北京鸭蛋壳形成期间子宫部转录组变化研究

摘要

本研究以31-48周龄的北京鸭为研究对象，对产蛋前（产蛋前5h）输卵管膨大部、白峡部和子宫部（有钙化蛋壳鸭蛋）以及产蛋后(产蛋后4h)输卵管膨大部（有刚形成卵黄与蛋白的鸭蛋）、白峡部、子宫部进行了RNA测序。为了确保测序质量和后续分析的准确性，每个部位都有3个生物学重复组织样，测序采用双端测序。对测序产生的数据，采用从头拼接与重新注释方法建立新参考转录组数据库。对拼接序列根据鸭与鸡之间的同源进化关系进行同源注释，并对拼接序列进行了蛋白编码能力预测。利用生物信息学分析，对数据进行了差异表达分析、功能注释、KEGG通路分析、信号肽预测以及跨膜区域的预测。在本研究中，还与此前对鸡蛋壳在快速沉积阶段，子宫部高表达组以及子宫部有无蛋组的研究进行了对比，从而得到形成鸡蛋壳与鸭蛋壳共有差异基因以及特有差异基因。