慈竹CBF1保守区克隆及生物信息学分析

摘要

本研究采用RT-PCR法对四川竹种慈竹CBF1基因的保守区克隆，并对其氨基酸的组成、等电点、亲水/疏水性、蛋白质的二级结构和三级结构和系统发育树进行全面分析预测。结果表明，慈竹CBF1保守区序列与大麦CBF1同源性较高，有ETRHP和LNFADS的特异氨基酸，其N 端存在富含精氨酸和赖氨酸残基的核定位信号（NLS）以及DNA结合的AP2核心结构域。慈竹CBF1基因是属于AP2/ERF家族的转录因子，分子式为C760H1202N240O224S7，等电点为9.15，推测其为不稳定疏水性蛋白。α-螺旋和无规则卷曲是慈竹CBF1最大量的结构元件，而β-转角和延伸链则散布于整个蛋白质中。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则，α-螺旋可能与其它转录因子或DNA相互作用有关，而β-折叠可识别顺式作用元件。这些生物学信息学研究结果可为进一步研究基因的结构与生物学功能提供参考，为分析其在不同信号途径相互作用中的功能和调控机制提供有力证据。