利用EST序列与cDNA芯片分析板栗疫病菌基因表达谱

摘要

本文介绍了低毒病毒/板栗疫病菌系统，是一个研究病毒宿主相互作用的优良的实验系统。为了更好地了解这种相互作用的分子机制，我们构建了一个处于产生分生孢子时期的野生型无病毒与受病毒感染的板栗疫病菌的cDNA文库。 制备了包含产孢期与未产孢期两个不同发育阶段的共含4845个基因的cDNA芯片，并用于研究感染低毒病毒CHV1-EP713后板栗疫病菌基因表达谱的变化。表达丰度发生改变的基因包括了胁迫回应，核酸代谢和蛋白质代谢等多个方面。 本研究结果为今后深入研究低毒病毒与其宿主的相互作用提供了新的基础。

目录

第一章前言

1板栗疫病与板栗疫病菌

2低毒病毒

2.1低毒病毒的发现

2.2低毒病毒的类群

2.3低毒病毒的分子生物学研究

2.4低毒病毒与板栗疫病菌相互作用研究

3 EST表达序列标签及其在病毒/宿主相互作用研究上的应用

4 DNA芯片技术及其在研究病毒/宿主相互作用上的应用

5板栗疫病菌EST与cDNA芯片研究现状

6课题研究的目的和意义

第二章产孢期板栗疫病菌cDNA文库的构建及数据分析

1材料和方法

1.1菌种

1.2培养基

1.3溶液及缓冲液、试剂

1.4产孢期板栗疫病菌的培养

1.5总RNA的提取

1.6 mRNA的分离纯化

1.7 cDNA文库的构建

1.8细菌培养

1.9质粒的提取

1.10测序

1.11序列校正

1.12 EST数据库的建立

2结果与分析

2.1产孢期板栗疫病菌的特征

2.2产孢期板栗疫病菌cDNA文库的构建

2.3产孢期板栗疫病菌EST数据总体分析

2.4产孢期EP155与ER713 EST的比较

2.5已知功能板栗疫病菌序列的鉴定

2.6产孢期板栗疫病菌EST数据的功能注释

2.7产孢期板栗疫病菌EST数据的功能分类

2.8不同发育时期板栗疫病菌EST库的比较

2.9有关发育，繁殖和产孢基因的鉴定

3讨论

3.1板栗疫病菌EST数据库

3.2两个发育不同时期板栗疫病菌EST序列的比较

3.4本实验室板栗疫病菌EST数据与已发表板栗疫病菌EST数据的比较

第三章利用板栗疫病菌cDNA芯片检测板栗疫病菌基因表达谱

1材料与方法

1.1基因材料来源

1.2酶及主要试剂

1.3 cDNA芯片探针的制备

1.4 cDNA芯片制备

1.5 cDNA芯片杂交

1.6 cDNA芯片数据提取及分析方法

1.7荧光定量PCR验证cDNA芯片结果

2结果与分析

2.1一般生长期板栗疫病菌的特征

2.2总RNA质量分析

2.3 cDNA芯片均一性分析

2.4 cDNA芯片杂交结果及分析

2.5荧光定量PCR验证cDNA芯片检测结果的比较

3讨论

3.1非产孢时期EP155与EP713基因表达差异

3.2芯片结果可信度问题

3.3病毒对宿主基因表达的调控

3.4一些新的可能因子和靶标

全文小结

参考文献

致谢