突变率

摘要： 从实验检测分析两例等位基因丢失案,检测发现在亲子鉴定中出现个别STR基因座不符合遗传规律时,当用不同的试剂盒进行检测验证;当不同的试剂盒进行检测都无法验证时,应增加其他遗传标记检测,结合基因座突变率计算亲权指数。

摘要： 目的:分析不良妊娠史育龄妇女叶酸代谢能力检测5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(methylene tetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因C677T位点、A1298C位点突变频率,为本地区不良妊娠史再生育提供有力临床治疗数据,为育龄妇女提供叶酸补充参考值。方法:利用实时荧光基因扩增技术检测MTHFR基因C677T位点、A1298C位点,对2017年6月-2020年1月在内蒙古自治区妇幼保健院就诊的育龄孕妇进行叶酸代谢能力检测,探讨MTHFR基因C677T位点、A1298C突变位点分布情况。结果:393例不良孕产史病例,汉族332例,蒙古族54例,满族5例,回族2例,其中汉族A1298C AA、AC、CC基因型频率依次为57.75%、24.43%、2.80%,蒙古族62.96%、33.33%、3.70%;汉族C677T位点CC、CT、TT基因型频率依次为17.47%、54.22%、23.80%,蒙古族31.48%、44.44%、24.07%。结论:普及叶酸代谢能力检测,完善本地区汉族、蒙古族MTHFR基因突变数据,做到叶酸精准补充,为本地区提供更详尽完善的孕前指导。

摘要： 目的通过生物信息学方法筛选和分析肿瘤数据库中胃癌突变基因,并分析其与患者预后及免疫功能的相关性,为胃癌患者的免疫治疗提供理论和数据参考。方法从TCGA及ICGC数据库中下载胃癌患者的基因突变及临床数据,通过R软件筛选出与胃癌患者生存率和预后密切相关的共同高频突变基因。并对高频突变基因进行GSEA富集分析,运用CIBERSORT算法计算肿瘤浸润免疫细胞的相对丰度,探究共同高频突变基因对肿瘤浸润免疫细胞的影响。结果在TCGA和ICGC数据库中发现21个共同的高频突变基因,其中FAT4与患者临床预后及肿瘤突变负荷相关。通过GSEA富集分析和CIBERSORT算法,发现FAT4突变与免疫系统相关信号通路的激活及免疫应答的增强相关。结论胃癌中FAT4突变频率较高,且其突变与患者较好的预后及抗肿瘤免疫功能的增强相关。因此,FAT4具有作为预测胃癌患者免疫应答的生物标记物的潜力。

摘要： 地下水示踪试验是揭示岩溶地下水系统地下水流向、运动特征以及含水介质类型的有效方法之一。根据西南岩溶地区多个不同试验场进行的多组地下水示踪试验结果发现,浊度会影响地下水中示踪剂的浓度监测结果的精度,是影响野外示踪试验结果准确性和成功率的重要因素。通过详细地对比分析浊度及浓度历时曲线,探究浊度对不同类型示踪剂浓度监测结果的影响规律及其原因。研究表明,荧光素钠浓度对浊度变化基本无响应,荧光增白剂浓度仅在几个浊度突变处有轻微波动,而罗丹明浓度对浊度变化较为敏感。罗丹明浓度对地下水浊度的响应规律具体表现为①罗丹明浓度的突变率与浊度的突变率近似呈开口向下的二次函数关系;②当浊度突变率<1.7时,罗丹明浓度的突变率随着浊度突变率的增大而增大。

摘要： 本研究利用中科院重离子加速器释放的^(12)C^(6+)重离子束作为辐射诱变源,以酸斑值(H^(12)C^(6+))和抑菌圈值为指标,对鼠李糖乳杆菌JF12-1进行功能性诱变。通过致死率和正负突变率确定诱变的最佳辐照剂量;对最佳辐照剂量下的突变菌株利用酸斑法进行初筛,抑菌圈法复筛,而后通过连续传代之后检测乳酸含量变化来测定遗传稳定性,并对遗传稳定菌株进行16S rDNA测序,定位其突变位点。结果显示辐照剂量为300 Gy时,致死率为79.86%,正突变率为30.33%,负突变率为5.38%,确定为最佳诱变剂量;酸斑法初筛最佳诱变剂量下的突变菌株,得到20株H^(12)C^(6+)值较原始野生菌株提高25%以上的突变株;抑菌法复筛得到8株体外抑菌性较原始野生菌株提高15%以上的菌株;遗传稳定性测定发现这8株突变乳酸菌株产乳酸稳定性良好;16S rDNA测序发现原始野生型菌株JF12-1的可能突变位点不在16S rRNA基因上,促使其产酸和抑菌性能增强的突变位点可能发生在其他基因区段。利用^(12)C^(6+)重离子束成功诱变选育出了高产乳酸及体外抑菌性优良的功能性鼠李糖乳杆菌稳定株,为下一步深入开发该菌株提供了较好的理论基础和应用依据。

摘要： 目的 探讨非小细胞肺癌L861Q突变临床特征,与L858R突变临床特征对比研究,分析二者突变临床特征差异及临床价值.方法 纳入2012年7月至2018年12月在空军军医大学第二附属医院呼吸与危重症医学科基因检测中心行EGFR基因检测的705例非小细胞肺癌患者,回顾性分析L861Q、L858R突变临床特征及二者突变临床特征相对比.结果 13例L861Q突变均发生于腺癌未合并其他肿瘤组,L861Q腺癌突变率高于其他类型(P =0.004).L858R突变特征表现为:女性组突变率高于男性组(x2=19.562,P ＜0.001)、不吸烟组突变率高于吸烟组(x2 = 15.859,P ＜0.001)、右肺肿瘤突变率高于左肺肿瘤(x2 = 5.601,P =0.020)、腺癌组突变率高于其他组(x2=16.282,P ＜0.001)、Ⅳ期组肿瘤突变率高于Ⅰ～Ⅲ期组(x2=5.996,P =0.016).L861Q与L858R女性组突变率高于男性组,年龄≥50岁组突变率高于年龄＜50岁组,未合并其他肿瘤组突变率高于合并组,并发骨转移组突变率高于无转移组,二者突变临床特征差异无统计学意义(P值均＞0.05).L861Q与L858R突变临床特征在有无合并糖尿病、高血压和是否并发胸膜、淋巴结、头颅转移及临床分期组恰相反,差异均无统计学意义(P值均＞0.05).结论 L861Q突变以腺癌多见,L858R突变以非吸烟、女性、右肺、Ⅳ期、腺癌多见.L861Q与L858R突变在性别、年龄、是否吸烟、病理分型、肿瘤发生部位、是否合并其他肿瘤、有无并发骨转移突变临床特征相一致;在肿瘤分期,是否并发胸膜、淋巴结、头颅转移及有无合并糖尿病、高血压突变临床特征相反.

摘要： 目的 了解杭州市新生儿常见耳聋基因突变携带率和突变类型,探讨听力-耳聋基因联合筛查在先天性耳聋早期诊断与干预中的作用.方法 采集2018年6月至2019年12月在杭州市妇产科医院出生的5279例新生儿足底血,提取DNA并应用微阵列芯片杂交法检测4个常见耳聋基因(GJB2、GJB3、SCL26A4、线粒体12SrRNA)15个突变位点,关联新生儿听力筛查结果比较相关性,对耳聋基因突变新生儿父母行耳聋基因筛查验证,评估遗传因素的作用,对GJB2和SLC26A4耳聋基因突变者行基因测序诊断以确定基因型,随访耳聋基因突变和听力筛查未通过新生儿听力诊断和干预措施.结果 5279例耳聋基因突变筛查新生儿中,突变280例,突变率为5.30％.4个耳聋基因中,GJB2突变率最高,为3.05％,其中纯合和复合杂合突变3例,杂合突变158例;其余由高到低分别为SLC26A4杂合突变84例,突变率为1.59％;GJB3杂合突变18例,突变率为0.34％;线粒体12SrRNA均质突变14例,突变率为0.27％;双基因杂合突变3例,突变率为0.06％;GJB2基因突变中c.235delC位点突变最多,SLC26A4基因中c.919-2A>G位点突变最多.在耳聋基因突变携带者中,150例新生儿父母进行耳聋基因突变筛查验证,有135例新生儿突变来源于无表型的父母一方,占90.0％.在新生儿听力筛查中,耳聋基因未突变者未通过率为0.50％(25/4999);耳聋基因突变携带者未通过率为1.79％(5/280),两组比较差异有统计学意义(P<0.01).随访耳聋基因筛查和诊断均为GJB2纯合/复合杂合突变3例,听力筛查未通过;其中GJB2基因c.235delC纯合突变2例,出生2个月确诊为重度耳聋,出生6个月准备安装人工耳蜗;GJB2基因c.235delC/c.299delAT复合杂合突变1例,出生2个月确诊为中度耳聋,准备配戴助听器.结论 本研究显示杭州市新生儿常见耳聋基因突变携带率5.30％,开展听力-耳聋基因联合筛查,有利于聋儿的早期诊断及早期干预.

摘要： 目的 联合应用毛细管电泳与二代测序技术,探索肯定亲权案件中的STR基因座的突变率和突变方式.方法 2600例肯定亲权关系的案件材料采用PowerPlex21试剂盒进行STR检验,发现67例存在基因座突变,对该67例亲子关系(62例三联体,5例二联体)的196个样本用SeqTyper?24构建文库,使用Ion PGMTM平台进行二代测序.结果 12个STR基因座共发现71个突变,父源突变与母源突变的比例为3.13‥1.其中64例亲子关系观察到1个基因座突变,2例观察到2个基因座突变,1例观察到3个基因座突变,有些突变从毛细管电泳所得STR基因座结果无法判断是增加还是减少了一步,二代测序则可以明晰等位基因的遗传方式及突变情况.结论 对于复杂核心序列、含不完全重复单位的基因座,有些突变可以通过二代测序明确突变的来源和方式,更直观地从微观碱基序列的角度观察等位基因的遗传.

摘要： 目的 研究了解深圳市宝安区本地和非本地籍贯地中海贫血(地贫)基因突变类型及突变率.方法 选择2912例深圳市宝安区的普通患者作为研究对象,均采用血细胞分析仪进行血常规检测,对于平均红细胞体积(MCV)<82 fl的病例行红细胞脆性实验,可疑病例进行地贫基因检测.分析地贫基因突变类型及突变率,本地和非本地的地贫基因突变情况.结果 2912例研究对象共检测出地贫基因突变者164例,地贫基因突变率为5.63％,其中α地贫基因突变者124例,突变率为4.26％,共检出6种基因类型,其中--SEA基因缺失比例最高,占地贫基因突变总数的43.90％;β地贫基因突变者37例,突变率为1.27％,共检测出10种基因类型,其中CD41-42(-TTCT)基因突变占比最高,为7.32％;αβ地贫混合基因突变3例,突变率为0.10％.本地籍贯1448例中146例出现基因突变,突变率为10.08％,其中α地贫基因突变110例、突变率为7.60％,β地贫基因突变33例、突变率为2.29％,αβ地贫混合基因突变3例、突变率为0.21％;非本地籍贯1464例中18例出现基因突变,突变率为1.23％,其中α地贫基因突变14例、突变率为0.96％;β地贫基因突变4例、突变率为0.27％.124例α地贫基因突变者中本地籍贯110例、突变率为7.60％,非本地籍贯14例、突变率0.96％,α地贫基因突变类型为我国长江以南各省高发区域常见基因类型,检出6种基因型,包括缺失型地贫基因-α3.7、-α4.2、--SEA和非缺失型α地贫基因αCS、αQS、αWS.37例β地贫基因突变中检出10种基因类型,其中本地籍贯突变者33例、突变率为2.28％,非本地籍贯突变者4例、突变率为0.27％.结论 本地籍贯人群的地贫基因突变率与广东省内其他区域基本相似,本地籍贯人群的地中海基因突变率高于非本地籍贯人群.

摘要： 目的:分析本院新生儿耳聋基因筛查的结果,明确嘉兴地区新生儿耳聋基因的突变情况.方法:选取2018年3月-2019年10月在本院出生的新生儿,根据知情自愿原则采集8111例新生儿的脐带血或足跟血(1～2 ml),应用基因芯片技术对中国人常见4个耳聋基因共9个突变位点[GJB2(235delC、35delG、299delAT、176del16),GJB3(538C>T),SLC26A4(IVS7-2A>G、2168A>G),线粒体12SrRNA(1555A>G、1494C>T)]进行筛查.结果:8111例本院出生的新生儿中共筛查出397例至少携带1个耳聋基因突变,突变率4.895％,其中GJB2基因突变185例,突变率为2.281％;GJB3基因突变22例,突变率0.271％;SLC26A4基因突变146例,突变率1.800％,线粒体12SrRNA基因突变37例,突变率0.456％,双杂合突变7例.结论:常见耳聋基因在嘉兴地区新生儿中有较高的阳性率,主要以GJB2基因的235delC、SLC26A4基因的IVS7-2A>G为主.建议有条件的地区全面开展新生儿耳聋基因的筛查,有助于遗传性耳聋、药物性耳聋和迟发性耳聋的早发现、早诊断和早治疗.

摘要： 目的：细菌回复突变实验是最常用突变检测方法.由于细菌回复突变实验的实验系统主要为组氨酸营养缺陷型鼠伤寒沙门氏菌,所以如果检测的供试品中含有组氨酸,会导致细菌依靠外源组氨酸增殖出现菌落,使用这个实验进行突变检测是不合适的.由于食品,中药等检测样品中会含有少量的组氨酸,在用细菌回复突变实验评价突变时,需要特别注意.本文通过评估不同浓度的组氨酸处理下,细菌回复突变数的变化,并与本设施的阴性历史数据范围比较,给出一个限值供大家参考.rn 方法：选用TA98、TAIOO、TA1535和TA1537四个菌株分别在有和没有S9代谢活化系统条件下进行测试。通过平板掺入法将测试菌株暴露于不同浓度的组氨酸中。在进行正式实验前，进行了剂量探索实验，根据剂量探索实验结果，用于正式实验的组氨酸浓度分别为0.05，0.1，0.25，0.5，0.75和1mM，每个剂量设三个平皿。同时，实验当天检测了各菌株的基因型，包括组氨酸依赖需求，rfa膜突变，uvrB突变，pKM101质粒及自发回复突变率，均符合要求。rn 结果：在TA98加S9系列，0.5mM剂量组回复突变数为41.67，超出阴性历史数据范围(14.33-36.67)；在TA98不加S9系列，0.25，0.75及l mM剂量组回复突变数分别为31.67，34.33和36.00，超出阴性历史数据范围(13.00-30.00)。在TAIOO加S9系列，0.5，0.75和1mM剂量组回复突变数分别为220.33，237.67和234.33，超出阴性历史数据范围(95.00-208.67).rn 结论：在进行细菌回复突变检测时，供试品制剂中的组氨酸含量应控制在0.25mM内，以保证实验结果的准确性。

摘要： 目的:探讨急性髓系白血病(AML)患者异柠檬酸脱氢酶基因(IDH1、IDH2)突变情况及预后意义.方法：以基因组DNA为模板,分别扩增IDH1、IDH2基因的4号外显子,PCR扩增产物直接测序法检测99例AML患者IDH1、IDH2基因突变.结果:99例患者中IDH1突变共3例(3.0％),IDH2突变10例(10.1％),无患者同时存在两种突变,总突变率13.1％.

摘要： 本文建立3种结核分枝杆菌耐药基因的检测方法,探讨耐药基因突变与耐药性的关系，将58株临床分离株均做聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)和传统药物敏感试验。结果表明结核分枝杆菌耐药基因突变与耐药水平有密切联系,绝大多数结核分枝杆菌耐药基因突变发生在高耐药株,少部分在低耐药株发生基因突变。

摘要： 本文建立3种结核分枝杆菌耐药基因的检测方法,探讨耐药基因突变与耐药性的关系，将58株临床分离株均做聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)和传统药物敏感试验。结果表明结核分枝杆菌耐药基因突变与耐药水平有密切联系,绝大多数结核分枝杆菌耐药基因突变发生在高耐药株,少部分在低耐药株发生基因突变。

摘要： 本文建立3种结核分枝杆菌耐药基因的检测方法,探讨耐药基因突变与耐药性的关系，将58株临床分离株均做聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)和传统药物敏感试验。结果表明结核分枝杆菌耐药基因突变与耐药水平有密切联系,绝大多数结核分枝杆菌耐药基因突变发生在高耐药株,少部分在低耐药株发生基因突变。

摘要： 本文建立3种结核分枝杆菌耐药基因的检测方法,探讨耐药基因突变与耐药性的关系，将58株临床分离株均做聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)和传统药物敏感试验。结果表明结核分枝杆菌耐药基因突变与耐药水平有密切联系,绝大多数结核分枝杆菌耐药基因突变发生在高耐药株,少部分在低耐药株发生基因突变。

摘要： 本发明涉及“建立可控突变率突变库的方法与应用”，属于生物技术领域。本发明依据TaqDNA聚合酶在合成碱基时的固有误差和突变特性，针对预期替换不同碱基数目，确认其循环数和起始模板量，建立了一种突变率可控的突变文库。因此可以根据客户的需求来定制不同碱基突变数目的文库，使突变文库的适应性和目的性增强。本发明采用CrylIe蛋白建立的突变文库中，活性显著提高的突变株占整个突变库的11.96％，其中文库III高毒力突变株的比例达到13.16％，表明该随机突变文库的方法筛选到活力显著提高的突变株的几率很高；针对高毒力突变株突变位点人工合成的突变体，杀虫活性是未突变CrylIe蛋白的1000倍。

摘要： 本发明属于生物技术领域，特别是指一种人工控制枯草芽孢杆菌自发突变率的遗传操作方法及其应用。通过将负责枯草芽孢杆菌错配修复系统的操纵子MutSL置于木糖诱导启动子及阻遏蛋白调控之下，并构建相应诱导表达的重组质粒，利用Spizizen双交换将重组质粒整合至菌株基因组，并经过正负筛选获得目的工程菌株，通过不同木糖添加浓度调节错配修复系统操纵子MutSL不同表达水平，进而实现人工控制枯草芽孢杆菌自发突变率。

摘要： 本发明公开一种肺癌突变位点的突变率的检测方法，其包括：(1)对肺癌患者外周血的血浆样本进行cfDNA的提取，获得cfDNA提取物；(2)针对肺癌相关的EGFR L858R位点设计第一突变型检测探针(序列为SEQ ID NO:5)和第一野生型检测探针(序列为SEQ ID NO:6)、第一引物(序列为SEQ ID NO:1)和第二引物(序列为SEQ ID NO:2)，并且针对肺癌相关的EGFR 19号外显子缺失位点设计第二突变型检测探针(序列为SEQ ID NO:7)、第二野生型检测探针(序列为SEQ ID NO:8)、第三引物(序列为SEQ ID NO:3)和第四引物(序列为SEQ ID NO:4)；(3)以cfDNA提取物为模板，进行ddPCR检测，获得含有敏感性突变位点的扩增产物；(4)对扩增产物进行数据分析，获得EGFR敏感性突变L858R和19Del的突变率。由此，能够灵敏地获得EGFR敏感性突变L858R和19Del的突变率。

摘要： 本发明涉及“建立可控突变率突变库的方法与应用”，属于生物技术领域。本发明依据TaqDNA聚合酶在合成碱基时的固有误差和突变特性，针对预期替换不同碱基数目，确认其循环数和起始模板量，建立了一种突变率可控的突变文库。因此可以根据客户的需求来定制不同碱基突变数目的文库，使突变文库的适应性和目的性增强。本发明采用CrylIe蛋白建立的突变文库中，活性显著提高的突变株占整个突变库的11.96％，其中文库III高毒力突变株的比例达到13.16％，表明该随机突变文库的方法筛选到活力显著提高的突变株的几率很高；针对高毒力突变株突变位点人工合成的突变体，杀虫活性是未突变CrylIe蛋白的1000倍。

摘要： 本发明提供一种降低长片段序列合成的突变率的方法，所述方法包括：(1)获得长度统一的寡核苷酸引物序列；(2)使用合成仪进行合成；(3)将合成的寡核苷酸引物从固相载体上分离；(4)将获得的长度相同引物混合，回收纯化；纯化的寡核苷酸引物进行酶切，切除多余的T/N碱基；(5)进行Overlap PCR以合成长片段序列。本发明方法只需做一次胶回收、酶切即可获得所有长度一致的引物，降低引物合成的错误率，后续长片段序列合成中能够极大降低长片段合成的错误率，提高合成正确率，降低了合成成本、缩短了合成周期；并可以大大提升后续合成长片段合成的通量。

摘要： 本发明涉及生物化工领域，公开了具有较高突变率的酿酒酵母、提高酿酒酵母基因组突变率的方法、驯化酿酒酵母的方法及它们的应用。本发明提供的酿酒酵母突变率高，能够在选择压力下产生大量突变体，用于后续筛选适用于不同工业生产条件的工程菌。而且，本发明提供的酿酒酵母和方法具有普适性，能够应用于各种不同条件的生产研发需要。将本发明提供的酿酒酵母和方法耦合工业生产，能够在较短时间内获得具有良好鲁棒性能的优势菌株，有效提高生产研发效率，降低研发成本，具有良好应用价值。

摘要： 本发明涉及一种用于在聚合酶链式反应(PCR)的背景下确定核酸中，特别是肿瘤核酸中的等位基因频率和/或突变率的新方法，并且涉及用于此目的的诊断，其中使用至少一种参考核酸(RN)和相对于参考核酸的一种突变序列。该参考核酸和突变序列允许验证聚合酶链式反应(PCR)方法，特别是基于设备参数和样本制备。此外，本发明涉及相关的诊断和预后方法，特别是用于作为液体活检的一部分的肿瘤诊断。

摘要： 本发明公开了一种基于人源细胞的不同突变率标准品制备方法，包括以下步骤：(1)通过基因编辑技术对人源细胞系进行点突变，得到突变材料；(2)对突变材料进行基因组DNA提取，纯化得到突变型gDNA；(3)以人源野生型细胞系gDNA与突变型gDNA进行混合，得到目标突变率的标准品；(4)设计突变基因的ddPCR检测探针，并用ddPCR进行质检。以人源细胞的点突变材料制备标准品，能很好的模拟临床样本，基因检测试剂盒检测准确性的判断更为准确。

摘要： 本发明公开了一种增加基因组突变率的碱基编辑系统及碱基编辑方法，所述碱基编辑系统包括编码胞嘧啶脱氨酶的基因和编码特异性单链DNA结合蛋白的基因。利用本发明构建的碱基编辑系统，对酿酒酵母基因组进行进化，在操作上具有简单，效率高等优点，在功能上，能提高β‑胡萝卜素的产量、提高对有机试剂的耐受性。并且本发明构建的基因组碱基编辑系统在毕赤酵母、大肠杆菌以及罗尔斯通氏菌等大部分工业菌株中同样适用。所以，使用本发明碱基编辑系统能够用于提高菌株的基因组突变率，基因组中突变碱基累积，造成菌体性状和功能的多样性，根据工业生产要求，可对某一性状进行连续性状筛选和定向进化。

摘要： 本发明公开了一种基于EMS提高小麦突变率的诱变方法，属于植物诱变育种领域。所述诱变方法包括以下步骤：获得待获得亲本小麦品种的种子；利用0.5%EMS溶液在0°C冰水浴下浸泡步骤S1获得的亲本小麦品种的种子15~18h。利用本发明，可获得较为高效且温和的突变效率。通过施加选择压力，进一步选择并稳定目标突变体，可获得农艺性状优良且抗选择压力的小麦新材料，为小麦育种提供技术支持和来源。