肝癌差异表达基因的生物信息学分析及CSMD2在肝癌中的作用初探

摘要

第一部分肝癌差异表达基因的生物信息学分析
　　目的:通过生物信息学方法分析 HCC(Hepatocellular Carcinoma)肝癌相关差异表达基因，筛选HCC判断预后的分子标志物和免疫治疗的潜在分子靶点。
　　方法:应用公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)下载肝癌相关芯片数据，采用JMP软件进行GSE数据集相关性分析，使用R语言中的Limma程序筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行GO（Gene Ontology）富集分析、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析及蛋白互作（protein-protein interaction, PPI）调控网络构建。同时联合TCGA数据库中其他肿瘤RNA-Seq转录组数据进行HCC特异性表达分析，进一步筛选HCC特异差异表达基因。
　　结果:MBL2、SDS、SLCO1B3、TDO2、SAA4、SPP2在 HCC中特异性表达下调，GPC3基因在肝癌中表达上调，只有SPP2的表达与患者的生存期正相关。
　　结论: GPC3基因可作为HCC免疫治疗的潜在分子靶点，SPP2有望成为判断肝癌患者预后的标志物。
　　第二部分CSMD2在肝癌中的作用初探
　　目的:对 CSMD2基因进行系统进化分析和功能注释，检测其在HCC组织和癌旁组织中的表达，并探讨CSMD2在HCC中的作用。
　　方法:通过NCBI数据库检索CSMD2序列，采用TreeFam网站构建CSMD2系统进化树，对CSMD2进行功能注释，qRT-PCR技术及免疫组化方法分别检测CSMD2在HCC组织的表达，分析CSMD2在不同临床病理特征HCC病人的表达情况。
　　结果:在RNA水平上，CSMD2在癌旁组织中的表达高。免疫组化方法检测，CSMD2在癌旁组织中阳性表达率为52.0%，在 HCC组织的阳性表达率为84.0%。CSMD2在肝癌组织内的表达与患者的性别、年龄、术前 AFP、巴塞罗那分期、病理分级、HBsAg阳性与否，肿瘤的大小及数目等无相关性，CSMD2在HCC患者的表达缺失与患者的淋巴结转移正相关(P＜0.05)。
　　结论：CSMD2的表达缺失可能导致HCC的转移。

目录

声明

英汉缩略语名词对照

前言

第一部分肝癌差异表达基因的生物信息学分析

第二部分CSMD2在肝癌中的作用初探

第一部分肝癌差异表达基因的生物信息学分析

1 材料和方法

2结果

3 讨论

第二部分CSMD2在肝癌中的作用初探

1材料与方法

2结果

3讨论

全文总结

第一部分：

第二部分：

参考文献

附表

附图

文献综述:CSMD基因家族的研究进展

致谢

硕士期间发表文章