药用野生稻高温、高盐胁迫转录组分析

摘要

药用野生稻（Oryza officinalis）为我国本土野生稻之一，蕴含大量优良农艺性状，是重要的水稻种质资源库。本研究通过对药用野生稻幼苗高温及盐胁迫处理下的转录组数据分析，得到的结果如下。
　　对高温、高盐胁迫及对照组高通量转录组测序，共获得30.28Gb Clean Data，各样品Clean Data均达到3.08Gb以上，Q30在86.06%及以上。对转录组测序所得的7701307条 Conting拼接，共得到93339条Transcript和50233条Unigene。长度大于1000的Transcript的数有41159条占Transcript总数的44.09%。长度大于1000的Unigene数有14304条占总数的28.55%，Transcript与Unigene的N50分别为1878bp和1443bp。
　　GO数据库共注释成功26139个Unigene，占Unigene总数的52.04%。其中大于300bp的Unigene个数为21979，占长度大于300bp Unigene总数的62.16%；大于1000bp的Unigene个数为11589占长度大于1000bp Unigene总数的81.19%。分子功能中注释到Unigene数量最多的两个个亚类为催化活性（catalytic activity）和结合（binding），其所占比例总和均超过总数的50%；细胞成分中注释到Unigene总数排名靠前的三个亚类是细胞组成（cell part）、细胞器（organelle）及细胞（cell），其所占比例均超过注释到该分类基因总数的10%；生物过程中成功注释数量排名前三的亚类是细胞途径（cellular process）、代谢途径（metabolic process）以及单有机体过程（single-organism process）。
　　KOG数据库注释成功15180个Unigene，这5908个Unigene分别归入25功能分类之中。注释成功Unigene最多的KOG功能类为仅一般功能预测（General function prediction only），一共注释到3106个Unigene，占注释到KOG Unigene总数的20.46%；翻译后修饰，蛋白质周转，伴侣（ Posttranslational modification, protein turnover, chaperones）功能类注释到Unigene数量排名第二，共1705个，占注释到KOG Unigene总数的11.23%；注释到Unigene数排名第三为的是信号转导机制（Signal transduction mechanisms），其占总数10.65%左右。其它注释到Unigene数量较多的类有糖转运与代谢（Carbohydrate transport and metabolism）、功能未知类（Function unknown）、次级代谢产物的生物合成、运输和分解代谢（Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism）、氨基酸运输代谢（ Amino acid transport and metabolism）及转录（Transcription），其所注释到的Unigene数占KOG所注释到Unigene总数的百分比分别为6.57%、5.58%、5.48%、5.36%和5.30%。
　　高温胁迫差异表达基因共有2057个，上调表达1004个，下调表达1053个，说明在高温胁迫上调及下调表达的基因数量无明显差别。高盐胁迫上调差异表达基因272个，下调差异表达基因8个。高盐胁迫上调表达丰度较高的基因主要有zinc finger、ap2、Myb及WRKY家族的转录因子，高温胁迫上调表达基因主要有zinc finger、Hsp、Myb、WRKY、糖基转运蛋白等。
　　为验证高盐胁迫转录组测序结果及高温胁迫的准确性转录组测序结果，选取的上调差异表达的Unigenes进行实时荧光定量PCR验证，高盐处理与高温处理实时荧光定量结果与转录组测序结果均趋于一致，转录组测序结果可靠。

目录

声明

1前言

1.1野生稻抗性相关有利基因资源鉴定

1.2传统野生稻有利基因利用方法

1.3野生稻有利基因利用方法

1.4水稻高温胁迫下基因表达变化

1.5水稻高盐胁迫下基因表达变化

1.6本研究的目的与意义

2材料方法

2.1试验材料

2.2试验方法

3结果与分析

3.1药用野生稻在高温及高盐胁迫下生理指标数据变化分析

3.2转录组测序样品RNA质量检测

3.3转录组测序结果分析

3.4药用野生稻Unigene注释及功能分类

3.5药用野生稻高温胁迫差异表达基因分析

3.6药用野生稻高盐胁迫差异表达基因分析

3.7 药用野生稻转录谱测序结果实时荧光定量PCR验证结果分析

3.8药用野生稻基因序列比对分析

4讨论与结论

4.1讨论

4.2 结论

致谢

参考文献

附录A

附录B