声明
摘要
第一章 绪论
1．1 新一代DNA测序技术
1．1．1 454测序技术
1．1．2 Solexa测序技术
1．1．3 SOLiD测序技术
1．2 论文目的及意义
1．3 论文的主要研究内容
1．4 论文的创新点
第二章 磁珠识别
2．1 图像分割
2．1．1 迭代阈值法
2．1．2 Otsu阈值法
2．1．3 最大熵阈值法
2．1．4 动态阈值法
2．1．5 梯度算子法
2．1．6 水平集法
2．1．7 各分割方法比较
2．2 磁珠定位
2．2．1 基于灰度和面积的磁珠定位法
2．2．2 二次搜索的磁珠定位法
2．2．3 荧光图像融合的磁珠定位法
2．3 本章小结
第三章 图像配准
3．1 图像配准综述
3．1．1 图像配准的数学模型
3．1．2 图像变换类型
3．1．3 图像配准的几类方法
3．1．4 图像配准的步骤
3．1．5 图像配准中的插值问题
3．2 基于傅里叶变换的Fourier-Mellin图像配准法
3．2．1 傅里叶变换的基本属性
3．2．2 Fourier-Mellin方法的基本原理
3．2．3 Fourier-Mellin方法的结果分析
3．3 基于互信息的图像配准法
3．3．1 互信息的基本概念及性质
3．3．2 互信息图像配准的基本原理
3．3．3 互信息图像配准的结果分析
3．4 优化方法
3．4．1 Fourier-Mellin和互信息法相结合的优化方法
3．4．2 Fourier-MeHin优化方法
3．4．3 互信息优化方法
3．5 本章方法比较
3．6 本章小结
第四章 光谱串扰校正
4．1 图像预处理
4．1．1 背景减除
4．1．2 灰度线性拉伸
4．2 提取荧光强度信号并归一化
4．2．1 提取荧光强度信号
4．2．2 归一化
4．3 光谱串扰校正
4．3．1 荧光光谱串扰现象
4．3．2 光谱串扰校正模型
4．3．3 获取光谱串扰矩阵W
4．4 实验分析
4．4．1 求解W实验
4．4．2 光谱串扰校正实验
4．4．3 实验总结
4．5 本章小结
第五章 Barcode测序实验
5．1 Barcode测序实验的具体方案
5．1．1 Barcode测序过程
5．1．2 测序图像处理与碱基读出过程
5．2 Barcode测序实验结果
5．2．1 比较直接提取法和均值提取法
5．2．2 验证归一化方法
5．2．3 验证光谱串扰校正方法
5．2．4 比较斜率法和K-均值法
5．3 统计分析错配原因
5．4 优化方法
5．4．1 筛除重叠磁珠的方法
5．4．2 筛除坏信号的方法
5．5 本章小结
第六章 总结和展望
6．1 论文的研究成果
6．2 需要进一步解决的问题和展望
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间发表和完成的论文
