 测序技术发展历程

1．2．1 第一代测序技术

1．2．2 第二代测序

1．2．3 第三代测序技术

1．3 转录组与RNA-seq

1．4 本研究的目的和意义

2 材料与方法

2．1 研究材料

2．2 研究方法

2．2．1 质量控制质控和短序列比对

2．2．2 批量Blast

2．2．3 基因表达定量

2．2．4 差异基因筛选

2．2．5 基因功能分析

2．2．6 信号通路分析

2．2．7 共表达网络构建

3 结果与讨论

3．1 质量控制

3．2 Mapping

3．3 批量Blast结果

3．4 差异表达基因筛选结果

3．5 基因功能分析结果

3．6 信号通路分析结果

3．7 共表达关系网络构建结果

4 结论

致谢

参考文献

附表1 差异表达基因列表(批量Blast to hg19)

作者简介