中国岩羊(Pseudois nayaur)遗传多样性与遗传结构研究

摘要

岩羊(Pseudois nayaur)是我国二级保护野生动物，具有重要的生态和经济价值。本研究共采集了124个组织样本，根据其地理分布位置，划分为贺兰山、四川、甘肃、青海、新疆、西藏6个种群。我们选用12个微卫星位点(SRCRSP3、ILSTS30、TCR VB6、LSCV36、 ILSTS058、 INRABERN185、 OarFCB304、 ILSTS019、LSCV105、 LSCV116、LSCV06和ETH10)对岩羊进行种群遗传学分析，主要分析种群间的等位基因(NA）、有效等位基因(NE)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、基因分化系数(FsT)、基因流(NM），根据Nei's DA遗传距离构建群体和个体NJ系统树，并通过贝叶斯聚类分析方法用STRUCTURE软件来推导种群的遗传结构，得出以下研究结果:
　　1.12个位点共检测到183个等位基因，各位点等位基因数最低为7个，最高为22个，平均为15.25，平均有效等位基因为7.20;平均多态信息含量(PIC)的值为0.84。所有位点的观测杂合度(Ho)介于0.37～0.80之间，均值为0.60;期望杂合度（HE）介于0.76～0.91之间，均值为0.86。
　　2.12个多态位点的Hardy-Weinberg平衡检验结果显示:位点SRCRSP3、LSCV36、INRABERN18、OarFCB304、LSCV116和ETH10在6个种群的检验结果完全或基本符合哈温平衡（P＞0.05），位点TCRVB6在三个种群中处于不平衡状态，其余5个位点只在某一个种群中偏离平衡。不平衡可能与每个种群的样本数有关，也可能存在无效等位基因。
　　3.通过基因分化系数(FsT)的结果，可以看出贺兰山种群与其他5个种群的平均基因分化系数为0.37，大于西藏种群与任意种群的分化系数，在NJ树上单独聚为一枝，支持贺兰山种群作为岩羊第三亚种的观点。

目录

摘要

1 绪论

1．1 课题背景

1．2 谱系生物地理学

1．2．1 研究内容

1．2．2 谱系生物地理学的发展

1．3 简单序列重复(SSR)标记技术

1．3．1 SSR标记技术原理

1．3．2 SSR标记的特点

1．3．3 SSR标记技术在动物研究中的应用

1．4 岩羊生物学特性与研究概况

1．4．1 岩羊基本生物学特性

1．4．2 岩羊的研究概况

1．5 本论文研究的目的和意义

2 材料与方法

2．1 材料来源

2．2 主要试剂和仪器

2．2．1 主要试剂与试剂盒

2．2．2 主要溶液与缓冲液

2．2．3 实验仪器

2．3 基因组DNA的提取

2．4 微卫星引物的筛选

2．4．1 微卫星普通引物扩增

2．4．2 扩增产物克隆

2．5 微卫星荧光引物的扩增

2．6 PCR反应产物的检测与分析

2．7 数据分析

2．7．1 格式转化与无效等位基因检测

2．7．2 种群遗传学常用参数分析

2．7．3 Hardy-Weinberg平衡及连锁不平衡分析

2．7．4 固定指数

2．7．5 遗传距离与系统树构建

2．7．6 贝叶斯分析

3 结果

3．1 基因组DNA的提取

3．2 荧光引物PCR扩增产物的检测

3．3 数据的基本遗传学检验与参数统计

3．3．1 无效等位基因检测

3．3．2 基本遗传参数统计

3．3．3 Hardy-Weinberg平衡及连锁不平衡检验

3．4 种群遗传结构与变异水平

3．4．1 基因分化系数与基因流

3．4．2 DA遗传距离与系统树构建

3．4．3 种群遗传结构的STRUCTURE分析

4 讨论

4．1 取样和基因组DNA提取

4．2 微卫星引物筛选与扩增

4．3 哈温平衡与连锁不平衡

4．4 岩羊的种群遗传结构

结论

参考文献

攻读学位期间发表的学术论文

致谢

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