高分辨率熔解曲线

摘要： 以浙江省各地种植的32份向日葵种质为材料,利用17对简单重复序列标记引物结合高分辨率熔解曲线技术对32份材料进行遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建。聚类分析结果表明,该32份材料遗传多样性相对较低,大部分材料的亲缘关系与其地理来源、所属类型基本一致。本研究创新了向日葵种质资源的鉴定方法,为进一步利用高分辨率熔解曲线技术鉴定向日葵种质资源奠定了基础。

摘要： 为明确山东省不同年份不同地区稻瘟病菌(Pyricularia oryzae)群体的交配型分布,本研究以标准菌株S1528(MAT1-1)和P131(MAT1-2)做对照,利用高分辨率熔解曲线法对2016—2020年从山东省分离到的415株稻瘟病菌进行交配型测定。结果表明,山东省稻瘟病菌群体中同时存在MAT1-1和MAT1-2两种交配型,主要以交配型MAT1-2为主,出现频率为79.28%,交配型MAT1-1出现频率为2.89%。不同年份间稻瘟病菌群体交配型的出现频率存在差异,交配型MAT1-2在2016、2017、2018、2019、2020年的出现频率分别为73.33%、82.54%、65.74%、72.53%、99.07%。不同地区稻瘟病菌交配型存在差异,交配型为MAT1-2的菌株在鲁北地区出现频率最高,为87.40%,在鲁中和鲁南出现频率分别为79.67%和72.73%。表明山东省水稻稻瘟病菌株群体交配型存在多样性。

摘要： 结核病是人类尚未克服的难题,近年来,越来越多耐药菌株的出现更加引起了人们对结核病的重视。目前结核分枝杆菌最常用的检测方法为抗酸染色和罗氏培养法,这些方法虽然成本低廉,但灵敏度低,对结核病的诊断不够及时、灵敏,不能满足临床对结核病诊治的需求。传统的PCR技术不能对结核分枝杆菌进行分型和耐药性检测,后续仍需进行复杂的生化实验。而基因芯片技术和高分辨率熔解曲线分析(HRM)技术从基因的角度出发,在菌种鉴定和耐药性检测上都更直接地反映待测标本的菌株信息,两者因其检测速度快、特异度高而引起了广泛关注,本文就二者在结核分枝杆菌检测中的应用进行对比分析。

摘要： 目的:通过实时荧光PCR-高分辨熔解曲线(HRM)联合分析技术,建立小活络丸(大蜜丸)中小麦粉掺伪快速、准确鉴别方法。方法:通过优化前处理方法,提取小活络丸样品的基因组;通过文献检索和生物信息学分析,得到小麦粉特异性引物;使用实时荧光PCR-HRM技术,对10批次小麦(粉)、16种其他禾本科植物及7种常见高淀粉食物样品进行特异性扩增,采用克隆测序对结果进行再确认;考察实时荧光PCR-HRM方法的检出限、精密度和重复性,同时对市售的小活络丸样品进行检测。结果:试验筛选获得了适用于本研究的特异性引物,建立了实时荧光PCR-HRM小活络丸掺伪小麦的检测方法;小活络丸样品掺伪小麦粉的检出限为0.01 g·g^(-1),试验精密度C_(t)值为26.63(RSD=2.15%),T_(m)值为89.53°C(RSD=0.05%);重复性Ct值为26.65(RSD=3.20%),T_(m)值为89.53°C(RSD=0.12%)。试验对市售的4个厂家9批次共计81份样品进行分析,确定了3批次来源于A厂家的小活络丸样品存在小麦粉掺伪的问题,将PCR扩增产物克隆测序,其结果为小麦(Triticum Aestivum L.)。结论:本研究建立了实时荧光PCR-HRM检测方法,可以快速判定小活络丸中小麦粉掺伪样品。

摘要： 高分辨率熔解曲线技术(HRM)作为近年来新兴的PCR分析技术,快捷简便、分辨率高。已克隆的稻瘟病抗性主效基因Pi2,在水稻中表现出稳定的稻瘟病抗性,目前已广泛用于稻瘟病抗性育种中。为明确该基因在黑龙江省种质资源中的分布情况,本研究利用Pi2的HRM功能型分子标记,在67份部分黑龙江省主栽品种及优异种质资源中进行基因分型。结果表明,67份种质中,含纯合pi2有9份,占参试种质的13.43%,分别为龙粳12、哈99774、龙粳31、龙粳39、龙粳54、龙交10-989、龙粳53、彩及zlm55-1。

摘要： 目的:采用高分辨率熔解曲线技术(HRM)快速鉴别酸枣仁与相关混伪品药材理枣仁及理枣仁杂合品种。方法:采集了14份酸枣仁及10份市售混伪品理枣仁进行样品DNA提取,通过ITS2序列使用NCBI的Primer-Blast设计引物,筛选引物浓度并对采集的样品进行检测分析。结果:在引物浓度为10μmol·L-1的条件下,向反应体系加入0.3μL引物时,可获得优质的熔解曲线。应用该方法对14批酸枣仁及10批理枣仁均可进行HRM曲线分析鉴别,并且通过该方法能够准确区分理枣仁及理枣仁杂合品种;将理枣仁与理枣仁杂合品粉分别掺入酸枣仁样品中,HRM检测技术最低掺伪检测限为10%。结论:基于HRM技术可实现酸枣仁与其常见混伪品理枣仁、理枣仁杂合品种的准确鉴别,对市场药材的快速检测及质量评估有一定应用前景。

摘要： 为明确Pita、Pizt和Pik2三个抗瘟基因在山东水稻品种及优异种质资源中的分布情况,本研究利用Pita、Pizt和Pik2三个抗瘟基因功能标记,通过高分辨率熔解曲线方法对64份材料进行基因检测。结果表明,64份材料中,含Pik2的品种有27个,占供试品种的42.19%;含Pita的品种有20个,占供试品种的31.25%;含Pizt的品种有14个,占供试品种的21.88%。含Pita和Pik2两基因的品种有9个,含Pita和Pizt两基因的品种有4个,含Pizt和Pik2两基因的品种有3个,同时含有3个基因的品种有1个。这3个标记能够对水稻品种进行快速准确的基因分型,通过基因分型,明确了供试水稻品种中三个抗瘟基因的分布情况,为下一步培育抗稻瘟病品种及抗瘟品种布局提供了重要数据。

摘要： 为明确Pita及pik基因在黑龙江省水稻种质资源中的分布情况,本研究以67份黑龙江省主栽品种及优异种质资源作为试验材料,通过HRM技术,利用Pita及pik的HRM功能型分子标记Pita-G/T、Pik2-C/T,对67份材料进行基因分型。结果表明,67份种质中,含纯合Pita有27份,占参试种质的40.3%;纯合pik有22份,占参试种质的32.9%,同时含有两基因的为12份,比例为17.9%。综上,Pita-G/T及Pik2-C/T标记可以高效准确地对黑龙江水稻资源进行基因分型,同时,通过基因分型,明确了Pita及pik在黑龙江省的分布情况,为抗稻瘟病育种提供了理论基础。

摘要： 为明确Pita及pik基因在黑龙江省水稻种质资源中的分布情况,本研究以67份黑龙江省主栽品种及优异种质资源作为试验材料,通过HRM技术,利用Pita及pik的HRM功能型分子标记Pita-G/T、Pik2-C/T,对67份材料进行基因分型.结果 表明,67份种质中,含纯合Pita有27份,占参试种质的40.3％;纯合pik有22份,占参试种质的32.9％,同时含有两基因的为12份,比例为17.9％.综上,Pita-G/T及Pik2-C/T标记可以高效准确地对黑龙江水稻资源进行基因分型,同时,通过基因分型,明确了Pita及pik在黑龙江省的分布情况,为抗稻瘟病育种提供了理论基础.

摘要： 目的 检测拉布拉多和金毛猎犬儿茶酚-O-甲基转移酶(Catechol-O-methyltransferase,COMT)基因SNP位点的多态性,并统计分析SNP位点的基因型及单倍型与犬胆量行为间的关联性,以期为工作犬培训的前期筛选提供有效的遗传学分子标记.方法 选取91只拉布拉多和27只金毛猎犬,共计118只,采用犬胆量评估(dog courage assessment,DCA)测试方法 对犬的胆量行为进行评估,用高分辨率熔解曲线法(high resolution melting,HRM)对该118只犬的COMT基因的4个SNP位点:-1666 bp C>G、c.39 A>G、c.216 G>A和c.482 G>A进行基因型鉴定,应用SPSS 19.0和PHASE 2.1软件统计分析4个SNP位点的基因型和单倍型与犬胆量行为之间的相关性.结果 拉布拉多和金毛猎犬的品种、性别和年龄与犬的胆量行为之间没有显著关联性(P>0.05).COMT基因的4个SNP位点的基因型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性(PA和c.482 G>A位点的A等位基因在犬的胆小行为上起主导作用.结论 COMT基因的4个SNP位点的基因型和单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性,提示COMT基因对犬的胆量行为具有显著的影响,可作为胆小犬早期鉴定的有效遗传学分子标记.

摘要： 作物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点.桃全基因组测序的完成,获得了大量的SNPs.简单、快速的SNP基因分型是开展后续研究的基础,因此,本研究拟建立采用高分辨率熔解曲线进行不同SNP的基因分型方法.以半矮生性状杂交后代的分离群体为研究材料,在定位目标基因的区间内开发连锁和不同类型的SNP标记的基础上,采用高分辨率熔解曲线进行SNP的基因分型.明确了DNA模板和Mg2+是影响基因分型的关键因子;HRM分析可对由单个核苷酸变异引起的4种不同的SNP进行基因分型,并正确区分了半矮生型和普通生长型.建立了基于HRM的SNP基因分型,该体系可用于桃的基因定位、遗传多样性和品种鉴定等研究中.

摘要： 本文针对空肠弯曲菌介导喹诺酮类耐药决定区gyrA基因C-257-T位点突变,探讨高分辨率熔解曲线(HRM)技术对其检测的可行性.选择gyrA基因已经被测序的NCTC11168和ZP11菌株作为高分辨率熔解曲线法的标准阴性和阳性菌株,建立评价高分辨率熔解曲线方法的阴性和阳性标准.利用该技术对已知喹诺酮类耐药表型的55株菌株进行检测,结果45株与耐药表型鉴定结果一致,准确率达到81.81％.高分辨率熔解曲线技术检测耐喹诺酮类空肠弯曲菌gyrA基因C-257-T位点突变具有简单,快速,无污染等优点,有望成为临床检测筛选高耐喹诺酮类空肠弯曲菌的优选方法。

摘要： 目的：建立应用高分辨率熔解曲线(HRM)和焦磷酸测序技术快速筛查亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因677C＞T位点多态性的方法.rn 方法：收集唐氏综合征患者样本155例、健康儿童样本182例,应用3种HRM技术(常规法、内标法和异源双链法)进行677C＞T位点多态性检测,并比较3种方法的优劣.采用焦磷酸测序技术快速测定样本中677C＞T位点等位基因频率,并与HRM检测的结果进行比较.rn 结果：常规的HRM可区分纯合子与杂合子,但分辨基因型CC和TT的效果不佳.内标法和异源双链法能够有效分辨3种基因型.对焦磷酸测序结果的分析提示,其检测混合样本中等位基因频率的准确度随样本数增加而提高.当样本数超过30时,结果与实际值的差异小于4％.统计结果还提示,唐氏综合征患者组基因型TT的频率明显高于对照组(25.2％ vs.14.3％,P＜0.05),而等位基因T的频率仅略高于对照(44.9％ vs.40.1％,P＞0.05).rn 结论：内标法HRM分析可作为检测等位基因型的首选方法,而焦磷酸测序则可快速测定群体中的等位基因频率.

摘要： 根据H7N9亚型禽流感病毒(AIV)的HA和NA基因保守区域,分别设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了基于高分辨率熔解曲线(HRM)分析的H7N9亚型AIV检测方法.结果显示,该方法特异性强,其他常见禽源病毒及非H7亚型和非N9亚型的AIV不能形成特异熔解峰形;灵敏度高,对H7和N9阳性质粒的最低检测限分别达到1.0×101copies/μL和1.0×100copies/μL;重复性好,熔解峰Tm1和Tm2的批内和批间变异系数均＜1％;临床样本检测与某商品化H7N9亚型AIV定量PCR检测试剂盒比较,符合率为100％.该方法可用于临床疑似病例的应急检测、早期诊断及养鸡场、活禽交易市场等外环境H7N9亚型AIV的监测.

摘要： 本研究利用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM)方法对21份化橘红及3份近缘种质蜜柚和黄皮的25个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行了基因分型.结果表明,所有样品在其中21个SNP位点表现出较好的多态性,共呈现出11种基因型,其中化橘红基因型有9种,SNP位点平均杂合度为0.3631,多样性信息含量(PIC)平均值为0.2663;21个SNP位点可将24份样本分为3类,化州橘红种质单独聚为一类,表明SNP分子标记将成为化州橘红种质资源评价及品种鉴定的一项重要工具.另外,化橘红种质资源可能存在更多的品系,而不止是当前认为的"正毛"、"密叶正毛"、"副毛"、"光青"、"假西洋"、"黄龙"6个品系,且化橘红种质资源存在着同名异物和同物异名的现象.本研究为化橘红种质资源鉴定提供了有效的方法和依据,应用前景广阔.

摘要： 目的:应用高分辨率熔解曲线(HRM)分析筛查成骨不全(OI)一家系COL1A1基因突变位点,并分析基因型与临床表型的相关性.方法:收集成骨不全一家系的临床资料,采集先证者、随诊家属及50例正常对照的血液标本,应用HRM分析筛查先证者及正常对照血液标本COL1A1基因突变,并利用基因测序验证.结果:HRM分析显示,先证者,在COL1A133-34外显子结果异常,其Tm为87.7°C,正常对照Tm为87.9°C±0.06°C,比正常对照低0.2°C,先证者与正常对照标准化曲线及差异曲线比较有明显差异,先证者测序结果为,c.2321delC,即位于COL1A1基因33-34外显子,cDNA的2321位点丢失一个碱基C,导致移码突变,使774位氨基酸由脯氨酸(Pro)变成亮氨酸(Leu),在此后的第333位氨基酸处提前出现终止密码子(UAA),即p.Pro774Leufs*333.先证者的父亲及祖父均患有OI,经基因测序验证,具有相同的突变位点,均为杂合突变.而50例正常对照无此突变.该突变在人类胶原突变数据库中,未见报道,是一个新突变.家系图谱显示为常染色体显性遗传.先证者及家系患者的临床诊断分型为I型,仅先证者下肢轻度畸形.移码突变导致提前形成终止密码子,Ⅰ型胶原合成数量减少,临床表型较轻.结论:HRM分析能准确筛出OI的COL1A1基因突变,操作简便、快速,成本较低,是一种有效的OI基因筛查新方法.COL1A1基因突变c.2321delC,为新的突变位点.患者的基因型与临床表型具有相关性。

摘要： 本发明公开了一种图像高分辨率装置。反射率推定部(206)利用由光源信息推定部(203)推定的光源信息与由形状信息取得部(204)得到的被摄物的形状信息从由图像摄像部(201)摄像下的原图像制作被摄物的反射率图像。反射率高分辨率化部(207)根据从反射率DB(208)取得的变换规则将反射率图像高分辨率化。图像高分辨率化部(217)利用已被高分辨率化的反射率图像、光源信息与形状信息制作已将原图像高分辨率化的高分辨率图像。

摘要： 本发明涉及一种物种鉴定领域，是一种以高分辨率熔解曲线为基础的三带喙库蚊鉴定试剂盒及其鉴定方法，其特点是根据三带喙库蚊COIII基因序列设计特异性引物，利用优化的高分辨率熔解曲线反应体系鉴定三带喙库蚊各种形态如成虫、卵、幼虫和蛹等。能对三带喙库蚊进行鉴定，操作简单、速度快、PCR产物无需后处理、可以检测出单个碱基的差异、真正实现闭管操作。

摘要： 本发明提供了一种使用高分辨率熔解曲线法鉴别棒状杆菌菌种的方法，以及用于该方法的基因扩增引物。所述方法包括如下步骤：(1)以待检测样本的DNA为模板，扩增棒状杆菌的ssrA基因的区间序列；(2)使用高分辨率熔解曲线法获取步骤(1)的扩增产物的高分辨率熔解曲线；(3)对步骤(2)获得的熔解曲线进行判读。本发明提供的高分辨率熔解曲线法扩增条件简单，反应快速，具有优异的灵敏度和特异性，可特异性的检出纹带棒状杆菌、丙酸棒状杆菌和模拟棒状杆菌。

摘要： 本发明涉及一种物种鉴定领域，是一种以高分辨率熔解曲线为基础的白纹伊蚊和埃及伊蚊鉴别试剂盒，其特点是根据白纹伊蚊和埃及伊蚊ATP6基因序列设计通用引物，利用优化的高分辨率熔解曲线反应体系鉴别白纹伊蚊和埃及伊蚊各种形态如成虫、卵、幼虫和蛹等。能对白纹伊蚊和埃及伊蚊进行鉴别，操作简单、速度快、PCR产物无需后处理、可以检测出单个碱基的差异、真正实现闭管操作。

摘要： 本发明涉及一种物种鉴定领域，是一种以高分辨率熔解曲线为基础的淡色库蚊和致倦库蚊鉴别试剂盒，其特点是根据淡色库蚊和致倦库蚊ND5基因序列设计通用引物，利用优化的高分辨率熔解曲线反应体系鉴别淡色库蚊和致倦库蚊各种形态如成虫、卵、幼虫和蛹等。能对淡色库蚊和致倦库蚊进行鉴别，操作简单、速度快、PCR产物无需后处理、可以检测出单个碱基的差异、真正实现闭管操作。

摘要： 本发明涉及一种物种鉴定领域，是一种以高分辨率熔解曲线为基础的白纹伊蚊和埃及伊蚊鉴别试剂盒，其特点是根据白纹伊蚊和埃及伊蚊CYTB基因序列设计通用引物，利用优化的高分辨率熔解曲线反应体系鉴别白纹伊蚊和埃及伊蚊各种形态如成虫、卵、幼虫和蛹等。能对白纹伊蚊和埃及伊蚊进行鉴别，操作简单、速度快、PCR产物无需后处理、可以检测出单个碱基的差异、真正实现闭管操作。

摘要： 本发明公开了一种以高分辨率熔解曲线为基础的新型冠状病毒4种点突变S基因鉴别试剂盒及其鉴别方法，涉及生物医药领域，其特点是根据新型冠状病毒S基因的4个不同突变位点设计扩增引物，通过优化的高分辨率熔解曲线反应体系鉴别不同位点突变的S基因。本试剂盒操作简单、反应速度快、PCR产物无需后处理、具备可操作性与重现性，可用于不同位点突变的新型冠状病毒S基因的鉴别。

摘要： 本发明一种铁皮石斛高分辨率熔解曲线鉴别引物、应用及鉴别方法，上游引物TPHML‑F的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，下游引物TPHML‑R的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。本鉴别引物可用于鉴别铁皮石斛药材及其加工制品铁皮枫斗与其近缘物种。本发明方法操作简便、耗时短、检出限低、准确度高，具有良好的应用前景。

摘要： 本发明公开了一种以高分辨率熔解曲线为基础的新型冠状病毒5种点突变S基因鉴别试剂盒及其鉴别方法，属于生物医药领域，特点是根据新型冠状病毒S基因的5个不同突变位点设计扩增引物，通过优化的高分辨率熔解曲线反应体系鉴别不同位点突变的S基因。本试剂盒操作简单、反应速度快、PCR产物无需后处理、具备可操作性与重现性，可用于5种不同位点突变的新型冠状病毒S基因的鉴别。

摘要： 本发明公开了一种基于高分辨率熔解曲线的基因编辑水稻的鉴别方法，它是利用高分辨率熔解曲线技术对基因编辑水稻的突变碱基位点进行分析。该技术不需要荧光标记引物及电泳检测就可对已知短序列进行测序分析。本发明的检测方法具有较好的准确性、高效性及灵敏度等优点，为基因编辑型水稻突变碱基位点定性鉴别分析提供了可行的方法。