基于多核流处理器的BLAST并行化算法研究

摘要

序列比对是生物信息学中最基本、最重要的操作,通过序列比对可以发现生物序列中的功能,结构和进化的信息。BLAST算法是序列比对中应用广泛的算法之一。基于多核流处理器GPU和CPU的异构平台,提出了BLAST算法构造单词表和单词匹配扩展的并行化实现方法。实验证明构造单词表的计算性能获得3倍以上的加速比;单词匹配扩展采用的混合并行方式可以获得7倍左右的加速比,内部并行方式可取得3～4倍的加速比。