猪细小病毒PPV-SC1株VP2基因的克隆及生物信息学分析

摘要

本文根据PPVNADL-2株病毒基因组序列设计了一对引物,以复制型DNA为模板,通过PCR扩增出长约2.0kb的DNA片段,将其插入克隆载体质粒pUC19,构建重组质粒pPVP2,测序显示PPV-SC1VP2基因全长1740bp,共编码579个氨基酸.多序列比对结果显示,猪细小病毒VP2基因保守性强,仅存在个别的差异;密码子偏向性分析结果表明PPV-SC1VP2基因在同一氨基酸的不同密码子的选择上存在一定的偏向性,并且与PPV-SC1NS1在密码子的偏向性上具有相同的属性,主要偏向于使用以A结尾的密码子;氨基酸疏水性分析表明,PPV-SC1VP2蛋白在77-82、291-304、362-373、400-411、465-477等位点存在较明显的亲水区段;跨膜区结构分析显示该蛋白不存在显著意义的跨膜区;分析该蛋白的抗原位点可能位于60-68、81-88、266-275、351-357、398-404位点处.