基于微卫星标记的罗坑自然保护区饲养鳄蜥种群的父权关系和遗传多样性分析

摘要

鳄蜥（Shinisauruscrocodilurus）俗称大睡蛇、落水狗、小五爪金龙，是第四纪冰川末期残留在我国华南地区的原始爬行动物物种，是我国Ⅰ级保护动物，1989年被列入CITES附录Ⅱ中。由于受到人类的猎杀和生境破碎化的影响而处于濒危边缘。为了保护这一物种，了解鳄蜥养殖群体的遗传多样性，完善饲养鳄蜥种群的遗传管理，本研究用微卫星标记对鳄蜥饲养种群的父权关系和遗传多样性展开研究。
　　通过比较鳄蜥唾液样品DNA与组织样品DNA浓度与PCR扩增效果，发现两者没有明显差别，证明唾液样品可以用于鳄蜥的分子遗传学研究。非损伤性取样法有高灵敏性、操作方便、对动物无损伤等特点，解决了珍稀濒危动物的取样难题。
　　应用12对微卫星引物对127只鳄蜥进行遗传分析，在12个微卫星位点上共检测到52个等位基因，微卫星等位基因数在2-13个之间，其中EX10位点检出的等位基因位点数最多，有13个，平均等位基因数为5.17。各个位点的平均杂合度为0.5412，12个微卫星位点的平均多态性值为0.5398，证明12个微卫星的多态性比较高，具有丰富的遗传多样性，能够在分子水平上反应鳄蜥的遗传关系。
　　12个位点的非父排除概率在0.5～0.963，计算这12个位点的累积频率，达到了亲子鉴定非父排除率不低于99％的标准，这12个位点足以对鳄蜥进行亲子鉴定，结果可靠。利用这12个微卫星对16窝鳄蜥进行父权鉴定，16窝中有两窝的子代数只有两个不能用来计算多父权比率，有6窝出现了基因型差异，证明存在有一个以上的生物学父亲，存在多父权，多父权的比率为42.8％。
　　为了有效的保护鳄蜥这一濒危物种，应当建立它的遗传谱系，来避免或减少近亲交配，保持种群的遗传多样性。

目录

摘要

第一章 前言

1．1 鳄蜥概述

1．1．1 鳄蜥的分类地位

1．1．2 鳄蜥种群分布区域

1．2 鳄蜥研究现状

1．2．1 鳄蜥生理生化及解剖学研究

1．2．2 鳄蜥生态学研究

1．2．3 鳄蜥分子生态学研究

1．3 非损伤取样

1．4 微卫星标记研究进展及应用

1．4．1 微卫星构成及特点

1．4．2 SSR遗传标记在遗传多样性研究中应用

1．4．3 微卫星标记在亲权鉴定中的应用

1．4．4 荧光标记微卫星

1．5 亲子鉴定

1．5．1 亲子鉴定原理

1．5．2 微卫星亲权鉴定技术

1．5．3 交配模式与多父权

1．6 研究目的及意义

第二章 材料与方法

2．1 实验材料

2．1．1 实验群体

2．1．2 样品采集

2．1．3 仪器设备及耗材

2．1．4 主要试剂及配制

2．2 实验方法

2．2．1 提取唾液样品DNA

2．2．2 基因组DN的浓度、纯度检测

2．2．3 微卫星引物的选择及合成

2．2．4 PCR程序

2．2．5 微卫星基因型分析

2．3 数据分析

2．3．1 微卫星基因多态性的统计分析

2．3．2 亲子鉴定

第三章 实验结果

3．1 基因组DNA提取结果检测

3．2 PCR产物琼脂糖检测

3．3 ABI 310 Genetic Analyzer检测结果

3．4 遗传多样性分析

3．4．1 等位基因频率

3．4．2 微卫星位点的多态性

3．4．3 H-W平衡检验

3．5 亲权鉴定

3．5．1 非父排除概率

3．5．2 亲权鉴定结果

第四章 讨论

4．1 非损伤性样品采集及DNA的提取与检测

4．2 鳄蜥遗传多样性

4．2．1 等位基因数

4．2．2 多态信息含量

4．2．3 遗传杂合度

4．2．4 Hardy-Weinberg平衡检验

4．3 亲权鉴定

参考文献

致谢

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