熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)微卫星标记开发的研究

摘要

熊本牡蛎（Crassostrea sikamea）在日本、中国、韩国等地有自然分布，并被引种至美国进行养殖。在中国，熊本牡蛎是第四种牡蛎经济物种。随着养殖规模的扩大，利用少数个体进行多代繁育可能会导致养殖群体遗传多样性降低，群体抗逆性下降，种质资源退化等问题出现。因此，开发熊本牡蛎的微卫星引物，对于熊本牡蛎种质资源的调查和遗传多样性进行调查，对于熊本牡蛎的良种选育，促进其养殖业的发展有十分重要的现实意义。 （1）利用高通量测序的方法，从熊本牡蛎基因组中开发出20对具有多态性的微卫星引物。用台山市下川岛野生群体共28个个体对引物进行了评价，共扩增出330个等位基因，等位基因数范围为6~39，平均等位基因数为16.5；有效等位基因数（Ne）范围为1.3529~33.3617；观测杂合度（Ho）范围为0.2000~1.0000；期望杂合度（He）范围为0.2656~0.9877；香农-威纳指数（I）范围为0.6483~3.5858；多态信息含量（PIC）范围为0.2545~0.9692，共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。利用这些位点对一个养殖群体进行了遗传多样性分析，发现平均等位基因数为10.25；平均有效等位基因数（Ne）为5.8434。观测杂合度（Ho）平均值为0.6391；期望杂合度（He）平均值为0.7636；Shannon-wiener指数（I）平均值为1.7914；多态信息含量（PIC）平均值为0.7207。发现熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体，但仍然维持在高度多态水平。本研究结果说明在熊本牡蛎人工繁育过程中，使用大数量的亲本进行繁育，可有效防止选育群体的遗传多样性降低，但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、太平洋牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况，发现XB1-6、XB1-39、XB1-45三个位点在8个物种中均能扩增出目的条带，XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。 （2）利用磁珠富集的方法，从熊本牡蛎中开发出18对具有多态性的微卫星引物。用珠海野生群体共26个个体对引物进行了评价，18个微卫星标记在野生群体中表现出较高的多态性。共扩增出266个等位基因，每个微卫星位点的等位基因数范围为2~33，平均等位基因数为14.7778。有效等位基因数范围为1.9600~26.8889；观测杂合度（Ho）范围为0.0714~0.9583；期望杂合度（He）范围为0.5017~0.0.9852；Shannon-wiener指数（I）范围为0.6829~3.4061；多态信息含量（PIC）范围为0.3699~0.9615。其中10个位点偏离哈温平衡，这可能与纯合子过剩、奠基者效应和无效等位基因等因素有关。这些引物具有较高的多态性，可用于后续对熊本牡蛎个体鉴定、群体遗传多样性研究、遗传结构分析、构建遗传图谱等方面的研究。

目录

声明

第一章 综述

1.1.微卫星分子标记及其应用

1.1.1.微卫星标记的概念

1.1.2.微卫星标记的获得方法

1.1.3.微卫星标记的检测方法

1.1.4.微卫星标记的应用

1.2.熊本牡蛎及其研究概况

1.2.1.牡蛎的生物学特征及其概况

1.2.2.熊本牡蛎的分类及概况

1.3.研究目的及意义

第二章 高通量测序开发熊本牡蛎微卫星标记

2.1.引言

2.2.材料与方法

2.2.1.材料

2.2.2.基因组DNA的提取

2.2.3.个体鉴定

2.2.4.微卫星引物选择

2.2.5.微卫星引物筛选

2.2.6.三引物法群体多态性检测

2.2.7.多态性位点引物通用性检测

2.2.8.数据统计

2.3.结果与分析

2.3.1. DNA提取及鉴定结果

2.3.2.引物合成及筛选结果

2.3.3.微卫星标记的遗传学特征结果

2.3.4. Hardy-Weinberg平衡检测结果

2.3.5.引物通用性检测结果

2.4.讨论

第三章 磁珠富集法开发熊本牡蛎微卫星标记

3.1.引言

3.2.材料与方法

3.2.1.研究材料

3.2.2.基因组DNA的提取及检测

3.2.3.个体鉴定

3.2.4.磁珠富集法获取微卫星引物

3.2.5.微卫星引物的设计

3.2.6.微卫星引物筛选

3.2.7.三引物法群体多态性检测

3.2.8.数据统计

3.3.研究结果

3.3.1.牡蛎样品个体鉴定结果

3.3.2.富集的DNA片段的克隆及筛选结果

3.3.3.测序结果分析和引物设计

3.3.4.微卫星位点的多态性分析

3.3.5. Hardy-Weinberg平衡检测

3.4.讨论

第四章 结论

参考文献

致谢