健康和发病凡纳滨对虾糠虾期育苗池水体菌群结构差异

摘要

目的：揭示凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)糠虾期健康和发病育苗池水体菌群结构差异. 方法：从健康和发病育苗池各采集3份水样,提取水样基因组DNA,利用Illumina MiSeq测序技术对其进行16S高通量测序,分析菌群结构组成与多样性,并筛选指示健康状态的水体菌群. 结果：健康苗池水体菌群多样性和均匀度均显著高于发病苗池(P＜0.05).健康苗池中放线菌门(Actinobacteria)及其微杆菌科(Microbacteriaceae)、拟杆菌门(Bacteroidetes)及其圆杆菌科(Cyclobacteriaceae)和黄杆菌科(Flavobacteriacea)、β变形菌纲(β-Proteobacteria)及其丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、庞微菌门(Verrucomicrobia)及其分类未定科(OTU9),均优势存在,且序列丰度显著高于发病池(P＜0.01);相反,发病池中α-变形菌纲(α-Proteobacteria)及其红杆菌科(Rhodobacteraceae)和Stappia_f科、γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)及其交替单胞菌科(Alteromonadaceae)丰度均显著高于健康池(P＜0.01).属水平上,发病池红杆菌科4个分类未定属(OTU1、OTU6、OTU64、OTU123)、亚硫酸杆菌属(Sulfitobacter),以及交替单胞菌科交替单胞菌属(Alteromonas)丰度均显著高于健康池,而微杆菌科Limnoluna与Rhodoluna属和红杆菌科一个分类未定属(OTU4)丰度均显著低于健康池(P＜0.01). 结论：健康和发病糠虾期育苗池水体菌群结构和多样性存在显著差异,属水平上丰度差异显著的优势菌群可作为苗池健康状态指示菌群.