江西省新型隐球菌遗传型、居群遗传变异和药物敏感性的研究

摘要

目的： 1.探讨江西省新型隐球菌的基因型组成、分子流行病学特征和体外药物敏感性，丰富我国隐球菌的流行病学数据； 2.了解本地区分离的新型隐球菌基因型在全球的分布情况，同时分析我国不同地区间新型隐球菌遗传变异关系，追溯可能的传播/突变起源。 方法： 收集2016年1月-2017年11月江西省多家医院住院患者首次分离的新型隐球菌86株；采用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱技术（MALDI-TOF MS）、特异性引物SOD1和刀豆氨酸-甘氨酸-溴麝香草酚蓝（CGB）培养基对所有菌株进行菌种鉴定；ATBTM Fungus3试剂盒测定86株隐球菌对5种常用抗真菌药物氟康唑（FCA）、5-氟胞嘧啶（5FC）、伊曲康唑（ITR）、伏立康唑（VRC）和两性霉素B（AMB）的体外敏感性；聚合酶链反应(PCR)扩增特异产物SOD1和STE20（STE20Aa、STE20Aα、STE20Da和STE20Dα）确定86株菌的基因型、血清型和交配型；多位点序列分型（MLST）对所有菌株进行同源性分析，同时应用 eBURST软件对分型结果进行亲缘关系分析；利用MEGA7.0软件对7个管家基因（CAP59、GPD1、IGS1、LAC1、PLB1、SOD1和URA5）的串联序列进行系统发育分析；GenAlEx6.5软件统计全国数据，分析不同地区间新型隐球菌的遗传变异关系。 结果： 共收集来自江西省14个地区的新型隐球菌86株，绝大多数（76.7%；66/86）来自免疫抑制/缺陷的患者，其中有35株（40.7%）来自HIV患者；所有菌株对5种抗真菌药物均敏感，但在不同ST型菌株间，甚至在相同ST型菌株间，其最小抑菌浓度（MIC）值仍存在明显差异；86株隐球菌均为血清型A，交配型α(MATα)，基因型VNⅠ；MLST分型共检出8种ST型，包括2个新的ST型（ST226和ST319），6个在我国其他地区/国外均有报道的ST型(ST5、ST31、ST32、ST139、ST186和ST359)；种群结构分析发现这8种ST型属于同一克隆群，其中ST5型是江西省主要的遗传型（84.9%；73/86）；MLST揭示的18个等位基因在江西省以外地区都有发现，无特异性；系统发育分析显示ST5、ST186、ST359、ST31和ST32在遗传学上相似；居群遗传关系分析猜测江西省发现的ST型可能是由中国内外其他地区传播而来或者由江西省其他ST型突变而来。 结论： 江西省大多数隐球菌病患者潜在的危险因素与免疫力低下有关；ST5是江西省和我国其他地区主要的遗传型；在中国大多数地区，可通过地理长距离传播的方式来形成独特的ST型；持续的隐球菌监测对了解隐球菌动态变化很有必要。

目录

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英文缩略词表

第 1 章 引言

第2章 材料与方法

2.1 材料

2.1.1 菌株来源及患者临床资料

2.1.2 主要仪器

2.1.3 主要试剂

2.1.4 主要试剂的配置

2.1.5引物设计与合成

2.2方法

2.2.1 菌株的鉴定与保存

2.2.2 药敏试验

2.2.3新型隐球菌DNA提取

2.2.4基因型、血清型和交配型的确定

2.2.5 MLST分析

2.2.6 系统发育分析

2.2.7 全国新型隐球菌居群遗传变异分析

2.2.8 伦理陈述

第 3 章 结果

3.1 临床菌株数据统计结果

3.2 药敏结果

3.3 血清型、交配型和MLST分析结果

3.4 系统发育树

3.5 中国新型隐球菌地理居群关系

第4章 讨论

第5章 结论

致谢

参考文献

附录

攻读学位期间的研究成果

综述:隐球菌遗传多态性分析方法研究进展