蛋白质序列的分组重量编码及在结构型预测的应用

摘要

本文从氨基酸的物化特性出发，利用物理学中“粗粒化”思想，提出了蛋白质序列的分组重量编码方法（Encoding Based on Grouped Weight，简记为 EBGW），并结合组分耦联算法进行结构型预测的研究。对标准集 T359 中 359 个蛋白质的 Resubstitution 检验和Jack-knife 检验预测准确性分别达到 99.72﹪和 91.09﹪，其中 Jack-knife 检验总体预测精度比相同条件下采用氨基酸组成编码的方法提高了约 7﹪，特别是α + β 类的预测精度提高了 15﹪。实验结果表明蛋白质序列的EBGW 编码方法能够有效的提取字母序列中蕴含的结构信息。