声明
摘要
缩略语表
1．1植物的免疫系统
1．2类受体蛋白及其信号转导
1．3非编码RNA及功能研究简介
1．4大丽轮枝菌及其基因组研究现状
1．5本研究的目的与意义
第二章长链非编码RNA参与棉花对黄萎病的抗性
2．1材料与方法
2．1．1实验材料和样品制备
2．1．2链特异性的RNA文库的建立和测序
2．1．3长链非编码RNA的鉴定，分类和功能注释
2．1．4组织特异性表达分析
2．1．5病原菌诱导表达分析
2．1．6物种特异和物种保守的lncRNA的鉴定
2．1．7 SNP变异鉴定
2．1．8系统发生树的构建
2．1．9 GO富集分析
2．1．10病毒介导的基因沉默
2．1．11VIGs植株的接种鉴定和真菌恢复培养
2．1．12实时定量PCR分析
2．2结果与分析
2．2．1棉花根中长链非编码RNA的鉴定
2．2．2长链非编码RNA的组织特异性分析
2．2．3来自不同亚基因组的lncRNA受诱导后的偏向性表达分析
2．2．4两个棉花种的lncRNA的病菌诱导表达模式的比较分析
2．2．5物种保守和物种特异的lncRNA的特征分析
2．2．6成对的长链非编码RNA和其邻近基因及它们的表达水平
2．2．7候选长链非编码RNA对黄萎病菌抗性的功能验证
2．2．8 lncRNA的甲基化对植物免疫的调控作用
2．3讨论
第三章棉花全基因组中类受体蛋白的筛选和功能鉴定
3．1材料和方法
3．1．1四个棉种基因组中类受体蛋白的筛选
3．1．2组织表达模式和病原菌诱导表达模式分析
2．1．3病原菌诱导表达分析
2．1．4 RLP的选择压力
2．1．5病毒介导的基因沉默(Virus-induced gene silencing，VIGS)
2．1．6 VIGS植株的接种鉴定
3．2结果与分析
3．2．1四个棉种中类受体蛋白的鉴定结果
3．2．2海岛棉和陆地棉的类受体蛋白分布
3．2．3不同亚基因组的类受体蛋白的进化选择压力
3．2．4类受体蛋白表达的组织特异
3．2．5类受体蛋白的病原菌诱导表达模式
3．2．6 VIGS方法鉴定棉花类受体蛋白对病原菌的抗感功能
3．3讨论
第四章棉花大丽轮枝菌的基因组测序和比较基因组分析
4．1材料和方法
4．1．1基因组测序和拼接
4．1．2重复原件TE注释
4．1．3基因预测和注释
4．1．4表观遗传特征
4．1．5菌株特异基因(Strain-specific gene)
4．1．6鉴定存在，缺失变异(present／absent variation，PAV)
4．1．7鉴定结构变异(SV)
4．2结果与分析
4．2．1基因组拼接和组装
4．2．2基因和TE的预测和注释
4．2．3全基因组范围的DNA甲基化水平
4．2．4比较基因组的结构变异分析
4．2．5 strain-specific基因与core基因的功能分化
4．2．6 PAV区域对strain-specific基因的形成至关重要
4．2．7 PAV通过strain-specific基因影响病原菌毒力
4．2．8 Strain-specific基因的表达受DNA甲基化调控
4．2．9真菌重测序群体
4．3讨论
参考文献
附录
攻读学位期间己发表的论文和待发表的论文
致谢
