遗传连锁图谱

摘要： 生育期是决定绿豆熟性的重要农艺性状,对其产量形成有重要的影响。以VC2917×鹦哥绿绿豆RIL群体为材料,筛选SSR引物,并利用QTL IciMaping V4.0软件对现有绿豆遗传连锁图谱进行补充;利用复合区间作图法,通过1点3年大田试验对生育期相关性状进行QTL定位。结果表明,2个亲本间共筛选出了20对新的多态性引物,分布在除LG4、LG9外的其余9个连锁群上,连锁群总长由原来的1 010.18 cM增加至1417.29 cM,平均图距由原来的3.37 cM增加至4.26 cM。在新的遗传连锁图上共检测到15个生育期性状QTL位点,分布在LG1、LG2、LG6、LG9、LG11,其中LG6上分布最多,检测到5个QTL位点,LG9上分布最少,检测到1个QTL位点,LG1、LG6、LG11各检测到4、2、3个QTL位点。分枝期、始花期、始花期-分枝期、开花期-分枝期QTL位点各1个,贡献率在5.95%~11.61%之间;三叶期、开花期QTL位点各2个,贡献率在10.29%~51.30%;出苗期QTL位点3个,贡献率在6.97%~63.85%之间;成熟期QTL位点4个,贡献率在6.19%~44.76%。这些QTL既可以应用于绿豆育种的分子标记辅助选择,也对深入研究这些性状的遗传奠定了基础。

摘要： 作为一种粮食、蔬菜、饲料、绿肥兼用的食用豆类,蚕豆在人类健康、土壤改良等方面发挥了重要作用.高密度遗传图谱的构建是蚕豆基因组研究的基础和主要手段,至今共构建了24张蚕豆遗传图谱,最为饱和的图谱覆盖长度为1439 cM,平均遗传距离为0.8 cM.同时基于图谱开展了产量相关性状、品质相关性状以及抗性相关性状的QTL定位,有效地促进了蚕豆的遗传与基因研究.

摘要： 甘蓝型油菜花瓣颜色是重要的观赏性状,花瓣颜色的选育和改良已成为材料创制的主要研究方向.目前对甘蓝型油菜粉色花性状定位研究未见报道.本研究以甘蓝型油菜纯系黄花62和甘蓝型油菜纯系粉花77为亲本构建双单倍体(doubled haploid,DH)群体.利用简化基因组测序技术(genotyping-by-sequencing,GBS)筛选出3253个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,构建了全长1766.06 cM甘蓝型油菜连锁图谱,标记间平均遗传距离为0.54 cM;使用WinQTL Cartographer复合区间作图方法对粉色花性状进行数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位,检测到位于A07和C03染色体上各1个QTL;将定位区间内基因与甘蓝和白菜同源基因进行线性比对,在这些区间中找到了一些存在于3个物种的同源基因;对粉色花定位区间内基因进行可变剪切分析发现,2个花色相关基因BnaA07g15980D和BnaA07g17500D在亲本粉色花瓣中发生内含子保留可变剪切.上述研究结果为甘蓝型油菜粉色花相关基因精细定位和分子连锁标记开发提供了更多线索.

摘要： 以团头鲂自交197个F1个体为作图群体,通过RAD-Seq测序挖掘SNP分子标记,构建团头鲂最新一代高质量、高密度的遗传连锁图谱,并对性别相关QTL进行定位。结果显示,该遗传连锁图谱包括10795个SNP标记,24个连锁群,图谱全长为2578.54 cM,平均标记间隔为0.24 cM。使用MapQTL6.0软件的多QTL区间作图法,在已构建的连锁图谱上对性别QTL进行定位。取LOD值为3.0为QTL存在的阈值,共定位出4个性别相关QTL,分别位于LG8、LG12、LG15、LG18号连锁群上,单个QTL位点的LOD值范围为3.18~4.17,可解释表型变异范围为7.7%~10.0%。在团头鲂基因组内筛选QTL区间内SNP标记附近的基因,通过基因功能注释分析,筛选到一个参与生殖过程的关键候选基因DCTN2。

摘要： 亚麻是一种重要的经济作物,在食品业、纺织业、医疗保健、畜牧业等领域均具有重要价值.多数亚麻性状都是由数量性状位点(quantitative trait loci,QTL)控制,因此QTL定位无疑有助于加快亚麻育种进程、提升亚麻产品品质、增强作物抗逆性等.目前作物QTL定位方法分为两大类,即基于遗传连锁图谱的传统QTL定位方法以及基于连锁不平衡原理的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).文章总结了当前亚麻遗传图谱的构建情况,以及基于传统QTL定位、GWAS分析定位的QTL研究进展,以期为亚麻其他重要性状QTL定位分析和分子辅助育种提供参考.

摘要： 豌豆(Pisum sativum L.)是一种重要的食用豆类作物,在全世界范围内广泛种植,既可作为人类食物,也可作为牲畜饲料.用SSR标记构建的遗传连锁图谱在豌豆和其他作物的标记辅助育种中发挥着重要的作用.尽管对豌豆遗传连锁作图的研究已有悠久历史,但公众可获得且可转移的SSR标记以及基于遗传独特的中国豌豆种质的高密度遗传连锁图谱仍然有限.为了获得更多可转移的SSR标记和中国豌豆的高密度遗传连锁图谱,本研究首先从自主开发和文献获取的12,491个全基因组SSR标记中筛选了617个多态性SSR标记,并用于G0003973×G0005527 F2群体遗传连锁图谱的加密.加密后的图谱全长扩展到5330.6 cM,包含603个SSR标记,标记平均间距离8.8 cM,相比之前的图谱有明显改善.基于上述结果,我们又筛选了119个具有多态性的SSR标记,用于构建大样本W6-22600×W6-15174 F2群体的遗传连锁图谱,新图谱累积长度为1127.1 cM,包含118个SSR标记,装配在7条连锁群上.最后,将来自以上2个遗传图谱的数据进行整合,得到了一张覆盖范围6592.6 cM的整合图谱,包含668个SSR标记,由509个基因组SSR、134个EST-SSR和25个锚定标记组成,分布在7条连锁群上.这些SSR标记和遗传连锁图谱将为豌豆的遗传研究和标记辅助育种提供有力工具.

摘要： [目的]基于甜瓜全基因组重测序技术,挖掘SNP位点并开发CAPS标记,构建遗传连锁图谱.初步为甜瓜单果重相关性状进行QTL定位,为甜瓜单果重相关基因挖掘奠定理论基础.[方法]选取栽培甜瓜品系M4-130为母本,野生甜瓜品系X207为父本,构建F2∶3群体材料.对甜瓜果实单果重、果实长宽、果肉厚度、果形指数及可溶性固形物含量等性状进行相关性分析.对亲本材料进行20×深度重测序,利用BWA、SAMToo1s、VCFToo1s等软件在全基因组范围内挖掘双亲SNP位点,利用SNP2CAPS软件结合甜瓜基因组上的限制性内切酶酶切位点开发CAPS标记,建立遗传连锁图谱.最后采用复合区间作图法对甜瓜果实单果重、果实长宽、果肉厚度、果形指数及可溶性固形物含量进行QTL分析.[结果]单果重与果实长度、果实宽度及果肉厚度呈显著相关.开发得到可利用CAPS标记1 85个,构建一张包含1 2个连锁群的遗传连锁图谱,覆盖总长度为1 600.45 cM,标记间的平均遗传距离8.65 cM.定位发现与单果重相关QTL位点7个(FW3.1、FW4.1、FW5.1、FW6.1、FW8.1、FW8.2、FW11.1),与果实长度相关QTL位点7个(FL2.1、FL3.1、FL4.1、FL5.1、FL6.1、FL8.1、FL11.1),与果实宽度相关QTL位点5个(FWID3.1、FWID4.1、FWID8.1、FWID10.1、FWID11.1),与果肉厚度相关QTL位点2个(FT6.1、FT11.1),与果形指数相关QTL位点1个(FS2.1),与可溶性固形含量相关QTL位点2个(SS6.1、SS12.1).[结论]获得了24个QTL位点.确定了一个主效QTL位点FW8.1,贡献率高达25.8774％,LOD值为16.8746.发现单果重与果实长度、果实宽度及果肉厚度密切相关,定位区间相同或相邻,紧密集中在3、4、5、6、8、11染色体上.

摘要： 遗传连锁图谱的构建是实现对水产动物进行数量性状定位的基础,同时也是实现分子标记或基因辅助育种成功运用的有效工具.新疆特色水产动物资源丰富,本文通过评价不同分子标记作图的优缺点,介绍了水产动物遗传连锁图谱构建使用的分离群体,提出了适合新疆水产动物遗传图谱构建的有效方法.

摘要： 红麻是一种重要的纤维作物之一,对其遗传连锁图谱的构建可以促进分子水平上的研究.本研究以阿联红麻与福红992这2个栽培种杂交,构建的F2代作图群体,应用SRAP、ISSR、RAPD三种分子标记技术构建遗传连锁图谱,在此基础上初步定位了红麻5个质量性状和6个重要产量性状.此外,还首次开发了红麻的序列特异扩增区域标记.利用亲本阿联红麻和福红992作为PCR模板，通过将二者之间有差异的RAPD.ISSR和SRAP条带克隆、测序并根据测序结果设计特异引物，成功获得了22个SCAR标记，今后有望用于红麻遗传图谱的构建和整合。

摘要： 本研究采用自行开发和其他学者报道的754个微卫星标记，利用虚拟测交策略和鳙、鲢正、反杂交F1家系各77个子代，分别构建了鳙雌、雄连锁图谱以及性别平均图谱。鳙性别平均连锁图谱中共定位了663个微卫星标记，标记间平均图距为2.9cM。鳙雌性图谱长度为雄性图谱的1.12倍，雌、雄性别之间的重组率之比约为1.10:10。本研究获得了基于微卫星标记的鳙第二代遗传连锁图谱，其连锁群数目与缩(2n=48)单倍体染色体数相等，为开展鳙着丝粒作图、QTL精细定位以及比较基因组学等研究奠定了基础，对鳙的结构和功能基因组研究以及分子标记辅助育种等研究均具有重要意义。

摘要： 准确的连锁图谱是开展遗传研究、基因定位、精细定位和克隆的前提。随着分子生物学理论和实验技术的不断发展，出现了大量高通量分子标记，为高密度遗传连锁图谱的构建提供了可能。但是，标记数量的增加也对构建连锁图谱算法的要求越来越高。构造连锁图谱问题常常被看作经典的邮递员问题（traveling salesman problem，简记TSP），本研究提出利用求解TSP的矩阵胚理论（matroid theory）贪心算法（简称TSP-MGA），对分群后的标记进行排序，模拟不同标记个数、标记密度、群体类型、缺失率下的连锁图谱，分析这些因素对构建连锁图谱的影响，通过与已有方法的比较研究说明TSP-MGA在构建高密度连锁图谱中的有效性。

摘要： 本实验以分别来源于香菇(Lentinula edodes)栽菇菌株L205和武香1号的孢子单核体菌株L6和W26为亲本，经杂交后出菇获得孢子单核体，构建了148个孢子单核体作图群体。对36个功能基因及端粒保守序列的分析，设计了43个TRAP引物组合，共扩增出408个多态性条带，每个引物组合平均扩增出8.9条多态性条带，其中383个条带与两个交配型因子MAT-A和MAT-B成功连锁在11个连锁群上。连锁群的大小在39～136 cM之间，平均大小为86.6cM，总长度为952.7cM：标记间的距离在0.03～21.47 cM之间，标记间的平均距离为2.48cM；10cM、5cM和2cM以内一个标记的覆盖度分别为99.7％、95.0％和69.8％。

摘要： 目的：筛选中缅树鼩微卫星分子标记,逐步填补中缅树鼩缺乏特异性遗传标记的空白。方法：建立中缅树鼩基因小片段插入文库,利用5t端地高辛标记的(Ac)15探针从约1500个菌落中选出36个阳性克隆。对这些克隆进行测序,发现其中15个含有重复序列,其中1个为重复克隆,1个因两端序列太短而不能设计引物。结果：用Primer3软件设计13对引物。PCR结果,13对均有条带。退火温度分布在44°C到52°C之间。阳性克隆率为2．4％,微卫星克隆率为1％。结论：利用地高辛标记探针筛选树鼩微卫星分子标记所得的微卫星克隆率,可达到传统放射性同位素标记探针同等的效果,并可避免放射性危害。树鼩微卫星分子标记的筛选将为下一步进行基因组结构的分析、树鼩遗传连锁图谱的构建、分子进化和标记辅助选择等提供大量的微卫星标记。

摘要： 采用3种不同的限制性内切酶AluI、RsaI、HaeIII，通过富集文库－菌落原位杂交法，构建了3个仿刺参微卫星DNA富集文库，共获得微卫星DNA序列583个，根据微卫星DNA的两翼序列设计了188对引物，筛选得到123个有多态性的位点。另外，对微卫星标记在仿刺参F1代家系中的分离方式进行了研究。采用45个已发表的微卫星标记，以3个F1代全同胞家系、每个家系各50个子代个体为实验材料，进行扩增分析，结果显示3个家系中偏离孟德尔分离的位点比例分别为17.39％、16.67％、19.23％。筛选仿刺参微卫星DNA标记、分析其在F1代家系中的遗传分离情况，为仿刺参微卫星遗传连锁图谱的构建、数量性状位点(QTL)的定位和选育品系的遗传分析提供了一定的理论依据。

摘要： @@土壤盐渍化是制约植物生长和植株产量的主要环境因子之一。番茄是一种对盐胁迫敏感的园艺作物，研究番茄的耐盐机制、定位耐盐基因，对于培育耐盐番茄品种具有重要意义。以契斯曼尼番茄和栽培番茄的BC2S3代群体为研究对象，通过CAPS和SSR分子标记对群体进行分析，构建了番茄初级遗传连锁图谱，对发芽期耐盐性QTLs进行了定位分析。

摘要： 以四川凉山半细毛羊为资源参考群体,选择位于绵羊3号染色体上的9个微卫星标记,用Win QTL cart软件对凉山半细毛羊的5个体重性状进行QTL检测.结果显示:(1)在191家系中,检测到影响羔羊断奶重的QTL,位于110.01cM,加性效应为6.860,解释表型变异为29.3％;(2)在190家系中,检测到影响断奶日增重的QTL,位于227.41cM,加性效应为0.013,解释表型变异为1.7％;(3)未检测到影响羔羊初生重、育成体重和成年体重性状的QTL.

摘要： 以四川凉山半细毛羊为资源参考群体,选择位于绵羊3号染色体上的9个微卫星标记,用Win QTL cart软件对凉山半细毛羊的5个体重性状进行QTL检测.结果显示:(1)在191家系中,检测到影响羔羊断奶重的QTL,位于110.01cM,加性效应为6.860,解释表型变异为29.3％;(2)在190家系中,检测到影响断奶日增重的QTL,位于227.41cM,加性效应为0.013,解释表型变异为1.7％;(3)未检测到影响羔羊初生重、育成体重和成年体重性状的QTL.

摘要： 本发明属于棉花分子育种技术领域，具体涉及一种构建棉花纤维转录图谱的方法，步骤如下：以海岛棉Pima 3-79为父本，陆地棉鄂棉22为母本，杂交得F1；种植F

摘要： 一种农作物甲基化差异DNA标记连锁图谱的构建方法及其应用，目的是具有更直接与基因表达相关优势并应用于农作物辅助育种。本发明首先获得甲基化特异性DNA片断，然后根据甲基化差异片段在杂交亲本之间的异同及其在杂交、回交等后代群体中的分离状况，确定这些片段之间以及目的性状与这些分离片段之间的连锁强度；寻找与目标性状紧密连锁的甲基化差异DNA分子标记，从而构建该时期甲基化敏感的分子标记连锁图谱，这一方法可用于育种中辅助对优良性状的选择。

摘要： 本发明属于棉花分子育种技术领域，具体涉及一种构建棉花纤维转录图谱的方法，步骤如下：以海岛棉Pima 3-79为父本，陆地棉鄂棉22为母本，杂交得F1；种植F

摘要： 一种农作物甲基化差异DNA标记连锁图谱的构建方法及其应用，目的是具有更直接与基因表达相关优势并应用于农作物辅助育种。本发明首先获得甲基化特异性DNA片断，然后根据甲基化差异片段在杂交亲本之间的异同及其在杂交、回交等后代群体中的分离状况，确定这些片段之间以及目的性状与这些分离片段之间的连锁强度；寻找与目标性状紧密连锁的甲基化差异DNA分子标记，从而构建该时期甲基化敏感的分子标记连锁图谱，这一方法可用于育种中辅助对优良性状的选择。

摘要： 本发明属于生物技术领域，涉及构建芥菜SSR遗传图谱的引物组及遗传图谱的构建方法。其是基于榨菜转录组序列信息开发得到的EST-SSR引物组，所述引物组包含112对多态性引物。以茎膨大的“浙桐一号”多年自交系为母本，以茎不膨大的“邱隘大叶黄种雪里蕻”多年自交系分蘖芥为父本，通过杂交获得F

摘要： 本发明公布了一种基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法。传统方法遗传基础狭窄，且遗传作图和育种实践不能紧密结合。本发明方法使用四亲本轮回交配群体作为遗传连锁图谱构建的群体，首先对分子标记信息的采集，准备分子标记的电泳实验中点样样品，并对分子标记的电泳实验中m个分子标记的胶带进行观察；然后对分子标记间距离估测，利用最大似然法估测两个分子标记间的重组率

摘要： 本发明公开了一种基于香港牡蛎和熊本牡蛎种间杂交家系的高密度遗传连锁图谱快速构建方法，包括以下步骤：(1)种间杂交作图群体构建；(2)种间杂交子代的分子鉴定；(3)简化基因组文库构建和高通量测序；(4)高密度遗传连锁图谱构建。本发明建立了高效低成本的两种牡蛎SNP标记技术体系，获得的种间通用SNP标记具有高效性、稳定性和共显性等优点，利用该套标记可以进行两种牡蛎的遗传图谱构建、遗传多样性分析、品种鉴定和分子标记辅助育种等研究，推动两种牡蛎的遗传学和分子育种技术的发展。

摘要： 本发明提供一种快速、低成本的构建高密度遗传连锁图谱的方法，其步骤包括亲本杂交F1代种子收集、种子子叶中微量DNA多重置换扩增、简化基因组测序以及基因分型，最后基于拟测交策略使用遗传连锁图谱构建软件即可获得植物的高密度遗传连锁图谱。本发明的优点在于直接使用杂交F1代种子即可用于构建高密度遗传连锁图谱，耗时短，成本低；一方面克服了杨梅栽培品种间杂交种子萌发困难、生长发育耗时长的障碍，而且可以较低成本构建较高密度的遗传图谱。该方法为应用多年生林木作为亲本杂交以及子代种子较难萌发的群体进行遗传连锁图谱构建提供了新的思路和方法，加速了此类植物的高密度遗传图谱构建进程。

摘要： 本发明涉及一种林木基因组DNA甲基化遗传连锁图谱的构建方法，属于分子遗传技术领域。本发明的构建方法包括以下步骤：1)提取木质部组织的基因组DNA；2)采用第一组EcoRI和HpaII酶和第二组EcoRI和MspI酶分别对所述基因组DNA进行双酶切，在两组双酶切产物上分别连接接头，得到两组酶切连接后的产物；3)利用所述酶切连接扩增产物依次进行预扩增和选择性扩增，通过毛细管电泳分离所述选择性扩增的产物，获得群体基因组甲基化标记位点；4)从所述群体基因组甲基化标记位点中筛选符合孟德尔遗传分离的群体甲基化多态性位点，构建甲基化遗传连锁图谱。本发明提供的构建方法高效、稳定、易操作，有利于加快林木群体表观遗传学研究进展。

摘要： 本发明公布了一种基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法。传统方法遗传基础狭窄，且遗传作图和育种实践不能紧密结合。本发明方法使用四亲本轮回交配群体作为遗传连锁图谱构建的群体，首先对分子标记信息的采集，准备分子标记的电泳实验中点样样品，并对分子标记的电泳实验中m个分子标记的胶带进行观察；然后对分子标记间距离估测，利用最大似然法估测两个分子标记间的重组率