利用cDNA-AFLP技术筛选菊花开花相关基因

摘要

分析不同光周期诱导下菊花茎尖差异表达的基因,筛选菊花开花相关基因.将菊花品种'神马'分别进行长日照(16h/8h,昼/夜)和短日照(8h/16h,昼/夜)处理后,利用cDNA-AFLP技术筛选到菊花茎尖差异表达的转录衍生片段(Transcript-derived fragment,TDFs),并对其进行验证、克隆、测序和生物信息学分析.64对引物组合检测到2 917个cDNA片段,获得差异表达的TDF共835个,其中584个为上调表达,251个为下调表达.对克隆测序成功的50个差异表达TDF进行分析,结果表明,36个TDF可以在NCBI数据库中找到同源序列.其中31个TDF为已知功能的基因(dbEST登录号:JG700127-JG700157),5个TDF未找到同源序列.按照其功能分类,将31个差异表达基因分为7类:信号转导、分化发育、转录调控、蛋白质代谢、能量与代谢、抗病与防御等相关基因、未知或假定蛋白基因及未知基因.对选取的6个与开花相关的TDF进行半定量RT-PCR验证,结果表明,6个基因片段在短日照条件下均特异表达或表达上调,而在长日照下均未见表达或表达下调,这与cDNA-AFLP表达谱结果一致.利用cDNA-AFLP技术筛选了菊花花芽分化期多个与菊花开花相关的基因片段,这些基因片段将进一步用于功能鉴定和转基因利用.