声明
1绪论
1.1研究背景及意义
1.2国内外研究现状
1.3课题来源及研究内容
1.4论文结构
2相关技术介绍
2.1 BQSR相关知识
2.1.1 BQSR的作用与意义
2.1.2 BQSR处理流程介绍
2.1.3碱基质量分数修正输入输出介绍
2.2 JNI技术
2.3 BAQ算法
2.4本章小结
3 BQSR的运行加速方案设计
3.1碱基质量分数修正的性能测试分析
3.2碱基质量分数修正系统的加速方案设计
3.3输入/输出加速方案设计
3.3.1输入/输出与计算并行模块
3.3.2输入/输出数据大小调整模块
3.4计算加速方案设计
3.4.1多线程并发加速模块
3.4.2 BAQ算法重构模块
3.4.3数据结构优化模块
3.5本章小结
4 BQSR的运行加速方案实现
4.1输入/输出加速方案实现
4.1.1 IO与计算并行化模块实现
4.1.2输入/输出数据大小调整模块的实现
4.2计算加速方案实现
4.2.1多线程并发加速模块的实现
4.2.2 BAQ算法模块优化实现
4.2.3数据结构优化模块的实现
4.2.4碱基上下文计算模块的实现
4.3测试数据及环境
4.4 BQSR加速性能测试与分析
4.4.1多线程并发优化模块性能测试
4.4.2重构BAQ算法模块加速性能测试
4.4.3数据结构加速性能测试
4.4.4碱基上下文编码加速性能测试
4.4.5并行IO与计算模块及数据大小调整模块性能测试
4.4.6 BQSR加速方案总体性能测试
4.5本章小结
5总结与展望
5.1全文总结
5.2展望
致谢
参考文献
