梁山慈竹UGP基因克隆与生物信息学分析

摘要

以梁山慈竹笋为材料,采用RT-PCR方法克隆梁山慈竹UGP基因,对梁山慈竹UGP基因的编码区、氨基酸序列及蛋白质的结构和功能进行生物信息学分析.获得1个梁山慈竹UGP基因,命名为DfUGP(Genebank:KJ525752).测序结果显示该序列全长1561 bp,包含一个完整的ORF框,长度为1422bp,编码473个氨基酸.梁山慈竹UGP基因与巨龙竹、绿竹、水稻、大麦、玉米、甘蔗的具有高度的同源相似性,编码的蛋白结构较为相似,均合有N端区域、中心区域和C端区域,且蛋白三级结构中都具有NB-loop环和1-loop环.DfUGP具有N端的UDPGP功能域,其位于第90～379氨基酸,证明DfUGP属于尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因家族.