福氏5b痢疾杆菌的基因组以及比较基因组研究

摘要

本文对福氏5b痢疾杆菌的基因组以及比较基因组进行了研究。主要内容包括： 1) Sf8401的全基因组是一条环形染色体。染色体基因组全长4，574，284 bp，共包含4，714个ORFs，整个基因组G+C含量为50.92％，核糖体RNA组成为7/7/8，与K-12及Sf301相同。 2)通过与Sf301的比较，发现两者大约有97％的基因组序列是共享的，这些共享的序列说明它们之间非常保守的进化关系。 3)通过比较基因组学的研究，发现在Sf8401和Sf301染色体上的主要毒力岛当中存在着较大的差异。在毒力岛SHI-O中，发现Sf8401和Sf301的组成成分明显不同。 4) 在已知毒力基因方面， Sf8401的毒力基因明显少于Sf301，同时两者的IPAH基因在结构和位置上也存在着差异。结合上面说到的毒力岛的差异，这些可能是Sf301和Sf8401之间在毒力和致病性以及流行特征上产生差异的主要原冈。 5)在代谢途径上与Sf301相比，发现在Sf8401中特异的保存着甜菜碱合成途径所必需的基因簇。 6) 通过对Sf8401基因组与其它志贺菌及大肠杆菌聚类分析以及选取7个基因进行进化分析，发现在进化与分类上Sf8401与Sf301、2457T的关系最近，同时还可以发现志贺菌同大肠杆菌的进化关系非常接近。

目录

文摘

英文文摘

声明

第一章论文综述：微生物基因组以及痢疾志贺氏菌的研究进展

第二章材料与方法

2.1实验材料

2.1.1菌株

2.1.2质粒载体

2.1.3工具酶及DNA分子量标准

2.1.4各种试剂盒

2.1.5主要化学试剂及材料

2.1.6主要仪器及设备

2.1.7溶液和培养基

2.2实验方法

2.2.1菌种的活化

2.2.2菌种的扩大培养

2.2.3染色体DNA的提取

2.2.4染色体DNA测序随机文库的构建

2.2.5测序模板的提取

2.2.6大规模测序质粒模板浓度的均一化处理

2.2.7质粒模板的大规模测序

2.3数据分析

2.3.1序列数据的采集

2.3.2序列的计算机拼接

2.3.3序列缺口的补平

2.3.4基因组结构及序列的可靠性验证

2.3.5基因组的注释

第三章结果与分析

3.1志贺菌福氏5b 8401株的基因组测定

3.1.1基因组DNA的提取和超声断裂

3.1.2基因组文库的构建

3.1.3测序模板的提取与定量：

3.1.4测序结果

3.1.5序列初次拼接

3.1.6物理缺口补平以及进行序列可靠性验证的PCR结果

3.1.7序列的可靠性验证

3.2基因组注释以及生物信息学分析

3.2.1志贺菌福氏5b 8401基因组的基本特征

3.2.2 Sf8401菌中的tRNA以及密码子的使用情况

3.2.3 Sf8401菌基因组编码的ORFs的分析

3.3 Sf8401与Sf301的比较基因组分析

3.3.1基本特征的比较

3.3.2结构的比较

3.3.3 IS序列的比较

3.3.4毒力岛的比较

3.3.5 IPAH基因的差异

3.3.6代谢基因的差异

3.3.7假基因

3.3.8菌的进化分析

第四章讨论

4.1讨论

4.2结果与创新

4.3展望

参考文献：

致谢

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