rDNA-ITS序列

摘要： 草莓在定植后至开花结果期常发生萎蔫死苗现象,该萎蔫病在福建省的发病率达10%~20%,探明该病的病原,有助于指导病害的防控。从福建省福州、宁德、泉州等地市的草莓种植园采集病样12份进行病原菌纯化培养,通过病原菌株形态观察、致病力接种验证、菌株ITS序列比对以及系统进化树分析来鉴定病原菌。结果表明病原菌菌丝体为白色,分生孢子堆为橘黄色,分生孢子长椭圆形、单孢、两端钝圆、无色透明,长约10~15 um,宽约2~4 um;其ITS序列与数据库中Colletotrichum asianum(登录号为MN272369.1)菌株的序列同源性为99.83%,在系统进化树上两者聚在同一分支上,遗传距离最近。结合菌株的形态特征、序列分析和系统进化分析,鉴定出引起福建省草莓萎蔫死苗的病害病原菌为Colletotrichum asianum。研究结果为该病害的有效防治提供了理论依据。

摘要： [目的]鉴定和筛选带叶兜兰根段的菌根真菌,为其种群恢复和其他种类野生兜兰的保育提供参考依据.[方法]观察广西带叶兜兰根段的菌丝团结构,并进行组织分离获取真菌菌株,采用形态观察和ITS序列分析相结合的方法对获取的真菌菌株进行鉴定,筛选部分真菌用于开展共生促生作用试验.[结果]用于分离菌根真菌的带叶兜兰根段多数有菌根真菌定殖,共分离到134株真菌,经ITS鉴定84株,分别属于镰刀菌属、炭球菌属和胶膜菌属等8属,其中镰刀菌属为优势菌群.筛选出10株菌株进行共生促生试验,其中,胶膜菌属菌株A-6对带叶兜兰组培苗具有极显著的促生效果(P ＜0.01),镰刀菌属菌株A-8的促生效果次之,胶膜菌属菌株B-2和炭团菌属菌株C-3的促生作用也较大,其余菌株对带叶兜兰组培苗均无显著促生效果(P＞0.05).[结论]带叶兜兰根段多数定植有菌根真菌,其中的镰刀菌属、炭团菌属和胶膜菌属为优势菌属,胶膜菌属菌株A-6对带叶兜兰组培苗的促生效果最佳,镰刀菌属菌株A-8次之,胶膜菌属菌株B-2和炭团菌属菌株C-3的促生效果也较明显,这些菌株可储备为保育和人工栽培带叶兜兰的菌种资源.

摘要： [目的]鉴定贵州两种松乳菇近缘乳菇,为贵州省乳菇近源种鉴定提供方法.[方法]以马尾松Pinus massoniana林下生长的两种与松乳菇近似的乳菇为研究对象,使用形态学和rDNA ITS区段核苷酸序列分析相结合的方法进行分析鉴定.[结果]两种乳菇分别属于鲜艳乳菇Lactarius vividus和红汁乳菇L.hatsudake,两种乳菇在形态学和分子序列上存在一定差异;与松乳菇的同源性分别达95％和93％,在形态特征以及生物、生态学特性上具有极高相似性.[结论]从形态学和分子水平上对贵州鲜艳乳菇、红汁乳菇等进行鉴定,为外生菌根类珍稀食用菌驯化以及保育促产技术的研究与推广应用提供参考依据.

摘要： 为明确近年来福建省草莓根腐病(叶片紫红色)的病原菌,指导该病害的防控,从福建各地采集20个病样进行分离纯化,获得5个菌株,根据菌株及其分生孢子的形态特征,初步将分离获得的5个菌株鉴定为拟盘多毛孢菌(Pestalotiopsis sp.);选取真菌通用引物ITS1/ITS4对菌株的rDNA-ITS序列进行扩增并测序,5个菌株测得的ITS序列相同,通过与NCBI数据库同源性比对和系统进化树分析,该序列与Pestalotiopsis clavispora(登录号FJ517545.1)菌株的序列同源性最高.将分离获得的菌株回接到健康草莓植株上,表现出与田间相同的发病症状,重新分离能够得到相同的病原物.通过菌株形态特征、基因组ITS序列分析及致病性接种试验,鉴定出福建省草莓根腐病病原菌为棒形拟盘多毛孢(Pestalotiopsis clavispora).

摘要： 以云南地区2个野生香蘑属真菌子实体(H和Z2)为试验材料,结合GenBank中数据,开展ITS序列研究,探讨该序列作为香蘑属真菌系统发育研究的可行性及传统分类与分子系统发育分析的异同.用PCR方法扩增了2个供试样品的rDNA ITS(含5.8S)序列并测序,与GenBank中已提交的香蘑属菌株的ITS序列进行比较,分析了云南不同地区2个供试样品ITS序列的一级结构与其RNA二级结构的变异规律.去除两端未对齐的区域后,2个样品与GeneBank中8条同源序列的ITS比对长度为632 bp,(G+C)含量41.40％～41.70％,有14个变异位点,13个信息位点.结合NJ系统发育树与传统的形态分类结果,将2个样品鉴定为花脸香蘑(Lepista sordida).综上,花脸香蘑遗传多样性与地理来源没有显著相关性,但Z2(云南)、MN258660(江西)、MG516585(山东)等3个花脸香蘑菌株与其他菌株的ITS序列在种内存在一定的遗传差异,这种遗传分化可能是由于自身遗传体系与产地复杂变化的自然生态环境长期共同作用形成.ITS区RNA二级结构在花脸香蘑种内基本相同,具有较强的保守性,而在香蘑属种间差异显著.结果表明,rDNA ITS区一级、二级结构分析结果与传统的形态分类结果基本一致,基于ITS序列构建的NJ发育树和RNA二级结构均可确定花脸香蘑及其近缘物种的种属归类,并且可为香蘑属不同物种间的准确区分提供重要的分子依据.

摘要： 以甘肃省陇西县采集的党参白粉病病叶为试材,采用形态学特征观察及rDNA-ITS序列、28S D1/D2基因测序,对其病原菌进行种类鉴定,并采用悬滴法进行孢子萌发试验.以期明确该地区党参白粉病的病原菌种类及其分生孢子的萌发特性并为病害防治提供参考依据.结果 表明:该病原菌菌丝粗2～8 μm,附着胞乳头形;闭囊壳近球形,附属丝5～17根,多生于子囊果一侧,长23～131 μm,为子囊果直径的0.19～1.51倍;内含一个子囊,子囊眼直径4～15 μm,子囊孢子8个.该菌分生孢子萌发最佳温度为25°C,最适宜pH为6,参与试验的4种碳源对孢子萌发无影响,持续光照40 h对分生孢子的萌发有较大的抑制作用.形态特征与小蓬草单囊白粉菌(Podosphaera erigerntis-canadensis)一致.经MEGA 6.0软件分析,其rDNA-ITS序列、28S D1/D2基因均与P.erigerntis-canadensis聚在一起,与登录号为KJ660809和AB462764的序列同源性分别为99.62％和99.82％,经检索党参病害,由P.erigerntis-canadensis引起的党参白粉病国内尚鲜见报道.

摘要： 【目的】分离鉴定广西采后火龙果果实上的病原真菌,明确病原菌菌株对季铵化壳聚糖(HTCC)的敏感特性,为火龙果果实的采后病害防治提供科学依据。【方法】采用常规组织分离法从采后贮藏自然发病的火龙果果实上分离病原菌,经致病性鉴定后,依据菌株形态学特性和rDNA-ITS序列分析,确定病原真菌的分类地位。采用菌丝生长速率法和PI染色法,观察HTCC对病原真菌菌丝生长及菌丝细胞膜的影响。【结果】从采后贮藏自然发病的白心火龙果果实上分离到1株丝状真菌菌株E;致病性测定结果表明,菌株E为火龙果采后病害病原真菌;经形态学特性和rDNA-ITS序列分析,将菌株E鉴定为新月弯孢菌(Curvularia lunata)。HTCC对菌株E的作用结果显示,HTCC对菌株E的菌丝生长具有较强抑制作用,其抑制作用与HTCC浓度呈正相关,0.25、0.50、0.75和1.00 mg/mL HTCC对菌株E的抑菌率分别为20.84%、50.05%、72.91%和83.23%;HTCC处理能破坏菌株E的菌丝细胞膜通透性,降低细胞膜的完整性。【结论】新月弯孢菌能引起广西采后火龙果发生真菌病害,依据HTCC对该菌的抑制效果,火龙果采后流通过程中可使用HTCC来减轻病害发生。

摘要： 为明确灵芝病原真菌的归属,采用组织分离法[1]获得病原菌株,结合形态学及分子生物学方法对分离菌株进行鉴定,从显微特征和分子生物学对其进行分析鉴定;测定不同温度、pH、光照等条件下对病原菌产孢量、尖端菌丝数量的影响.结果表明:形态学鉴定及分子生物学鉴定为侧耳木霉,通过SPSS数据分析不同温度,pH对病原菌的产孢量与菌丝尖端数量有明显差异,光照则无明显差异.温度在15°C时产孢量为零,温度在15°C与30°C时尖端菌丝数量最少;pH为5与9时产孢量、尖端菌丝数量最少,因此灵芝病原菌为侧耳木霉,温度在15°C与30°C,pH为5与9时对产孢量和尖端菌丝数量影响最大.

摘要： 对来源于安徽、辽宁和河北地区的草莓空心病株的病原菌进行了分离、纯化、形态观察以及分子生物学鉴定.结果显示,该病原菌在PDA平板上均呈放射状,菌丝的颜色一般为白色,菌丝上具有分枝且分生孢子呈椭圆形和镰刀形.使用PCR法扩增该病原菌的ITS和18S rDNA的序列并进行DNA克隆和测序.根据测序结果,对病原菌的ITS和18S rDNA序列的BLAST同源性对比和系统进化树分析.最终根据病原菌的外部特征和分子鉴定的结果证明引起草莓空心病的病原菌为Fusarium solani.该研究为草莓空心病的防控提供科学依据.

摘要： 采用形态学和rDNA-ITS序列分析相结合的方法对5个有毒环柄菇(CFSZ11379、CFSZ11356、CF?SZ10575、CFSZ11339、CFSZ10555)的标本进行了鉴定,最终鉴定结果如下:CFSZ11379为肉褐鳞环柄菇Lepiota brunneoincarnata Chodat&C.Martín,CFSZ11356为冠状环柄菇Lepiota cristata(Bolton)P.Kumm.,CFSZ10575为红盖白环菇Leucoagaricus rubrotinctus(Peck)Singer,CF?SZ11339为粉褶白环菇Leucoagaricus leucothites(Vittadi?ni)P.D.Orton;CFSZ10555为球孢青褶伞Chlorophyllum sphaerosporum Z.W.Ge&Zhu L.Yang.其中球孢青褶伞为内蒙古特有种;红盖白环菇为内蒙古新记录种;肉褐鳞环柄菇为极毒菌,误食后会导致肝肾、呼吸衰竭,死亡率极高;其他三种均为胃肠型症状,冠状环柄菇Lepiota cristata(Bolton)P.Kumm.含重金属较多.

摘要： 对紫皱盖罗鳞伞(Cortinarius emodensis)及其易混淆种紫丝膜菌(C.purpurascen)s、紫绒丝膜菌(C.violaceus)的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X,PAUP4.0b等软件进行序列分析.结果表明:在ITS区域中,紫皱盖罗鳞伞、紫丝膜菌、紫绒丝膜菌的5.8SrDNA具有100%的同源性,紫皱盖罗鳞伞与紫丝膜菌分化较早,自举支持率为58%,与紫绒丝膜菌分化更早,中间还有许多类群已经分化,但rDNA ITS可作为区分三者的可靠方法。

摘要： 对紫皱盖罗鳞伞(Cortinarius emodensis)及其易混淆种紫丝膜菌(C.purpurascen)s、紫绒丝膜菌(C.violaceus)的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X,PAUP4.0b等软件进行序列分析.结果表明:在ITS区域中,紫皱盖罗鳞伞、紫丝膜菌、紫绒丝膜菌的5.8SrDNA具有100%的同源性,紫皱盖罗鳞伞与紫丝膜菌分化较早,自举支持率为58%,与紫绒丝膜菌分化更早,中间还有许多类群已经分化,但rDNA ITS可作为区分三者的可靠方法。

摘要： 对紫皱盖罗鳞伞(Cortinarius emodensis)及其易混淆种紫丝膜菌(C.purpurascen)s、紫绒丝膜菌(C.violaceus)的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X,PAUP4.0b等软件进行序列分析.结果表明:在ITS区域中,紫皱盖罗鳞伞、紫丝膜菌、紫绒丝膜菌的5.8SrDNA具有100%的同源性,紫皱盖罗鳞伞与紫丝膜菌分化较早,自举支持率为58%,与紫绒丝膜菌分化更早,中间还有许多类群已经分化,但rDNA ITS可作为区分三者的可靠方法。

摘要： 对紫皱盖罗鳞伞(Cortinarius emodensis)及其易混淆种紫丝膜菌(C.purpurascen)s、紫绒丝膜菌(C.violaceus)的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X,PAUP4.0b等软件进行序列分析.结果表明:在ITS区域中,紫皱盖罗鳞伞、紫丝膜菌、紫绒丝膜菌的5.8SrDNA具有100%的同源性,紫皱盖罗鳞伞与紫丝膜菌分化较早,自举支持率为58%,与紫绒丝膜菌分化更早,中间还有许多类群已经分化,但rDNA ITS可作为区分三者的可靠方法。

摘要： 对紫皱盖罗鳞伞(Cortinarius emodensis)及其易混淆种紫丝膜菌(C.purpurascen)s、紫绒丝膜菌(C.violaceus)的rDNA ITS区序列进行PCR扩增、测序,并运用Clustal X,PAUP4.0b等软件进行序列分析.结果表明:在ITS区域中,紫皱盖罗鳞伞、紫丝膜菌、紫绒丝膜菌的5.8SrDNA具有100%的同源性,紫皱盖罗鳞伞与紫丝膜菌分化较早,自举支持率为58%,与紫绒丝膜菌分化更早,中间还有许多类群已经分化,但rDNA ITS可作为区分三者的可靠方法。

摘要： 事件波形提取部(3)从时间序列数据提取事件波形。同现度计算部(4)计算事件波形在时间序列数据间的同现度。组分类部(5)将时间序列数据分类成与事件波形的同现度对应的组。事件信息生成部(6)在组中包含的时间序列数据间判别事件波形的产生期间重合的时刻，根据判别出的时刻，生成确定与事件波形相关联的事件的事件信息。

摘要： 本发明涉及用于在玻璃片材序列F中切割玻璃块序列P的切割方案序列的生成方法，所述玻璃块旨在根据一个或多个台架Ck上的放置和/或顺序约束进行堆叠。所述方法包括以下步骤：a.检索与序列F中的每个玻璃片材中的缺陷的定位和性质有关的信息；b.定义优化标准σ；c.由计算机实施的生成切割方案PDij的一个或多个序列Si，所述切割方案PDij用于根据每个玻璃片材中的缺陷的定位、并且遵循针对每个台架Ck的玻璃块放置和/或顺序约束来切割玻璃片材；d.由计算机实施的根据优化标准σ来选取切割方案PDij的序列Si中的一个。本发明还目的在于使得能够实施这样的方法的切割方案序列生成设备。

摘要： 特征量提取装置(100)具有：数据取得部(110)，其取得时间序列数据作为输入时间序列数据(D1)；多滤波器应用部(120)，其具有多个数字滤波器，对数据取得部(110)取得的输入时间序列数据(D1)应用各数字滤波器，按照每个数字滤波器输出应用后的包含时间序列特征或频率特征的时间序列数据即滤波器响应时间序列数据(D5)；以及特征量提取部(130)，其针对多滤波器应用部(120)输出的多个滤波器响应时间序列数据(D5)，按照每个滤波器响应时间序列数据(D5)提取特征量，输出提取出的特征量作为特征量数据(D2)。

摘要： 本发明从RNA干扰的目标基因的碱基序列中搜索符合下述规则(a)－(d)的序列部位，根据搜索结果进行能够产生RNA干扰的小干扰RNA(siRNA)的设计、合成等。(a)3’末端的碱基是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)。(b)5’末端的碱基是鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)。(c)3’末端的7碱基序列中富含由腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)组成的群组中选择的1或1种以上的碱基。(d)碱基数在产生RNA干扰且不产生细胞毒性的范围内。

摘要： 本申请提供了一种序列化方法、反序列化方法、序列化装置及反序列化装置，本申请实施例首先确定目标对象的存储结构类型，利用该存储结构类型，查找对应的目标序列器，目标序列器中保存有目标对象的元数据信息，进而触发目标序列器将目标对象写入到序列中，从而完成目标对象序列化过程。

摘要： 参考信号的循环移位被量化为小区特定循环移位和伪随机跳频的输出的组合，并且在该小区中传播该小区特定循环移位的指示。在一个实施例中，该循环移位被量化为在该小区特定循环移位、伪随机跳频的输出和用户特定循环移位之和上的模操作，在这种情况下，该用户特定循环移位的指示在上行链路资源分配中被发送，并且用户在由上行链路资源分配而分配的上行链路资源中发送它的循环移位的参考信号。该循环移位也可以根据参考信号的长度被量化为cyclic_shift_symbol＝(cyclic_shift_value*参考信号的长度)/12；其中cyclic_shift_value在0和11之间，且cyclic_shift_symbol是在参考信号的符号中给定的循环移位的数量。

摘要： 提供精度优良地识别包括移动物体进行的一连串的单独作业的作业序列的作业序列识别装置、作业序列识别系统、作业序列识别方法以及程序。作业序列识别装置(1)识别包括一连串的单独作业的作业序列。作业序列识别装置(1)具备：取得部(11、12)，取得将作业区域内的移动物体的位置表示为时间序列的第1感测信息、和将作业区域内的不同的位置处的周围环境状态表示为时间序列的多个第2感测信息；控制部(12)，基于第1感测信息，确定一连串的单独作业的顺序，并基于第2感测信息，识别一连串的单独作业各自的作业内容。

摘要： 在没有供给靶标(30)的情况下，当通过保持经由结合部的结合以激发供体荧光分子(11)时，能量转移到接近于供体荧光分子(11)的受体荧光分子(21)，从而受体荧光分子(21)呈现荧光。在供给了靶标(30)的情况下，靶标(30)与检测部结合而使经由结合部的结合被解除，受体荧光分子(21)远离供体荧光分子(11)，从而供体荧光分子(11)呈现荧光。

摘要： 本发明提供了一种同源序列和同源序列中串联重复序列的检测方法、计算机可读介质和应用，涉及基因测序技术领域。同源序列的检测方法包括提取出目标同源序列间的差异位点作为打分位点给测序reads打分，并通过合理的计算分值的方法，将测序reads匹配至与其同源性最高的同源序列中，提高了数据分析的准确性。同源序列中串联重复序列的检测方法采用将测序reads和重复单元标准序列比对以获得该条reads的重复序列的重复数，通过统计与目标同源序列reads的重复序列的重复数的支持reads数获取同源序列中重复序列的重复数，缓解了现有技术中缺乏一种兼具效率和准确度的检测重复序列的检测方法的问题。

摘要： 在序列数据分析装置(10)中，计算部(21)比较作为观测某事件而得到的时间序列数据的输入序列数据(32)与作为关于该事件的标准时间序列数据的参照序列数据(31)，提取相互对应的输入序列数据(32)的数据元素与参照序列数据(31)的数据元素的组合。计算部(21)按照提取出的每个组合，计算输入序列数据(32)中的事件的进展相对于参照序列数据(31)中的事件的进展的相对速度即相对进展速度。判定部(22)根据由计算部(21)计算出的相对进展速度，判定输入序列数据(32)中的事件的进展是否存在异常。