分子模拟辅助阳离子交换层析中静电相互作用初步研究

摘要

将分子模拟方法引入到蛋白质离子交换层析中静电相互作用研究。选用蛋清溶菌酶和牛胰凝乳蛋白酶为模型蛋白质，阳离子交换吸附剂SP Sepharose FF 等为模型层析介质。根据PDB 数据库中获得的蛋白质三维结构数据，分析了介质孔径和配基分布，以点电荷模拟离子化功能配基，构筑了蛋白质-介质配基模拟表面体系。采用MCCE、Delphi 和GRASP 等程序包进行了分子模拟计算，考察了作用方向、作用距离、盐浓度、pH 等对蛋白质和模拟配基平面间静电相互作用的影响。结果表明，宏观的层析平衡常数与微观分子模拟计算的相互作用能量参数间存在良好的线性关系。