长毛明对虾微卫星的开发及雌雄群体遗传多样性的研究

摘要

长毛明对虾是我国上个世纪东南沿海重要的养殖、捕捞虾类。雌、雄个体在外观、大小、生长速率等方面差异明显，但雌、雄群体间遗传多样性差异的比较尚未有研究涉及。本研究利用FIASCO方法进行微卫星的开发，而后利用微卫星与AFLP技术，比较分析长毛明对虾雌、雄群体的遗传多样性。结果如下:
　　运用FIASCO法对长毛明对虾微卫星文库进行富集，获得509个符合要求的微卫星序列，设计了209对引物，通过30个采自宁德的长毛明对虾野生个体进行分析，筛选到11个单态性位点，44个多态性位点，等位基因范围为3-7，平均为4.39;多态信息含量范围为0.121-0.794，平均值为0.5023;观察杂合度范围为0.0000-1.0000，平均值为0.3865;期望杂合度范围为0.1111-0.8129，平均值为0.4926。
　　利用20对多态性引物对长毛明对虾雌、雄野生群体进行分析与比较。雌、雄群体的平均每位点等位基因数分别为4.25、4.55;平均观察杂合度分别为0.3335、0.3611;平均期望杂合度分别为0.5291、0.5407;平均多态信息含量分别为0.5532、0.5575。表明雌、雄群体的遗传多样性水平差异不大，且处于较低水平。雌、雄群体间遗传距离为0.2358，遗传相似度为0.7899，雌、雄群体内总体近交系数为0.3944，群体内固定系数为0.3343，群体间分化系数为0.0903。表明雌、雄群体间存在中等程度的遗传分化。在雌、雄群体中分别找到了24、30个特异的等位基因，8个等位基因的雌、雄等位基因频率比值大于5。
　　利用10对选择性扩增引物组合对长毛明对虾雌、雄野生群体进行了分析与比较。在雌、雄群体各获得558、546个位点;雌、雄群体的平均多态位点百分率分别为65.38％、63.62％;雌、雄群体的平均每位点等位基因数分别为1.6538、1.6362;雌、雄群体的平均每位点有效等位基因数分别为1.1961、1.1891;雌、雄群体的Nei's基因多样性指数分别为0.1264、0.1225;雌、雄群体的Shannon氏指数分别为0.2074、0.2013。表明雌、雄群体的遗传多样性水平差异不大，且处于较低水平，与使用微卫星方法得出的结论一致。雌、雄群体间遗传距离为0.0141，遗传相似度为0.9860，雌、雄群体内总体近交系数为0.1317，群体内固定系数为0.1245，群体间分化系数为0.0544。表明长毛明对虾雌、雄群体间存在中等程度的遗传分化，与使用微卫星方法得出的结论一致。在雌、雄群体中分别找到了78、65个特异的位点，49个位点的雌、雄位点出现频率比大于3，9个位点的频率比大于6。
　　综上所述，长毛明对虾雌、雄野生群体的遗传多样性水平差异不大，且处于较低水平，群体间存在中等程度的遗传分化。

目录

声明

摘要

第1章 引言

1．1 长毛明对虾的生物学特性及其研究概况

1．1．1 长毛明对虾的生物学特性

1．1．2 长毛明对虾的研究概况

1．2 微卫星分子标记的概述

1．2．1 微卫星标记的简介

1．2．2 微卫星标记技术的基本步骤

1．2．3 微卫星标记的优缺点

1．2．4 微卫星标记技术在虾类群体遗传学中的应用

1．3 AFLP技术的概述

1．3．1 AFLP的概述

1．3．2 AFLP技术的基本步骤

1．3．3 AFLP技术的优缺点

1．3．4 AFLP技术在虾类群体遗传学中应用

1．4 本研究的目的、意义与内容

1．4．1 研究的目的与意义

1．4．2 研究的技术路线

1．4．3 试验样品的采集

第2章 长毛明对虾微卫星标记的开发

2．1．1 实验材料

2．1．2 实验仪器与试剂

2．1．3 实验方法

2．2 实验结果

2．2．1 基因组DNA提取结果

2．2．2 基因组DNA酶切结果

2．2．3 富集产物PCR结果

2．2．4 阳性单克隆检测结果

2．2．5 测序结果

2．2．6 引物设计结果

2．2．7 多态及单态引物检测结果

2．3 讨论

第3章 基于微卫星标记的长毛明对虾雌雄群体遗传学研究

3．1 材料与方法

3．1．1 实验材料

3．1．2 实验仪器与试剂

3．1．3 实验方法

3．2 实验结果

3．2．1 基因组DNA提取结果

3．2．2 PAGE检测结果

3．2．3 长毛明对虾雌、雄群体的遗传多样性

3．2．4 长毛明对虾雌、雄群体各等位基因的分布

3．2．5 长毛明对虾雌、雄群体的遗传分化

3．3 讨论

3．3．1 长毛明对虾雌、雄群体的遗传多样性分析

3．3．2 长毛明对虾雌、雄群体等位基因分析

3．3．3 长毛明对虾雌、雄群体的遗传分化分析

第4章 基于AFLP标记的长毛明对虾雌雄群体遗传学研究

4．1 材料与方法

4．1．1 实验材料

4．1．2 实验仪器与试剂

4．1．3 实验方法

4．2 实验结果

4．2．1 基因组DNA提取结果

4．2．2 基因组DNA酶切结果

4．2．3 预扩增结果

4．2．4 选择性扩增引物筛选结果

4．2．5 长毛明对虾雌、雄群体AFLP的扩增结果

4．2．6 长毛明对虾雌、雄群体的遗传多样性

4．2．7 长毛明对虾雌、雄群体各位点的出现频率

4．2．8 长毛明对虾雌、雄群体的遗传分化

4．3 讨论

4．3．1 长毛明对虾雌、雄群体的遗传多样性分析

4．3．2 长毛明对虾雌、雄群体各位点出现频率的分析

4．3．3 长毛明对虾雌、雄群体的遗传分化的分析

第5章 结论与展望

致谢

参考文献

在学期间科研成果情况