果蝇幼虫细胞中非编码小分子RNA的分离鉴定

摘要

本文对果蝇幼虫细胞中非编码小分子RNA的分离鉴定进行了研究。文章通过生物信息学的方法预测了一种新的snoRNA分子的存在，并根据其结构特点预测了它可能的生物学功能和基因组织方式。用实验RNA组学的方法来分离鉴定这类新的非编码小分子RNA，即通过构建果蝇三龄幼虫的非编码小分子RNA的cDNA文库的方式作为基本的研究手段。文章利用5'RACE与文库构建相结合的方法分离的21个质粒中，经过测序得到了11条有效的序列，合并相同序列总计5类分子，这些分子序列之间的差异性较大。通过BLASTN程序检索果蝇基因组数据库没有发现完全一致的序列，据此，基本上可以判定Dm-tncR30分子是在果蝇幼虫的体内稳定的表达一种非编码小分子RNA。

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论文说明：缩写词

第1章非编码小分子RNA的研究概述

1.1非编码小分子RNA的结构与分类

1.2非编码小分子RNA的基因组织

1.3非编码小分子RNA的生物学功能

1.4本研究的意义

第2章实验材料

2.1实验材料及培养

2.2主要酶和试剂

2.3菌株和培养基

2.4载体

2.5寡核苷酸探针和引物

2.6基因组数据库

第3章实验方法

3.1果蝇总RNA的制备

3.2甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测总RNA

3.3探针制备，标记与纯化

3.4 Northern杂交

3.5 Reverse Transcription分析

3.6冰冻感受态细胞的制备

3.7 cDNA文库的构建

3.8 cDNA文库的筛选

3.9重组质粒DNA的提取与纯化

3.10目的克隆的序列测定

第4章结果分析

4.1生物信息学的方法预测psi18s-1389a snoRNA分子

4.2探针的设计与Northern Blot分析

4.3 cDNA文库的构建

4.4 5'RACE结合文库构建的方法克隆目的分子

4.5果蝇小分子RNAcDNA文库的构建及筛选

第5章讨论

5.1在果蝇中长度约30个碱基的非编码小分子RNA是首次发现

5.2实验RNA组学是一种发现tncRNA的有效方法

5.3 BoxH/ACA snoRNA的结构与功能具有多样性

5.4新的果蝇非编码小分子RNA的研究总结和展望

参考文献

附录

致谢

论文原创性声明