基于Java和XML的系统生物学可视化建模系统

摘要

该文提出了一种基于Java和XML的系统生物学建模系统BioDesigner的设计和实现.BioDesigner提供了友好的可视化的用户界面,使得系统生物学研究者能够方便地完成生化反应网络的建模工作.系统以直观的图形化方式显示网络,可以帮助生物学家清楚地理解网络的结构;而建立的模型采用了系统生物学标记语言来进行描述,所以能够在其它软件工具之间得到有效的共享和交换,以利用这些工具对模型进行仿真和计算.BioDesigner建模系统还实现了同一些常用的仿真和计算软件的整合与协作.该文利用BioDesigner有效地建立了一个最小钙振荡模型,并利用多种工具进行仿真,从而验证了模型的正确性和系统的实用性.

目录

文摘

英文文摘

1绪论

1.1系统生物学的发展

1.2建模和仿真在系统生物学中的意义

1.3问题的提出

1.4本文的主要研究内容

2系统的体系结构分析

2.1 BioDesigner的实现要求

2.2 Java结合XML的技术路线

2.3面向对象的设计方法

2.4小结

3系统生物学中生化网络的建模技术

3.1生化网络的建模技术

3.2利用SBML描述模型

3.3小结

4系统的设计与实现

4.1系统结构基本组成

4.2主要模块的实现和关键技术的剖析

4.3小结

5系统的操作与应用

5.1系统的操作

5.2系统的应用实例

5.3小结

6同其他软件的整合和协作

6.1同Jarnac的整合

6.2同Matlab的协作

6.3同Mathematica的协作

6.4小结

7总结

致谢

参考文献

附录1攻读学位期间发表论文目录

附录2主要程序目录