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Computational biology and chemistry

SCIEIMEDLINECA

中文名称：计算生物学与化学

ISSN：1476-9271
出版周期：Bimonthly (Feb., Apr

发文量：573

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1.Exploring the limits of fold discrimination by structural alignment: A large scale benchmark using decoys of known fold

机译：通过结构对齐探索折叠区分的极限：使用已知折叠诱饵的大规模基准测试
- 作者：Siv Midtun Hollup;Michael I. Sadowski;Inge Jonassen;William R. Taylor
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- protein structure comparison;
- protein fold;
- protein structure alignment;
- SAP;
- DALI;
- tm-align;
- tm-score;
- decoy model;
2.Drug-induced glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency-related hemolysis risk assessment

机译：药物诱导的6-磷酸葡萄糖磷酸脱氢酶缺乏症相关的溶血风险评估
- 作者：Yang Yang;Zuofeng Li;Peng Nan;Xiaoyan Zhang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- clucose-6-phosphate dehydrogenase;
- hemolysis;
- machine learning;
- over-the-counter;
3.Abstract Next Subvolume Method: A logical process-based approach for spatial stochastic simulation of chemical reactions

机译：摘要下一个子方法：基于逻辑过程的化学反应空间随机模拟方法
- 作者：Bing Wang;Bonan Hou;Fei Xing;Yiping Yao
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
4.Information-theoretic approaches to SVM feature selection for metagenome read classification

机译：信息理论方法支持的元基因组阅读分类支持向量机特征选择
- 作者：Elaine Garbarine;Joseph DePasquale;Vinay Gadia;Robi Polikar;Gail Rosen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- metagenomics;
- information theory;
- support vector machines;
5.Feature importance analysis in guide strand identification of microRNAs

机译：特征重要性分析在microRNA的导链鉴定中
- 作者：Daichuan Ma;Jiamin Xiao;Yizhou Li;Yuanbo Diao;Yanzhi Guo;Menglong Li
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- RNAi;
- local sequence-structure;
- random forest;
- gc-related elements;
6.On the evolution rate in mammalian mitochondrial genomes

机译：关于哺乳动物线粒体基因组的进化速率
- 作者：Gang Hu;Shiyi Shen;Kui Wang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- evolution rate;
- entropy;
- mammalian mitochondrial genome;
- phylogenetic inference;
- codon model;
7.A local average connectivity-based method for identifying essential proteins from the network level

机译：一种基于本地平均连通性的方法，可从网络级别识别必需蛋白质
- 作者：Min Li;Jianxin Wang;XiangChen;Huan Wang;Yi Pan
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- essential protein;
- protein-protein interaction network;
- topology;
- centrality measure;
- local average connectivity;
8.The human olfactory receptor 17-40: Requisites for fitting into the binding pocket

机译：人嗅觉感受器17-40：必需装在绑定袋中
- 作者：Cecilia Anselmi;Anna Buonocore;Marisanna Centini;Roberto Maffei Facino;Hanns Hatt
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第3期
- olfactory receptors;
- molecular docking;
- molecular modelling;
- or 17-40;
- ligand synthesis;
9.Self-Organizing Map Of Gene Regulatory Networks For Cell Phenotypes During Reprogramming

机译：重编程过程中细胞表型的基因调控网络的自组织图。
- 作者：Leping Zhang;Yufang Zheng;Dongfang Li;Yang Zhong
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第4期
- Self-organizing map;
- Gene regulatory network;
- Cell phenotype;
- Reprogramming;
10.CE-Ploc: An Ensemble Classifier For Predicting Protein Subcellular Locations By Fusing Different Modes Of Pseudo Amino Acid Composition

机译：CE-Ploc：集成分类器，用于通过融合不同模式的伪氨基酸组成来预测蛋白质亚细胞位置
- 作者：Asifullah Khan;Abdul Majid;Maqsood Hayat
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第4期
- Ensemble classifier;
- Protein subcellular location;
- Pseudo amino acid composition;
- Dipeptide composition;
11.Performance Assessment Of Different Constraining Potentials In Computational Structure Prediction For Disulfide-Bridged Proteins

机译：二硫键桥接蛋白计算结构预测中不同约束电位的性能评估
- 作者：Ivan Kondov;Abhinav Verma;Wolfgang Wenzel
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第4期
- Protein simulation;
- Disulfide bond;
- Structural restraints;
- Constraining potential;
12.Exploring And Characterizing The Folding Processes Of Lys- And Arg-Containing Ala-Based Peptides: A Molecular Dynamics Study

机译：探索和表征基于Lys和Arg的基于Ala的肽的折叠过程：分子动力学研究
- 作者：Gabor Janzso;FerencBogar;Liza Hudoba;Botond Penke;Gabor Rakhely;Balazs Leitgeb
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第4期
- Ala-based peptide;
- Folding process;
- Molecular dynamics;
- Helical structure;
- Intramolecular H-bond;
- Folding pathway;
13.An Integer Programming Approach To DNA Sequence Assembly

机译：DNA序列装配的整数编程方法
- 作者：Youngjung Chang;Nikolaos V. Sahinidis
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第4期
- DNA sequencing;
- Short reads assembly;
- Integer programming;
- Global optimization;
- Alternative solutions;
14.Editors' Note Concerning A Development Of Database Analysis By Smith And Stein (2009)

机译：有关数据库分析开发的编者注，Smith和Stein（2009）
- 作者：M.J.C. Crabbe;A.K. Konopka
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第4期
15.Comparison of linear gap penalties and profile-based variable gap penalties in profile-profile alignments

机译：轮廓-轮廓对齐中线性间隙罚分与基于轮廓的可变间隙罚分的比较
- 作者：Chuan Wang;Ren-Xiang Yan;Xiao-Feng Wang;Jing-Na Si;Ziding Zhang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- gap distribution;
- indel frequency profile;
- parameter optimization;
16.Genome-wide identification of antioxidant component biosynthetic enzymes: Comprehensive analysis of ascorbic acid and tocochromanols biosynthetic genes in rice

机译：基因组范围内抗氧化剂成分生物合成酶的鉴定：水稻中抗坏血酸和生育酚铬生物合成基因的综合分析
- 作者：Yeonhwa Jo;Tae Kyung Hyun
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- antioxidant;
- l-ascorbic acid;
- tocochromanols;
- transcription factors;
- MPSS database;
17.Macroscopic simulations of microtubule dynamics predict two steady-state processes governing array morphology

机译：微管动力学的宏观模拟预测了控制阵列形态的两个稳态过程
- 作者：Marcio Mourao;Santiago Schnell;Sidney L Shaw
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- microtubule;
- dynamic instability;
18.Reconstruction and crosstalk of protein-protein interaction networks of Wnt and Hedgehog signaling in Drosophila melanogaster

机译：果蝇Wnt和刺猬信号的蛋白质-蛋白质相互作用网络的重建和串扰。
- 作者：Aysun Eren Toku;Saliha Durmus Tekir;Fatma Betuel Kavun Ozbayraktar;Kutlu OE. UElgen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- signaling pathways;
- wnt;
- hedgehog;
- cancer;
- drug target;
19.Drug-target network and polypharmacology studies of a Traditional Chinese Medicine for type II diabetes mellitus

机译：Ⅱ型糖尿病中药的药物靶标网络和多元药理研究
- 作者：Jiangyong Gu;Hu Zhang;Lirong Chen;Shun Xu;Gu Yuan;Xiaojie Xu
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- type ii diabetes;
- network analysis;
- virtual screening;
- traditional chinese medicine;
- drug-target network;
- polypharmacology;
20.A degree-distribution based hierarchical agglomerative clustering algorithm for protein complexes identification

机译：基于度分布的层次聚集聚类算法用于蛋白质复合物识别
- 作者：LiangYu;Lin Gao;Kui Li;Yi Zhao;David K.Y. Chiu
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
21.Genes under positive selection in Mycobacterium tuberculosis

机译：结核分枝杆菌中正选择的基因
- 作者：Yuan Zhang;Hong Zhang;Tianyin Zhou;Yang Zhong;Qi Jin
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- mycobacterium tuberculosis;
- positive selection;
- evolutionary genomics;
22.Direct correlation analysis improves fold recognition

机译：直接相关分析可提高对折识别
- 作者：Michael I. Sadowski;Katarzyna Maksimiak;William R. Taylor
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第5期
- protein fold recognition;
- decoy models;
- direct information;
23.Identification of virtual signal transducers and activators of transcription response elements in the human insulin receptor gene promoter

机译：鉴定人胰岛素受体基因启动子中虚拟信号转导子和转录应答元件的激活子
- 作者：Consuelo Calle;Patricio Aller;Moises Garcia-Arencibia
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- hir promoter;
- virtual STATREs;
- insulin resistance;
24.Tracing the evolution of the mitochondrial protein import machinery

机译：追踪线粒体蛋白质进口机制的演变
- 作者：Zhen Liu;Xiao Li;Peihu Zhao;Junhong Gui;Wen Zheng;Yizheng Zhang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- mitochondria;
- protein import;
- molecular evolutio;
- homology;
25.A generalized graph-theoretical matrix of heterosystems and its application to the VMV procedure

机译：异构系统的广义图论矩阵及其在VMV过程中的应用
- 作者：Anna Mozrzymas
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- chemical graph theory;
- heterosystems;
- generalized graph matrix;
- VMV procedure;
- topological indices;
26.Kernel-based data fusion improves the drug-protein interaction prediction

机译：基于内核的数据融合改善了药物-蛋白质相互作用的预测
- 作者：Yong-Cui Wang;Chun-Hua Zhang;Nai-Yang Deng;Yong Wang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- drug-target interaction;
- chemical space;
- pharmacological space;
- therapeutic space;
- genomic space;
- kernel function;
- support vector machine;
27.Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes

机译：果蝇基因中GAGA转录因子结合位点的分析与识别
- 作者：E.S. Omelina;E.M. Baricheva;D.Yu. Oshchepkov;T.I. Merkulova
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- GAGA transcription factor;
- binding sites;
- computer prediction;
- drosophila;
28.Detecting breakdown points in metabolic networks

机译：检测代谢网络中的故障点
- 作者：Somnath Tagore;Rajat K. De
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- graph theory;
- breakdown;
- perturbation;
- resilience;
- robustness;
29.New insights on gene regulation in archaea

机译：古细菌基因调控的新见解
- 作者：Silvia Tenorio-Salgado;Alejandro Huerta-Saquero;Ernesto Perez-Rueda
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2011年第6期
- DNA-binding transcription factors;
- protein families;
- archaeal genomes;
- evolution;
- gene regulation;
30.Enzyme catalyzed reactions: From experiment to computational mechanism reconstruction

机译：酶催化反应：从实验到计算机制的重建
- 作者：Jeyaraman Srividhya;Marcio A. Mourao;Edmund J. Crampin;Santiago Schnell
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
- biochemical pathways;
- enzyme kinetics assays;
- time series analysis;
- chemical information;
- law of mass action;
31.Exhaustive computational search of ionic-charge clusters that mediate interactions between mammalian cytochrome P450 (CYP) and P450-oxidoreductase (POR) proteins

机译：穷举计算搜索介导哺乳动物细胞色素P450（CYP）和P450氧化还原酶（POR）蛋白之间相互作用的离子簇
- 作者：Alexander Zawaira;Marco Gallotta;Natasha Beeton-Kempen;Lauren Coulson;Patrick Marais;Michelle Kuttel;Jonathan Blackburn
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
32.A Poisson-based adaptive affinity propagation clustering for SAGE data

机译：SAGE数据的基于Poisson的自适应亲和力传播聚类
- 作者：DongMing Tang;QingXin Zhu;Fan Yang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
- poisson distribution;
- serial analysis of gene expression;
- affinity propagation;
- clustering;
33.A soft collision detection algorithm for simple Brownian dynamics

机译：用于简单布朗动力学的软碰撞检测算法
- 作者：William R. Taylor;Zoe Katsimitsoulia
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
- brownian dynamics;
- collision detection;
- radial distribution functions;
34.Resolution and uniqueness of estimated parameters of a model of thin filament regulation in solution

机译：溶液中细丝调节模型的估计参数的分辨率和唯一性
- 作者：Srboljub M. Mijailovich;Xiaochuan Li;Juan C. del Alamo;R. Hugh Griffiths;Vojislav Kecman;Michael A. Geeves
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
- damped least squares;
- Ca~(2+) sensitivity;
- resolution matrix;
- tropomyosin-troponin-actin;
- stopped-flow;
35.Assessing a multiple QTL search using the variance component model

机译：使用方差分量模型评估多个QTL搜索
- 作者：Kateryna Mishchenko;Lars Roennegard;Sverker Holmgren;Volodymyr Mishchenko
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
- QTL mapping;
- REML;
- variance component estimation;
- average information matrix;
- forward selection;
- hessian approximation;
- active set;
- primal-dual method;
36.Toward the fast blind docking of a peptide to a target protein by using a four-body statistical pseudo-potential

机译：通过使用四体统计伪势将肽快速盲连接到目标蛋白
- 作者：Takuyo Aita;Koichi Nishigaki;Yuzuru Husimi
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
- binding site;
- binding mode;
- binding pocket;
- ligand;
- delaunay tessellation;
- four-body potential;
37.Computational Biology and Chemistry

机译：计算生物学与化学
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第1期
38.Identification of all trinucleotide circular codes

机译：识别所有三核苷酸循环密码
- 作者：Christian J. Michel;Giuseppe Pirillo
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- circular code;
- trinucleotide;
- growth function;
- necklace;
- gene;
- genetic code;
39.A hierarchic collision detection algorithm for simple Brownian dynamics

机译：用于简单布朗动力学的分层碰撞检测算法
- 作者：Zoe Katsimitsoulia;William R. Taylor
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- brownian dynamics;
- collision detection;
- structural hierarchy;
- Java3D;
40.Potential drug-like inhibitors of Group 1 influenza neuraminidase identified through computer-aided drug design

机译：通过计算机辅助药物设计鉴定出的1组流感神经氨酸酶的潜在药物样抑制剂
- 作者：Jacob D. Durrant;J. Andrew McCammon
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- influenza;
- neuraminidase;
- drug design;
- oseltamivir;
- flu;
- H1N1;
41.The ambush hypothesis at the whole-organism level: Off frame, 'hidden' stops in vertebrate mitochondrial genes increase developmental stability

机译：整个生物体的伏击假说：在框架外，脊椎动物线粒体基因的“隐藏”终止增加了发育稳定性
- 作者：Herve Seligmann
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
42.A model of tuberculosis transmission and intervention strategies in an urban residential area

机译：城市居民区结核病传播和干预策略的模型
- 作者：Elsje Pienaar;Aaron M. Fluitt;Scott E. Whitney;Alison G. Freifeld;Hendrik J. Viljoen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- mathematical model;
- tuberculosis;
- multiple cluster;
- urban community;
- commute;
43.Analysis of transcriptional synergy between upstream regions and introns in ribosomal protein genes of yeast

机译：酵母核糖体蛋白基因上游区域与内含子的转录协同分析
- 作者：Jun Hu;Huimin Li;Jing Zhang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- transcriptional regulation;
- upstream regions;
- introns;
- ribosomal protein genes;
- yeast;
44.Prediction of white cabbage (Brassica oleracea var. capitata) self-incompatibility based on neural network and discriminant analysis of complex electrophoretic patterns

机译：基于神经网络和判别分析的电泳分析预测白菜（Brassica oleracea var。capitata）自交不亲和性
- 作者：Piotr Waligorski;Maciej Szaleniec
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- discriminant analysis;
- neural network;
- self-incompatibility;
- brassica oleracea;
45.ProSTRIP: A method to find similar structural repeats in three-dimensional protein structures

机译：ProSTRIP：一种在三维蛋白质结构中发现相似结构重复的方法
- 作者：R. Sabarinathan;Raunak Basu;K. Sekar
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- structural repeats;
- gene duplication;
- repeat domain;
- protein-protein interactions;
- dynamic programming;
46.An efficient similarity search based on indexing in large DNA databases

机译：基于大型DNA数据库中索引的有效相似度搜索
- 作者：In-Seon Jeong;Kyoung-Wook Park;Seung-Ho Kang;Hyeong-Seok Lim
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第2期
- similarity search;
- approximate string matching;
- indexing;
- DNA sequence;
47.Monte Carlo-based rigid body modelling of large protein complexes against small angle scattering data

机译：基于蒙特卡洛的大型蛋白质复合物刚体的小角度散射数据建模
- 作者：Christian Meesters;Bruno Pairet;Anja Rabenhorst;Heinz Decker;Elmar Jaenicke
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- small angle scattering (SAS);
- hemocyanin;
- rigid body modelling;
- Monte Carlo with simulated annealing;
48.Global expression analysis of miRNA gene cluster and family based on isomiRs from deep sequencing data

机译：基于深度测序数据中的isomiRs的miRNA基因簇和家族的全局表达分析
- 作者：Li Guo;Zuhong Lu
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- MicroRNA (miRNA);
- expression;
- IsomiR;
- miRNA cluster;
- miRNA family;
49.Protein folding simulations of 2D HP model by the genetic algorithm based on optimal secondary structures

机译：基于最佳二级结构的遗传算法对2D HP模型的蛋白质折叠模拟
- 作者：Chenhua Huang;Xiangbo Yang;Zhihong He
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- protein folding;
- HP model;
- genetic algorithm;
- secondary structure;
50.Dynamical effects of transcriptional pause-prone sites

机译：转录停顿位点的动力学效应
- 作者：Andre S. Ribeiro;Antti Haekkinen;Shannon Healy;Olli Yli-Harja
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- gene expression;
- transcriptional pause;
- noise;
- transcriptional bursting;
51.Deposition and extension approach to find longest common subsequence for thousands of long sequences

机译：沉积和扩展方法可找到数千个长序列的最长公共子序列
- 作者：Kang Ning
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- longest common subsequence;
- multiple sequences;
- template;
- search range;
- extension;
52.Fine grained sampling of residue characteristics using molecular dynamics simulation

机译：使用分子动力学模拟对残留物特征进行细粒度采样
- 作者：Hyun Joo;Xiaotao Qu;Rosemarie Swanson;C. Michael McCallum;Jerry Tsai
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- molecular dynamics simulation;
- residue volume;
- side-chain packing;
- dynameome;
- backbone conformation;
- rotamer;
- ramachandran plot;
53.Meta-analysis of microarray data: The case of imatinib resistance in chronic myelogenous leukemia

机译：基因芯片数据的荟萃分析：伊马替尼耐药在慢性粒细胞性白血病中的案例
- 作者：Francisco J. Burguillo;Javier Martin;Inmaculada Barrera;William G. Bardsley
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- meta-analysis;
- microarrays;
- imatinib resistance;
- CML;
- gene expression;
54.An elastic network model to identify characteristic stress response genes

机译：识别特征性应激反应基因的弹性网络模型
- 作者：Sebastian Schneckener;Linus Goerlitz;Heidrun Ellinger-Ziegelbauer;Hans-Juergen Ahr;Andreas Schuppert
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- gene expression;
- microarray data;
- toxicology prediction;
- stress response;
- pharmacology;
- drug development;
55.Subtle discrepancies of SF2/ASF ESE sequence motif among human tissues: A computational approach

机译：人体组织中SF2 / ASF ESE序列基序的细微差异：一种计算方法
- 作者：Olfa Siala;Ahmed Rebai;Faouzi Baklouti;Faiza Fakhfakh
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- splicing;
- SR proteins;
- SF2/ASF;
- ESE motif;
- ESEfinder;
56.The challenge of annotating protein sequences: The tale of eight domains of unknown function in Pfam

机译：注释蛋白质序列的挑战：Pfam中八个功能未知的域的故事
- 作者：Nalin C.W. Goonesekere;Krysten Shipely;Kevin OConnor
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第3期
- sequence homology;
- function prediction;
- pfam;
- domains of unknown function;
57.Stable feature selection for biomarker discovery

机译：稳定的生物标记发现功能选择
- 作者：Zengyou He;Weichuan Yu
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第4期
- feature selection;
- biomarker discovery;
- stability;
- machine learning;
58.Computational identification and characterization of primate-specific microRNAs in human genome

机译：人类基因组中灵长类动物特异性microRNA的计算鉴定和表征
- 作者：Sheng Lin;William K.C. Cheung;Shen Chen;Gang Lu;Zifeng Wang;Dan Xie;Kui Li;Marie CM. Lin;Hsiang-fu Kung
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第4期
- primate-specific microRNA;
- conservation;
- development;
- embryonic stem cells;
59.Compact cancer biomarkers discovery using a swarm intelligence feature selection algorithm

机译：使用群体智能特征选择算法的紧凑型癌症生物标志物发现
- 作者：Emmanuel Martinez;Mario Moises Alvarez;Victor Trevino
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第4期
- feature selection;
- PSO;
- biomarkers;
- microarray;
60.Systematic analysis of an amidase domain CHAP in 12 Staphylococcus aureus genomes and 44 staphylococcal phage genomes

机译：系统分析金黄色葡萄球菌12个基因组和44个葡萄球菌噬菌体基因组中的酰胺酶结构域CHAP
- 作者：Yanming Zou;Chun Hou
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第4期
- peptidoglycan hydrolase;
- enzybiotics amidase;
- CHAP staphylococcus aureusphage;
61.Homology modeling, binding site identification and docking in flavone hydroxylase CYP105P2 in Streptomyces peucetius ATCC 27952

机译：黄体链霉菌ATCC 27952中黄酮羟化酶CYP105P2的同源性建模，结合位点识别和对接
- 作者：Bashistha Kumar Kanth;Kwangkyoung Liou;Jae Kyung Sohng
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第4期
- cytochrome P450;
- homology modeling;
- molecular dynamics simulation;
- molecular docking;
- flavone;
- ligand-binding site;
62.Ped_Outlier software for automatic identification of within-family outliers

机译：Ped_Outlier软件，用于自动识别家庭内部异常值
- 作者：Irina V. Zorkoltseva;Yurii S. Aulchenko;Cornelia M. van Duijn;Tatiana I. Axenovich
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第4期
- pedigree;
- heritability;
- quantitative traits linkage;
- variance components;
- resequencing;
63.A stochastic evolution model for residue Insertion-Deletion Independent from Substitution

机译：独立于取代的残基插入-缺失的随机演化模型
- 作者：Sophie Lebre;Christian J. Michel
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- gene evolution;
- stochastic model;
- analytical solutions;
- substitution;
- insertion;
- deletion;
- ime and sequence length;
- occurrence probability;
- nucleotides;
64.Ranking of microRNA target prediction scores by Pareto front analysis

机译：通过Pareto前沿分析对microRNA目标预测分数进行排名
- 作者：Sudhakar Sahoo;Andreas A. Albrecht
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- MicroRNAs;
- target mRNAs;
- multi-objective optimisation;
- pareto front;
65.Classification of splice-junction sequences via weighted position specific scoring approach

机译：通过加权位置特异性计分方法对剪接连接序列进行分类
- 作者：Efendi Nasibov;Sezin Tunaboylu
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- exon-intron splice sites;
- weighted position specific scoring method;
- genetic algorithm;
66.Functional characterization of plant small RNAs based on next-generation sequencing data

机译：基于下一代测序数据的植物小RNA的功能表征
- 作者：Ming Chen;Yijun Meng;Haibin Gu;Dijun Chen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
67.In silico identification of conserved microRNAs and their target transcripts from expressed sequence tags of three earthworm species

机译：从三个earth物种表达的序列标签中对保守的microRNA及其靶转录本进行计算机鉴定
- 作者：Ping Gong;Fuliang Xie;Baohong Zhang;Edward J. Perkins
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- microrna;
- expressed sequence tag (EST);
- earthworm;
- algorithm;
- target prediction;
- gene ontology;
- KEGG pathway;
68.Computation of mutual information from Hidden Markov Models

机译：隐马尔可夫模型的互信息计算
- 作者：Daniel Reker;Stefan Katzenbeisser;Kay Hamacher
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- hidden markov model;
- mutual information;
- dynamic;
- programming;
- co-evolutionary signals;
69.In silico analysis of as-acting regulatory elements in 5' regulatory regions of sucrose transporter gene families in rice (Oryza sativa Japonica) and Arabidopsis thaliana

机译：水稻（Oryza sativa Japonica）和拟南芥蔗糖转运蛋白基因家族5'调控区作用调控元件的计算机模拟分析
- 作者：Omodele Ibraheem;Christiaan E.J. Botha;Graeme Bradley
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- sucrose transporter;
- gene regulation;
- transcription factors;
- phytohormones;
- abiotic and biotic stress;
70.Quick path finding—Quick algorithmic solution for unambiguous labeling of phylogenetic tree nodes

机译：快速路径查找-用于系统发生树节点明确标记的快速算法解决方案
- 作者：Piotr Plonski;Jan P. Radomski
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
71.A novel feature representation method based on Chou's pseudo amino acid composition for protein structural class prediction

机译：基于周氏伪氨基酸组成的蛋白质特征分类的新特征表示方法
- 作者：Sitanshu Sekhar Sahu;Ganapati Panda
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2010年第6期
- AAC;
- AmPseAAC;
- DCT RBFNN;
- protein domain;
- structural class;
72.A Simple Method Of Identifying Symmetric Substructures Of Proteins

机译：识别蛋白质对称亚结构的简单方法
- 作者：Hanlin Chen;Yanzhao Huang;Yi Xiao
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- structural symmetry;
- drmsd;
- similarity matrix;
- pearson's correlation;
73.Finding Rule Groups To Classify High Dimensional Gene Expression Datasets

机译：查找规则组以对高维基因表达数据集进行分类
- 作者：Jiyuan An;Yi-Ping Phoebe Chen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- gene expression datasets;
- microarray data analysis;
- classification;
74.Generating Snp Barcode To Evaluate Snp-snp Interaction Of Disease By Particle Swarm Optimization

机译：生成Snp条形码以通过粒子群算法评估疾病的Snp-snp相互作用
- 作者：Hsueh-Wei Chang;Cheng-Hong Yang;Chang-Hsuan Ho;Cheng-Hao Wen;Li-Yeh Chuang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- snp barcode;
- interaction;
- particle swarm optimization;
- odds ratio;
75.Computational Identification Of 48 Potato Micrornas And Their Targets

机译：48个马铃薯微孢子虫及其靶标的计算鉴定
- 作者：Wenwei Zhang;Yuping Luo;Xi Gong;Wenhong Zeng;Siguang Li
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- microrna;
- solanum tuberosum;
- computational analyses;
- transcription factor;
76.Steered Molecular Dynamics Simulations Of Cobra Cytotoxin Interaction With Zwitterionic Lipid Bilayer: No Penetration Of Loop Tips Into Membranes

机译：眼镜蛇细胞毒素与两性离子脂质双层相互作用的操纵分子动力学模拟：环尖端不渗透到膜中。
- 作者：O.V. Levtsova;M.Yu. Antonov;D.Yu. Mordvintsev;Yu.N. Utkin;K.V. Shaitan;M.P. Kirpichnikov
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- cobra venom;
- cardiotoxin;
- steered molecular dynamics;
- zwitterionic lipid;
- molecular model;
77.Mathematical Modelling Of Nabd Release From Endoluminal Gel Paved Stent

机译：腔内凝胶铺成支架释放Nabd的数学模型
- 作者：L. Davia;G. Grassi;G. Pontrelli;R. Lapasin;D. Perin;M. Grassi
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- restenosis;
- mathematical modelling;
- nucleic acid based drug;
- gel paving;
78.Aggregation Mechanism Investigation Of The Gifqins Cross-β Amyloid Fibril

机译：Gifqins跨β淀粉样蛋白原纤维的聚集机理研究
- 作者：Hai-Feng Chen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- amyloid-like fibril;
- aggregation mechanism;
- intermediate state;
- transition state;
79.The Metabolic Ph Response In Lactococcus Lactis: An Integrative Experimental And Modelling Approach

机译：乳酸乳球菌的代谢Ph反应：综合实验和建模方法
- 作者：Ann Zahle Andersen;Ana Lucia Carvalho;Ana Rute Neves;Helena Santos;Ursula Kummer;Lars Folke Olsen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- kinetic model;
- lactococcus lactis;
- glycolysis;
- PH;
- lactic acid;
- in vivo nmr spectroscopy;
- nadh auto-fluorescence;
80.Computational Method For Inferring Objective Function Of Glycerol Metabolism In Klebsiella Pneumoniae

机译：肺炎克雷伯菌中甘油代谢目标功能的计算方法
- 作者：Zhaohua Gong;Chongyang Liu;Enmin Feng;Qingrui Zhang
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- optimization modelling;
- 1;
- 3-propanediol;
- metabolism;
- klebsiella pneumoniae;
- genetic algorithm;
- robustness analysis;
81.Robust Data Imputation

机译：稳健的数据插补
- 作者：Karlien Vanden Branden;Sabine Verboven
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- missing genes;
- microarray data;
- imputation methods;
- robust statistics;
82.Investigating The Potassium Interactions With The Palytoxin Induced Channels In Na~+/k~+ Pump

机译：研究钾离子与Na〜+ / k〜+泵中的草毒素诱导的通道的相互作用
- 作者：Antonio M. Rodrigues;Antonio-Carlos G. Almeida;Antonio F.C. Infantosi;Hewerson Z. Teixeira;Mario A. Duarte
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- palytoxin;
- na/k-atpase;
- potassium interactions;
- reaction model;
- computational simulation;
83.Quantitative Versus Qualitative Modeling: A Complementary Approach In Ecosystem Study

机译：定量与定性建模：生态系统研究的一种补充方法
- 作者：C. Bondavalli;S. Favilla;A. Bodini
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- food webs;
- network analysis;
- loop analysis;
- community matrix;
- predictions;
84.Modeling Of The U1 Snrnp Assembly Pathway In Alternative Splicing In Human Cells Using Petri Nets

机译：U1 Snrnp组装通路在人类细胞中选择性剪接的Petri网建模
- 作者：J. Kielbassa;R. Bortfeldt;S. Schuster;I. Koch
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- alternative splicing;
- petri net;
- u1 snrnp assembly pathway;
- t-invariants;
- mct-set;
- p-invariants;
- regulatory networks;
85.Computational Identification Of Novel Microrna Homologs In The Chimpanzee Genome

机译：黑猩猩基因组中新型Microrna同源基因的计算鉴定
- 作者：Vesselin Baev;Evelina Daskalova;Ivan Minkov
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- mirna;
- pan troglodytes;
- orthologs;
- bioinformatics;
86.Identifying The Target Mrnas Of Micrornas In Colorectal Cancer

机译：识别大肠癌中微小靶标的靶标
- 作者：Shinuk Kim;Minsoo Choi;Kwang-Hyun Cho
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
- micrornas;
- target mrnas;
- optimization;
- linear system equations;
87.Computational Biology And Chemistry

机译：计算生物学与化学
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第1期
88.Structural Adaptation Of The Subunit Interface Of Oligomeric Thermophilic And Hyperthermophilic Enzymes

机译：寡聚嗜热和超嗜热酶亚基界面的结构适应
- 作者：Elisa Maugini;Daniele Tronelli;Francesco Bossa;Stefano Pascarella
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
- thermophiles;
- hyperthermophiles;
- subunit interface;
- hydrophobic contact;
- interface packing;
- ion pairs;
89.Sporcalc: A Development Of A Database Analysis That Provides Putative Metabolic Enzyme Reactions For Ligand-based Drug Design

机译：Sporcalc：数据库分析的发展，为基于配体的药物设计提供了假定的代谢酶反应
- 作者：James Smith;Viktor Stein
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
- sporcalc;
- drug design;
- lead discovery;
- xenobiotics;
- drug metabolism;
- computational pharmacology;
- medicinal chemistry;
- biotransformations;
- enzyme biochemistry;
- metabolite~(tm);
90.Genomic Splice Site Prediction Algorithm Based On Nucleotide Sequence Pattern For Rna Viruses

机译：基于核苷酸序列模式的Rna病毒基因组剪接位点预测算法
- 作者：Kun-Nan Tsai;Shu-Hung Lin;Shin-Ru Shih;Jhih-Siang Lai;Chung-Ming Chen
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
- splice site prediction;
- rna virus;
- eigen-pattern;
- cross-species strategy;
- orthomyxovirus;
91.Sequence Assembly

机译：序列组装
- 作者：K. Scheibye-Alsing;S. Hoffmann;A. Frankel;P. Jensen;P.F. Stadler;Y. Mang;N. Tommerup;M.J. Gilchrist;A.-B. Nygard;S. Cirera;C.B. JΦrgensen;M. Fredholma;J. Gorodkin
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
- assembly methods;
- EST;
- shotgun;
- genomes;
- high-throughput sequencing;
92.A Virtual Screening Study Of The Acetylcholine Binding Protein Using A Relaxed-complex Approach

机译：松弛复合法虚拟筛选乙酰胆碱结合蛋白的研究
- 作者：Arneh Babakhani;Todd T. Talley;Palmer Taylor;J. A. McCammon
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
- acetylcholine binding protein;
- nicotinic acetylcholine receptor;
- relaxed-complex;
- molecular dynamics;
- docking;
- virtual screening;
93.A Model Of Influenza Virus Spread As A Function Of Temperature And Humidity

机译：流感病毒传播随温度和湿度变化的模型
- 作者：Tomasz Zuk;Franciszek Rakowski;Jan P. Radomski
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
- influenza;
- influenza epidemiology;
- influenza infectivity;
- influenza transmission;
94.Design Of Multiplex Pcr Primers Using Heuristic Algorithm For Sequential Deletion Applications

机译：顺序删除应用中的启发式算法设计多重Pcr引物
- 作者：Yung-Fu Chen;Rung-Ching Chen;Yung-Kuan Chan;Ren-Hao Pan;You-Cheng Hseu;Elong Lin
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第2期
95.A comparative study of the single crystal X-ray determination and molecular modelling of the binding of oligomycin to ATP Synthase

机译：单晶X射线测定和寡霉素与ATP合酶结合的分子建模的比较研究
- 作者：Roderic C.E. Green;Alfred E. Thumser;David Povey;Jose W. Saldanha;Brian S. Potter;Rex A. Palmer;Brendan J. Howlin
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第3期
- oligomycin;
- antibiotic;
- ATP synthase inhibitor;
- modelling the oligomycin binding site;
96.Search of regular sequences in promoters from eukaryotic genomes

机译：真核基因组启动子中规则序列的搜索
- 作者：Andrew Shelenkov;Eugene Korotkov
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第3期
- DNA sequence analysis;
- periodicity;
- promoters;
- protein binding sites;
- regularity;
97.Hybrid stochastic simulations of intracellular reaction-diffusion systems

机译：细胞内反应扩散系统的混合随机模拟
- 作者：Georgios Kalantzis
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第3期
- biochemical networks;
- stochastic simulation;
- hybrid algorithm;
- chemical master equation;
- calcium dynamics;
98.Whole genome assembly from 454 sequencing output via modified DNA graph concept

机译：通过改进的DNA图概念从454测序输出进行全基因组组装
- 作者：Jacek Blazewicz;Marcin Bryja;Marek Figlerowicz;Piotr Gawron;Marta Kasprzak;Edward Kirton;Darren Platt;Jakub Przybytek;Aleksandra Swiercz;Lukasz Szajkowski
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第3期
- DNA assembly;
- 454 sequencing;
- DNA graph;
99.ALIGN_MTX-An optimal pairwise textual sequence alignment program, adapted for using in sequence-structure alignment

机译：ALIGN_MTX-一种最佳的成对文本序列比对程序，适用于序列结构比对
- 作者：Boris Vishnepolsky;Malak Pirtskhalava
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第3期
- sequence alignment;
- substitution matrix;
- threading;
- text analysis;
100.Supervised machine learning algorithms for protein structure classification

机译：监督的机器学习算法，用于蛋白质结构分类
- 作者：Pooja Jain;Jonathan M. Garibaldi;Jonathan D. Hirst
- 期刊名称：《Computational biology and chemistry》 | 2009年第3期
- supervised learning;
- structure classification;
- random forest;

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