三种黄鳝RAPD标记和遗传多样性分析

摘要

该文应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对黄鳝属(Monopterus)中产自缅甸的山黄鳝(M.cuchia),印度尼西亚的穴黄鳝(M.fossorius),及中国的黄鳝(M. albus),共12个个体基因组DNA的遗传标记进行分析.先用12个个体的混合DNA对OPA、OPB和OPD三个系列40个随机引物进行筛选,有35个引物获得了扩增谱带,30个引物获得了重复性良好的谱带.该试验选用筛选出的30个引物分别对三种黄鳝的12个个体核DNA进行PCR扩增,其扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分离后,共获得315个扩增片段,长度为250~5417bp,具有良好的重复性.每个引物在种间均能扩增出DNA多态性片段,每条扩增条带含有2~16个大小不等的片段.30个引物均可将1种、2种甚至3种黄鳝分别区别开来.检出三种黄鳝特异性片段87个,其中M.cuchia有25个,M.fossorius有33个,M albus有29个.从所检测到的位点中,三种黄鳝种群间的多态位点比例(P)为80.32％,遗传多样性指数(H)为0.157 5;种群内的多态位点比例和遗传多样性指数在M. albus中为33.53％、0.080 1;在M.cuchia中为48.61％、0.064 5,在M.fossorius中为44.88％、0.138 0.结果表明,种群间和种群内都具有较高的遗传变异,种群间的遗传变异高于种群内的.通过DPS2003种群遗传分析软件包计算显示:M.cuchia个体间遗传距离(D)最小为0.450 5、最大为0.835 6,平均为0.584 2;M.fossorius个体间遗传距离最小为0.140 0、最大为0.904 8,平均为0.525 0;M.albus个体间遗传距离最小为0.250 0、最大为0.764 7,平均为0.529 3.M.albus与M.fossorius的遗传距离最大,为0.741 5;M.cuchia与M.fossorius的遗传距离次之,为0.703 5;M.cuchia与M.albus的遗传距离最小,为0.686 0.根据遗传距离指数,用UPGMA方法进行聚类分析,构建了三种黄鳝亲缘关系聚类图.图中所示三种黄鳝中M.cuchia与M.albus亲缘关系最近,M.fossorius与其余两种相对要远.

目录

文摘

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前言

1同工酶与蛋白质电泳分析

2 DNA遗传标记

2.1 RFLP标记

2.2 ALFP标记

2.3 DNA指纹

2.4 mtDNA标记

2.5 DNA-PCR

2.6 SNP标记

2.7 RAPD标记

3 RAPD技术鱼类种质资源上的应用

3.1随机扩增多态DNA技术的原理

3.2 RAPD技术的优点

3.3 RAPD技术在鱼类种质资源研究中的应用

4本项目的研究目的

试验研究

1材料和方法

1.1试验材料与来源

1.2血样的采集

1.3所用仪器和设备

1.4主要的试剂和酶

1.5随机引物

1.6缓冲液及主要试剂的配制

1.7试验方法

1.8分析方法

2结果

2.1三种黄鳝形态特征比较

2.2黄鳝血液DNA的含量与纯度

2.3筛选的引物

2.4三种黄鳝群体内和间的遗传变异及聚类分析

3分析与讨论

3.1关于取材样品的问题

3.2关于RAPD标记的应用

3.3关于RAPD标记的适用性

3.4关于三种黄鳝的亲缘关系问题

3.5影响试验结果的因素

3.6 RAPD标记的应用前景

4结论

4.1所选的随机引物基本能满足三种黄鳝RAPD遗传分析

4.2确立了PARD指纹图谱的扩增程序

4.3三种黄鳝种群间和种群内DNA具有高度多态性

4.4 RPAD技术分析结果与形态学相吻合

参考文献

致谢

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