芯片分析技术

摘要： 目的:评价基于基因芯片的miRNA表达差异在结核性脑膜炎(tuberculous meningitis,TBM)与病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)诊断中的价值。方法:选取2017年12月至2019年9月在首都医科大学附属北京胸科医院和首都医科大学附属北京天坛医院治疗的TBM患者28例和VM患者27例作为验证样本进行实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)验证。选取前期收集的8例TBM患者和5例VM患者作为基因芯片样本进行全基因组miRNA微阵列分析,通过预测差异性miRNA的靶基因、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出两病间前10个差异性miRNA枢纽基因。再采用qRT-PCR对患者间表达差异明显的miR-21-5p进行验证,并通过受试者工作特征曲线(ROC)下面积(AUC)分析miRNA的诊断价值。结果:通过miRNA微阵列分析初步筛选出26个差异表达的miRNA(14个表达上调,12个表达下调)和对应的靶基因3217个。经GO富集分析、KEGG信号通路分析筛选出190个相关靶基因,对其进行PPI网络分析,筛选出前10个靶基因作为核心靶基因。对基因芯片检测样本的hsa-miR-21-5p相对表达量进行qRT-PCR验证,发现TBM患者hsa-miR-21-5p的表达水平[15.890(3.423,25.581)]较VM患者[0.807(0.614,0.955)]明显上调(Z=-2.355,P=0.019),差异倍数(TBM/VM)在基因芯片和qRT-PCR中分别是4.817和4.660,两种检测方法结果基本一致;对28例TBM和27例VM患者的hsa-miR-21-5p进行qRT-PCR结果比较,发现hsa-miR-21-5p在TBM患者的相对表达量为4.825(2.433,21.362),明显高于VM患者[0.204(0.112,0.711)],差异有统计学意义(Z=-5.000,P=0.000),且ROC曲线区分TBM与VM患者的AUC为0.893(0.806~0.980),敏感度为85.7%,特异度为88.9%。结论:相较于VM患者,作为基因芯片检测中表达差异明显的miR-21-5p在TBM患者中表达明显上调,可作为鉴别TBM与VM的潜在生物标志物。

摘要： 目的 证明肺癌细胞miRNA芯片中不存在高表达的miR-4454,而是来源于tRNAHis的同源序列16 nt小RNA,并对该16 nt小RNA生物学功能进行初步预测分析.方法 利用生物素标记的anti-miR-4454成熟体探针Northern印迹(NB)检测肺癌H460细胞内miR-4454成熟体及其前体,利用该探针钓取与之特异结合的RNA,测序确定该RNA的性质.Dicer酶体外切割tRNAHis,检测其切割产物并对切割产生的小RNA进行测序鉴定.在H460细胞中过表达tRNAHis来源的16 nt小RNA,通过转录组测序预测其生物学功能.结果 肺癌H460细胞中预测的miR-4454成熟体不存在,其前体序列与tRNAHis高度一致.Dicer酶体外切割tRNAHis能产生一条16 nt小RNA,序列鉴定与tRNAHis 3'端完全匹配,是一条新的tRNAHis来源小RNA.H460细胞中过表达tRNAHis来源的16 nt小RNA,转录组测序结果分析显示,tRNAHis来源的16 nt小RNA可能参与有丝分裂、细胞周期调控及碱基错配修复.结论 首次发现数据库预测的miR-4454在非小细胞肺癌细胞中不存在,证明它是来源于tRNAHis 3'端由Dicer酶切割产生的一种16 nt小RNA.过表达16 nt小RNA的转录组测序结果提示其可能参与细胞有丝分裂、周期调控及碱基错配修复.

摘要： 目的证明肺癌细胞miRNA芯片中不存在高表达的miR-4454,而是来源于tRNAHis的同源序列16 nt小RNA,并对该16 nt小RNA生物学功能进行初步预测分析。方法利用生物素标记的anti-miR-4454成熟体探针Northern印迹(NB)检测肺癌H460细胞内miR-4454成熟体及其前体,利用该探针钓取与之特异结合的RNA,测序确定该RNA的性质。Dicer酶体外切割tRNAHis,检测其切割产物并对切割产生的小RNA进行测序鉴定。在H460细胞中过表达tRNAHis来源的16 nt小RNA,通过转录组测序预测其生物学功能。结果肺癌H460细胞中预测的miR-4454成熟体不存在,其前体序列与tRNAHis高度一致。Dicer酶体外切割tRNAHis能产生一条16 nt小RNA,序列鉴定与tRNAHis3′端完全匹配,是一条新的tRNAHis来源小RNA。H460细胞中过表达tRNAHis来源的16 nt小RNA,转录组测序结果分析显示,tRNAHis来源的16 nt小RNA可能参与有丝分裂、细胞周期调控及碱基错配修复。结论首次发现数据库预测的miR-4454在非小细胞肺癌细胞中不存在,证明它是来源于tRNAHis3′端由Dicer酶切割产生的一种16 nt小RNA。过表达16 nt小RNA的转录组测序结果提示其可能参与细胞有丝分裂、周期调控及碱基错配修复。

摘要： 目的 运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱.方法 采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点.采用Gene Ontology (GO)富集分析及KEGG_ Pathway分析了解基因功能.结果 基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27779个,其中16673个为高甲基化位点,11106个低甲基化位点.提高筛选条件为P＜ 0.01、|Δβ| ＞0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4883个差异甲基化位点,其中1459(30％)个位于启动子区(包括TSS1500、TSS200、5'UTR、1st Exon).GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等.KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路.基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高(CpG位点≥7)的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件,选出8个基因(KAAG1、DGK、SOCS2、TFAP2A、GNMT、GALNT3、ANK2、HOXA9)作为黑素瘤候选生物标志物.结论 黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物.

摘要： 目的 利用2100生物分析仪结合蛋白芯片获取死后大鼠肝组织蛋白质表达谱,推测其与死亡时间的关系.方法 大鼠腹腔麻醉致死后置于16°C环境中,提取死后14个时间点肝组织中的水溶性蛋白质,使用蛋白芯片获取相对分子质量在14000～230000的蛋白质表达谱数据,并利用主成分分析(principal component analysis,PCA)、偏最小二乘-判别分析(partial least squares-discriminant analysis,PLS-DA)、Fisher判别对数据进行分析.结果 根据蛋白质表达谱的变化和PLS-DA结果将死亡时间分为A组(0 d)、B组(1～9 d)、C组(12～30 d).经Fisher判别,模型的训练集及测试集的预测准确率均为100.0％,训练集的内部交叉验证准确率为100.0％.通过建立B、C组各时间点的Fisher判别模型缩小推断死亡时间窗口,B组中训练集及测试集的预测准确率均为100.0％,训练集的内部交叉验证准确率为100.0％;C组中训练集及测试集的预测准确率分别为95.2％、78.6％,训练集的内部交叉验证准确率为88.1％.结论 蛋白芯片检测技术可以快捷简便地获取大鼠死后不同时间点肝组织相对分子质量在14000～230000的水溶性蛋白质表达谱,建立PLS-DA及Fisher判别模型对死亡时间进行分类预测判断,有望为死亡时间推断提供新的思路和方法.

摘要： 目的 探讨基因芯片法在结核分枝杆菌耐药基因快速诊断中的应用价值.方法 收集2017年6月至2018年6月厦门大学附属第一医院肺科门诊及住院的933例疑似肺结核患者初诊时采集的同一份晨痰标本,同时进行基因芯片法、GeneXpert MTB/RIF(简称"GeneXpert")和BACTEC MGIT 960液体培养及其比例法药物敏感性试验(简称"MGIT 960及其比例法药敏试验")3种方法进行结核分枝杆菌及其耐药性检测,对检测结果进行对比分析.结果 933例患者的痰标本中,基因芯片法检测出阳性484例,GeneXpert检测出阳性462例,MGIT 960培养出阳性411例.三种检测方法均为阳性的标本有395例,采用Excel表通过完全随机的方式抽取232例进行耐药性检测,以比例法药敏试验结果为参考标准,基因芯片法检测出异烟肼耐药的敏感度为86.67％(26/30),特异度为96.53％(195/202),一致性为95.26％(221/232),Kappa值为0.798(0.682～0.914);检测出利福平耐药的敏感度为93.75％(30/32),特异度为97.00％(194/200),一致性为96.55％(224/232),Kappa值为0.862(0.768～0.956);GeneXpert检测出利福平耐药的敏感度为84.38％(27/32),特异度为97.00％(194/200),一致性为95.26％(221/232),Kappa值为0.803(0.691～0.915);基因芯片法与GeneXpert对利福平耐药检测的一致性为96.12％(223/232),Kappa值为0.847(0.749～0.945).Kappa值均大于0.75,具有良好的一致性.结论 以MGIT 960及其比例法药敏试验结果为标准,基因芯片法敏感度、特异度和一致性高,与GeneXpert也具有良好的一致性,有助于结核病的早期诊断及防控.

摘要： 目的 评估基因芯片法检测耐多药肺结核(MDR-TB)的效能,探讨痰标本基因芯片法诊断耐多药结核病的临床价值.方法 连续纳入2019年6月1日至12月31日内蒙古自治区第四医院就诊的痰涂片阳性的295例患者痰标本进行基因芯片法结核分枝杆菌耐多药检测,排除传统培养为阴性或污染、鉴定为非结核分枝杆菌等原因造成无法进行药物敏感性试验(简称“药敏试验”),以及基因芯片法未检测到结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌等原因,共计排除60例患者的痰标本.以罗氏比例法药敏试验结果作为参考标准,对235例患者痰标本基因芯片法耐药检测结果中的利福平耐药、异烟肼耐药和MDR-TB检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和一致率进行分析.结果 以罗氏比例法表型药敏试验结果作为参考标准,基因芯片对利福平耐药检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和一致率分别为95.7％ (22/23)、98.6％ (209/212)、88.0％ (22/25)、99.5％(209/212)和98.3％(231/235);对异烟肼的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和一致率分别为80.0％(16/20)、98.6％(212/215)、84.2％(16/19)、98.1％(212/216)和97.0％(228/235);对于同时耐利福平和异烟肼的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和一致率别为76.2％(16/21)、97.2％(208/214)、72.7％(16/22)、97.7％(208/213)和95.3％(224/235).结论 痰标本基因芯片法对利福平、异烟肼耐药和同时对利福平和异烟肼耐药的检测均具有较高的真实性和可靠性,具有较高的临床应用价值.

摘要： 本发明提供一种将液体输送到形成于芯片上的加样孔内并进行反应的试样分析芯片，其为送液方法简单且输送到各加样孔的液量之间不存在偏差、且成本低廉的试样分析芯片。本发明的试样分析芯片，包括：多个加样孔(102)和与各加样孔连接的流路，其特征在于，所述流路具有用于向各加样孔输送液体的主流路(103)，该主流路设置在比所述加样孔更接近旋转中心侧的位置，且在相邻加样孔之间具有旋转中心方向的一个山部。

摘要： 本发明涉及一种使用薄膜技术制造半导体芯片(1)的方法，其具有以下步骤：将有源的层序列施加到生长衬底(3)上，随后在所述有源的层序列上构造结构化的、反射的导电的接触材料层。接着，将有源的层序列结构化为有源的层堆叠(2)，使得反射的导电接触材料层(4)位于每个有源的层堆叠(2)上。接着柔性的导电膜(6)作为辅助支承层施加到接触材料层(4)并且去除所述生长衬底(3)。

摘要： 本发明提供一种将液体输送到形成于芯片上的加样孔内并进行反应的试样分析芯片，其为送液方法简单且输送到各加样孔的液量之间不存在偏差、且成本低廉的试样分析芯片。本发明的试样分析芯片，包括：多个加样孔(102)和与各加样孔连接的流路，其特征在于，所述流路具有用于向各加样孔输送液体的主流路(103)，该主流路设置在比所述加样孔更接近旋转中心侧的位置，且在相邻加样孔之间具有旋转中心方向的一个山部。

摘要： 本发明涉及一种用于芯片实验室分析仪器的光学模块的滤波设备（130）。光学模块具有光路。滤波设备（130）包括载体元件（205）、滤波器载体（210）和驱动装置（215）。载体元件（205）能布置在光学模块（100）中。滤波器载体（210）可移动地布置在载体元件（205）上。滤波器载体（210）还具有第一滤波区（220）和第二滤波区（225）。驱动装置（215）被构造为：使滤波器载体（210）在第一滤波区（220）布置在所述光路中的第一方位与第二滤波区（225）布置在该光路中的第二方位之间移动。

摘要： 本发明提供荧光分析时作为噪声的光得到了抑制的生物芯片、感光性组合物以及荧光分析生物芯片的制造方法。该感光性组合物包括含有可具有醚性氧原子的氟代烷基和聚合性交联基团的聚合物、以及波长365nm下的吸光系数在400[mL·g

摘要： 本发明提供了一种在使将被分析的样品液体经受电泳分离的操作之后，自动化剥离并去除粘结并固定到基板部分的顶表面的方法，所述基板部分包括有盖的“微芯片”。在通过利用形成于有盖微芯片的通道使将被分析的液体样品经受了期望的电泳分离操作之后，保持在通道中的电泳分离的液体样品中包含的水溶剂被冷冻，以预定速度升起密封形成在基板部分上的凹槽型通道的盖子部分的端部，并同时将整个电泳分离的样品保持在冷冻状态下，并且在保持预定曲率半径的弯曲的条件下，从基板部分剥离并去除盖子部分的端部。

摘要： 本发明公开了一种基于微流控芯片与微阵列芯片技术的检测方法及芯片系统。检测方法包括：利用微流控芯片，对样品进行过滤杂质、吸附目标待测物后，将目标待测物洗脱后导入微阵列芯片的检测区；其中，通过在微流控芯片的通道内吸附或偶联具有特异性识别目标待测物的亲和材料实现目标待测物的吸附；向微阵列芯片的检测区加入检测试剂，进行反应，对微阵列芯片的反应结果进行识别。本发明还提供了其芯片系统。本发明结合微流控芯片与微阵列芯片技术，实现样品分离富集和检测功能的一体化集成，可对临床、农产品、食品、环境样品中的待测物实现现场快速定量检测。可以快速准确测定待测物含量，灵敏度高，检测时间短，操作简单易行。

摘要： 本发明提供了一种基于磁珠技术和试剂冻干技术的微流控芯片检测方法和实现此方法的微流控芯片，该方法以微流控技术为基础，将样本与试剂的混合、流动混合捕获反应、磁分离、清洗、检测等集成在芯片上，并将反应所需的所有试剂组分都集成在了芯片上，使客户操作简便，能随时随地完成检测。该微流控芯片内形成供试样流动的封闭式微流道，所述微流道包含有依次连通的混合仓、反应仓、延时通道、捕获仓和废液仓。

摘要： 本发明涉及一种使用薄膜技术制造半导体芯片(1)的方法，其具有以下步骤：将有源的层序列施加到生长衬底(3)上，随后在所述有源的层序列上构造结构化的、反射的导电的接触材料层。接着，将有源的层序列结构化为有源的层堆叠(2)，使得反射的导电接触材料层(4)位于每个有源的层堆叠(2)上。接着柔性的导电膜(6)作为辅助支承层施加到接触材料层(4)并且去除所述生长衬底(3)。

摘要： 本发明属于检测技术领域，更具体地，涉及一种芯片卡、基于该芯片卡的分子互作分析系统及分析方法。该芯片卡包含卡片本体、在卡片本体表面开设的第一槽体以及在第一槽体底部开设的第二槽体；第二槽体内沿轴向设置有样品进液孔、检测芯片和废液出液孔。第一槽体内嵌设有透明盖体，且所述透明盖体覆盖在第二槽体的表面，使得第二槽体成为封闭槽体。本发明芯片卡的设计能够避免检测液体样品在芯片卡中流动时漏液，稳定性较好。将该芯片卡与液路单元、光路单元和计算机连接组装获得的桌面分子互作分析系统能够用于实现不同分子间的亲和力检测，分析系统便携、成本低且检测结果准确可靠。