半同胞群体QTL区间定位的通用SAS程序

摘要

在家畜中普遍存在的是分离群体,在数量性状基因定位方面,由于分离群体在各个家系内标记之间及标记与QTL之间的连锁状态是不同,同一位点可能存在着多个等位基因,且只有部分个体提供信息,因而在分离群体中进行QTL定位时,其资源群体要以家系为单位,估计的参数也是以QTL方差组分为主.半同胞设计是家畜QTL分析的常用方法,设计中以父系半同胞为资源群体,利用父系及其半同胞后代的标记信息和表型信息进行QTL分析.目前,用于分离群体QTL区间定位的统计方法主要有最大似然法和贝叶斯方法,不同的方法也都形成了很多相应的分析软件,但从现有软件的使用情况来看,多数分析软件或程序的专用性太强,对分子与表型数据的录入要求十分严格,输出的结果不易被完全理解,使用起来有一定的难度.SAS统计分析软件具有强大的计算分析功能,并具有易编程和直观易懂等优点,目前在动物遗传育种的多个方面达到了应用,而在统计基因组及QTL定位方面的应用则不是太多,为此笔者在SAS统计软件应用于家畜QTL定位方面做了一些尝试性的探索,分析的方法采用最大似然法.