一株中国株的猪沙波病毒的全基因组分子结构和进化分析

摘要

猪沙波病毒最早是1980年在美国发现，近些年，亚洲的许多国家都有该病毒的报道。2008年，我们从该病毒引起的一起猪群肠道疾病爆发事件中分离并命名(Ch-sw-sav1)一株SaV，我们通过RT-PCR方法对Ch-sw-sav1进行全基因组扩增，测序后，用生物学软件分析病毒的全基因组序列和RdRp基因序列的进化关系，并更进一步分析具有21个碱基的插入序列ORD523'端的序列。序列分析结果表明，该毒株确定为基因Ⅲ型。病毒的全基因组除了3'端17个碱基的多聚腺嘌呤外，全长7541碱基，具有两个开放阅读框。ORF23'端21个碱基的插入序列区域为抗原型高的区域。 通过抗原位点分析，我们推测21个碱基的插入序列或者点突变导致了此次猪肠道疾病的爆发。