生物陶粒与生物活性炭上微生物群落结构的PCR-SSCP技术解析

摘要

采用PCR-SSCP(单链构象多态性)技术,以16S rRNA基因的V4-V5区为靶对象,分析用于饮用水处理的生物陶粒和生物活性炭上的微生物群落结构.对生物陶粒和生物活性炭分别进行超声波清洗、振荡后R2A培养基培养和LB培养基培养,再提取基因组DNA.结果表明,除超声清洗生物活性炭不能提取到DNA外,其他处理均能提取到大小在10Kb以上的基因组DNA,但所提取的量有较大差异,以R2A培养后提取的量最大.以提取的DNA为模板分别进行PCR,均能扩增到408bp的基因片段.SSCP电泳图谱显示,在提取DNA前的不同处理(超声清洗、R2A培养和LB培养)对试验结果影响不明显.不同处理方式后,生物陶粒的微生物群落SSCP图谱均只在同一位置出现一条带,测序后与基因组数据库对比,结果显示其与uncultrued Pseudomonas sp.Clone FTL201(假单胞菌,GenBank登录号为AF509293.1)的同源性为92％,生物活性炭的微生物群落结构SSCP图谱都是2条带,测序对比的结果为:其与Bacillus sp.JH19(芽胞杆菌,GenBank登录号为DQ232748.1)和Bacterium VA-S-11(GenBank登录号为AY395279.1)的同源性分别为100％和99％.