1型鸭肝炎病毒基因组测序及基因组结构分析

摘要

本研究旨在测定1型鸭肝炎病毒(duck hepatitis virus type 1，DHV-1)C80株(DHV-C80)的基因组序列，分析DHV-1的基因组结构，并对DHV-1的分类地位提出建议。 比较已知小RNA病毒基因组核苷酸序列设计简并引物，提取DHV-C80基因组核酸为模板，经RT-PCR获得DHV-C80部分序列，据此设计特异性引物分段扩增以获得DHV-C80基因组大部分序列，再用3’和5’RACE技术扩增DHV-C80基因组3’和5’末端序列，经序列拼接和验证获得了DHV-C80的基因组序列。不计18 nt的Poly(A)尾，DHV-C80株基因组长7689 nt，GC含量为43.3％；基因组仅含一个开放阅读框(Open reading frame，ORF)，编码长度为2249个氨基酸的聚蛋白，ORF的5’端和3’端分别为625 nt和3 14 nt的非翻译区(untranslated region，UTR)。 预测DHV-C80聚蛋白存在11个切割位点，最终产物为12个蛋白。结果表明，DHV-1具有小RNA病毒的基因组结构：VPg-5’UTR-L-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3’UTR-poly(A)。但DHV-1的基因组和聚蛋白也有几个特点：可能拥有类似于猪捷申病毒1型的内部核糖体进入位点，3’UTR是小RNA病毒中最长的，聚蛋白N端有一个短的先导蛋白，缺乏VP0的成熟切割，存在于多数小RNA病毒VP1 βI链C端的CPRP四肽，在DHV-1中存在于VP0的相应位置，DHV-1的2A蛋白由两个结构上不相关的蛋白(2A1和12A2)组成，2A1蛋白与口蹄疫病毒、心病毒、马鼻病毒、捷申病毒的2A蛋白相似，含有自我切割信号NPGP，2A2蛋白则与双埃柯病毒、禽脑脊髓炎病毒和爱知病毒的2A蛋白相似，含有细胞蛋白H-rev 107家族所特有的H-NC盒，2A2蛋白的N端(2-167位)还存在一个在拟南芥、小鼠、大鼠、人等高等植物和脊椎动物中十分保守的AIG1域，表明DHV-1的2A2区可能来源于细胞。 相对于其他小RNA病毒而言，DHV-1与双埃柯病毒属的成员间的同源性最高，但衣壳蛋白(VP1和P1)的氨基酸序列同源性不超过30％，保守的非结构蛋白(2C、3D和2C+3CD)的氨基酸序列同源性不超过40％。用2C、3D、P1和2C+3CD蛋白进行进化分析的结果表明，DHV-1与双埃柯病毒属的成员具有相近的遗传关系，但亦存在显著的差异，这种差异在VP1进化树中进一步得到证实。在3D进化树中，DHV-1在小RNA病毒科内形成一个靠近树根的新的谱系。 根据本试验结果，结合病毒的生物学特性及其宿主范围，建议在小RNA病毒科中为DHV-1成立一个新属。本研究结果为最终确定DHV-1的分类地位以及进一步开展相关的分子生物学研究奠定了基础。

目录

文摘

英文文摘

论文说明：缩略词和计量单位对照表

声明

第一章引言

1.1 DHV的血清型及其分布

1.2 DHV的分类地位

1.3 DHV-1的理化特性和生物学特性

1.4 DHV-1的分子生物学研究现状

1.5 小RNA病毒的基因组结构

1.6研究目的和意义

第二章DHV-1 C80株基因组测序

2.1材料

2.2方法

2.3结果与分析

2.4讨论

第三章DHV-1基因组结构分析及进化分析

3.1材料和方法

3.2结果与分析

3.3讨论

第四章结论

参考文献

附录

个人简介

致谢