非培养方法对天目山春兰和蕙兰根内生及根际细菌的研究

摘要

本文采用16S rDNA克隆文库和末端限制性片段长度多态性（T-RFLP）两种非培养方法相结合对天目山春兰和蕙兰根内生细菌和根际细菌群落多样性进行了分析。
　　构建的春兰16S rDNA克隆文库包含350个克隆子，共组成51个OTUs，与43个属有最高的相似性。其中98.29%的克隆与可培养细菌的序列相似性大于97%，1.14%的克隆与可培养细菌序列相似性为83.1%-95.4%，0.57%的克隆与非培养的细菌有最高的相似性。该克隆文库中包括4大类群的细菌：变形菌门（90.29%）、拟杆菌门（2.00%）、厚壁菌门（7.71%）、放线菌门（0.29%）。其中最优势的类群为变形菌门，其中γ-变形菌所占比例最大，为81.43%。哈夫尼菌属为最优势菌属。
　　构建的蕙兰16S rDNA克隆文库包含342个阳性克隆，组成65个OTUs，与54个属有最高的相似性。与可培养菌株相似性在97%以上的克隆占总克隆数的95.91%，2.63%的克隆与可培养菌株相似性在75.9%-95.8%，其余1.46%与非培养的细菌具有较高的相似性。该克隆文库共包括4大类群的细菌：变形菌门（86.26%）、拟杆菌门（7.02%）、厚壁菌门（4.68%）、放线菌门（2.05%）。最优势的类群为变形菌门，其中γ-变形菌所占比例最大，为52.63%。肠杆菌属为最优势菌属。
　　采用T-RFLP技术对春兰和蕙兰根内生和根际细菌群落多样性进行研究。采用Msp I、Hae III两种限制性内切酶对16S rDNA的PCR产物酶切，对酶切产物进行检测。春兰和蕙兰根内生细菌的16S rDNA的PCR产物经Hae III酶切检测到14条T-RFs，经Msp I酶切检测到13条T-RFs。春兰和蕙兰根际细菌的16S rDNA的PCR产物经Hae III酶切检测到11条T-RFs，经Msp I酶切检测到14条T-RFs。各采样点有一些共有片段，说明各采样点中存在一些共有的细菌类群，此外还有一些特有片段，说明各采样点都有自己独特的细菌类群。各采样点每个 T-RF的相对丰度各不相同，说明每个采样点各细菌类群所占比例不同。T-RFLP与16S rDNA克隆文库结果比较发现两种方法的结果都表明γ-变形菌为优势类群。对春兰和蕙兰根内生和根际细菌T-RFLP结果进行 PCA分析，结果显示根内生和根际细菌明显分开为两个部分，说明这两种细菌群落结构是显著不同的，植物根内部和植物根际土壤这两种不同的存在部位对细菌类群影响最大。内生细菌7个采样点沿Y轴分散分布，说明内生细菌群落受不同植株个体影响结构差异较大。
　　研究首次发现赛托氏菌属、森林单胞菌属、吞食杆菌属、膨胀芽孢杆菌属、放线纤丝杆菌属5个属的细菌可生存在于植物体内。

目录

封面

声明

中文摘要

英文摘要

目录

第1章 前言

1.1 植物内生和根际细菌的研究现状

1.2 本研究的立题依据和研究内容

第2章 16S rDNA克隆文库的构建对春兰与蕙兰根内生细菌多样性的研究

2.1 材料与方法

2.2 结果

2.3 讨论

第3章 T-RFLP技术对春兰和蕙兰根内生细菌及根际细菌群落多样性研究

3.1 材料与方法

3.2 结果

3.3 讨论

结 论

参考文献

致 谢

攻读学位期间取得的科研成果