HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学研究

摘要

目的：
　　目前我国HIV感染者中流行的HIV-1亚型种类复杂、多样，且流行分布具有明显的时间、地点和人群分布差异。研究表明，HIV-1亚型与艾滋病病程及其耐药突变具有一定的关联。随着我国艾滋病流行模式的转变和抗病毒治疗规模的不断扩大，有必要开展系统全面的HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学调查，从分子水平揭示HIV-1的流行信息和流行趋势。目前性传播已成为我国HIV的主要传播途径，本研究通过Meta分析，在系统全面地了解我国HIV经性传播人群中HIV-1亚型流行分布特征的基础上，开展本次的分子流行病学调查研究，以初步了解无锡市HIV-1亚型及耐药突变的流行分布情况，并结合常规工作中关于HIV/AIDS的流调、随访、治疗等信息，以初步探讨HIV-1感染病程和耐药的可能影响因素，旨在为该市艾滋病的防治工作提供有价值的信息。
　　方法：
　　1.Meta分析:检索PubMed、Web of Science、CNKI、CBM、万方等数据库，收集公开发表的有关中国HIV-1亚型的研究文献。按纳入与排除标准进行文献的筛选和数据提取，运用Freeman-Tukey双反正弦变换法对不同病毒亚型的流行率进行合并计算，并从研究时间、研究地点和研究人群三个方面进行亚组分析。Meta分析软件包括R3.2.1和SAS9.3。
　　2.HIV-1亚型分析:以无锡市疾控中心2012～2013年常规CD4监测随访队列中的343例HIV/AIDS患者为研究对象，在知情同意的基础上进行流行病学个案调查和静脉血采集，并采用巢式PCR扩增env和pol区的部分基因片段后送至生物公司测序，根据env和pol的部分基因序列进行病毒亚型分析。
　　3.HIV-1耐药突变分析:将279例研究对象的pol基因序列（覆盖pol区的蛋白酶基因全长及反转录酶1-280位左右的密码子序列）提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库，进行耐药基因突变分析。
　　4.统计学分析:建立Excel数据库，使用SAS9.3或SPSS19.0软件进行统计学分析。定性资料采用率或构成比描述，用x2检验或Fisher确切概率法或Kruskal-Wallis法进行统计学分析，P＜0.05为差异具有统计学意义;定量资料采用均数±标准差((x)±s)描述。采用重复测量资料的方差分析进行CD4+T淋巴细胞计数变化差异的分析，采用非条件Logistic回归或生存分析进行HIV病程和耐药的影响因素分析。
　　结果：
　　1.Meta分析共纳入130篇文献，包括18725例成功分型的样本。CRF01 AE、B、CRF07_BC、CRF08 BC和C亚型的合并流行率分别为44.54％(95％CI:40.81-48.30)、18.31％(95％CI:14.71-22.17)、16.45％(95％CI:13.82-19.25)、2.55％(95％CI:1.56-3.73)、0.37％(95％CI:0.11-0.72)。分层分析发现，B亚型在性传播感染人群中的流行率呈下降趋势，而CRF01_AE、CRF07_BC在性传播感染人群中和CRF08 BC在异性传播感染人群中的流行率呈上升趋势，且不同地区的HIV-1亚型分布呈现明显差异。
　　2.最终有313例研究对象成功进行HIV-1分型，其中CRF01 AE所占比例最高，达49.4％(155/313)，其他亚型及流行比例分别为CRF07_BC16.9％(53/313)、B12.8％(40/313)、CRF08_ BC9.3％(29/313)、CRF67_01B3.8％(12/313)、CRF68_01B1.9％(6/313)、CRF02_ AG0.3％(1/313)、CRF59_01B0.3％(1/313)、C0.3％(1/313)和URFs4.8％(15/313)，不同性别、年龄和传播途径间的病毒亚型分布存在统计学差异（P＜0.01）。
　　3.279例研究对象中，共发现36例存在耐药基因突变，耐药率为5.0％(14/279)，其中未用药人群的耐药率为1.8％(4/220)，用药人群的耐药率为16.9％(10/59)，二者存在统计学差异。耐药突变主要包括D30N、L90M、K65R、M184IV、K103N和Y181C等点突变所引起的不同类型抗病毒药物的高度或中度耐药，而其他耐药突变则引起低度或潜在低度耐药。
　　4.病程的影响因素分析发现，HIV-1 CRF07/08_BC毒株感染相对B亚型，病程进展缓慢(OR=0.312，95％CI:0.134～0.728)，然而CRF07/08_ BC毒株感染者合并耐药突变较B亚型毒株感染者合并耐药突变的病程进展更快(OR=12.276，95％CI:2.255～66.830);耐药的影响因素分析发现，HIV确诊时年龄是产生耐药的保护因素(OR=0.930，95％CI:0.909～0.987)，即HIV确诊时年龄越小越易发生耐药。
　　结论：
　　1.中国HIV-1经性传播人群的亚型分布存在较大的时间变异性和地理差异性，HIV-1的高度变异性给艾滋病的监测、预防和控制带来了极大挑战。
　　2.目前无锡市流行的HIV-1毒株种类复杂多样，为有效控制新的重组毒株的产生与流行，应进一步加强不同高危人群的健康教育和行为干预，并严密监测HIV-1亚型的流行动态。
　　3.相对B亚型，non-B亚型中的CRF07/08_BC感染后病程进展缓慢，然而CRF07/08_BC感染合并耐药突变较B亚型感染合并耐药突变的病程进展更快，其作用机制需给予进一步的探讨。
　　4.该地区HIV-1耐药株的传播尚处于低流行态势，耐药突变主要由已有抗病毒药物的使用所诱发，然而药物间的交叉耐药及耐药株的传播警示该地区应加强HIV-1/AIDS人群的耐药监测。

目录

声明

摘要

缩略词中英文对照

前言

第一章 中国HIV-1经性传播人群中不同亚型毒株流行率的Meta分析

1．1 材料与方法

1．1．1 文献检索

1．1．2 纳入与排除标准

1．1．3 数据提取

1．1．4 统计分析

1．2 结果

1．2．1 文献筛选

1．2．2 纳入文献基本特征

1．2．3 不同HIV-1亚型的流行率

1．2．4 亚组分析

1．2．5 发表偏倚评估

1．3 讨论

第二章 无锡市HIV-1亚型及其与疾病进程间的关联研究

2．1 研究对象与方法

2．1．1 研究对象

2．1．2 个案调查

2．1．3 静脉血采集

2．1．4 CD4+T淋巴细胞绝对计数

2．1．5 基因扩增及测序

2．1．6 病毒亚型判定

2．1．8 实验质量控制

2．1．9 伦理学审查

2．1．10 统计与分析方法

2．2 结果

2．2．1 研究对象基本特征

2．2．2 nest-PCR扩增与测序

2．2．3 系统进化树绘制

2．2．4 基因离散率

2．2．5 HIV-1基因分型结果

2．2．6 不同流行病学特征的亚型分布

2．2．7 HIV-1亚型与病程间的关联分析

2．3 讨论

第三章 无锡市HIV-1毒株耐药基因变异研究

3．1 研究对象与方法

3．1．1 研究对象

3．1．2 序列分析

3．1．3 伦理学审查

3．1．4 统计分析方法

3．2 结果

3．2．1 研究对象基本特征

3．2．2 HIV-1耐药分布

3．2．3 耐药基因突变位点

3．2．4 HIV-1基因型与耐药

3．2．5 HIV-1耐药影响因素分析

3．3 讨论

小结

参考文献

附录

综述：HIV-1基因型的分子流行病学研究进展

致谢

作者简介